Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 153,935 | T→C | 5.0% | N498D (AAT→GAT) | htrE ← | putative fimbrial usher protein HtrE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 153,935 | 0 | T | C | 5.0% | 501.2 / 10.2 | 160 | N498D (AAT→GAT) | htrE | putative fimbrial usher protein HtrE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (83/68); new base C (4/4); total (88/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GTAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAATTACGCATGGATTTCGGTTCAAGATCTTGTTCGGGATGTTTCACTTCATCAATTAGAGTTAGTGCATCATTAAGACCAAGGTAATTCTGTGTCGAATAGCGATAGGCCGCGATATTCAGTGAAGTACTTGTTTCTTCGAATAACTTGTTCC > NC_000913/153786‑154084 | gtAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAAtt > 1:11414/1‑150 (MQ=255) gtAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAAtt > 2:601246/1‑150 (MQ=255) gCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAATTACg > 1:1075369/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |