Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,823,335 | G→C | 7.8% | intergenic (+50/‑180) | nadE → / → cho | NAD synthetase, NH3‑dependent/endonuclease of nucleotide excision repair |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,823,335 | 0 | G | C | 7.8% | 406.1 / 20.4 | 128 | intergenic (+50/‑180) | nadE/cho | NAD synthetase, NH3‑dependent/endonuclease of nucleotide excision repair |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/56); new base C (5/5); total (67/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.80e-01 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CCTCAACAGGTCGCCAGAACAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATTCGACCTATAAAACTATGCAAATTCAATACATTGCAGGAGTCGAATAGGCCTGACAGGCGTAGCACGTCAGACGGTGTAACCTTTGTCATCGACCCGCCTCTTTTTTAATCGCTTCCCGCCTGTTACAC > NC_000913/1823187‑1823484 | ccTCAACAGGTCGCCAGAACAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGa > 2:1774700/1‑150 (MQ=255) tCAACAGGTCGCCAGAACAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATg > 2:1310249/1‑150 (MQ=255) cAACAGGTCGCCAGAACAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATgc > 1:1443536/1‑150 (MQ=255) aCAGGTCGCCAGAACAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATgcgg > 2:322811/1‑150 (MQ=255) gTCGCCAGAACAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGCATCCGGCGTg < 2:1735850/150‑1 (MQ=255) ccAGAACAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACg > 1:1760008/1‑150 (MQ=255) cacaaCAAAAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTCCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGc < 1:1423187/147‑1 (MQ=255) cAGAACAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGCATCCGGCGTGAAcaa < 2:663283/150‑3 (MQ=255) atcattAGAGAACTGGTATCTGAAAACGGAACATAAACGCCTTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTGTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGTTTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCTCGCCGGATGCGGCGTGAACGCCtt < 2:1574070/145‑1 (MQ=255) aaCAATAGAGAACTGGTATCTGAACACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACAGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGCATCCGGCGTGAAcaaatt < 2:287299/150‑6 (MQ=255) aCAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTa > 1:2461777/1‑150 (MQ=255) cAATAGAGAACTGGTATCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTCGTTCACGCCGCATCCGGCGTGAAcaaattac < 1:754443/150‑8 (MQ=255) aTAGAGAACTGGTACCTGAAAACCGAACATAAACGCCGTCCGCCAATTACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATTc > 1:880467/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |