Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,825,938 | A→C | 5.2% | intergenic (‑313/+17) | spy ← / ← astE | ATP‑independent periplasmic chaperone/succinylglutamate desuccinylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,825,938 | 0 | A | C | 5.2% | 418.2 / 12.6 | 136 | intergenic (‑313/+17) | spy/astE | ATP‑independent periplasmic chaperone/succinylglutamate desuccinylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/74); new base C (3/4); total (58/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.80e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGGTGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGCGCGTAATCCCAACGCTACCAACGGATTAGGGAATAACACATACTCTACATCATGGGTTACGGTAAAACGTTCCTCTCCGTCCTGCGCCAGCAATGTTCC > NC_000913/1825791‑1826083 | gATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGGTGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGAttt < 2:1659679/150‑1 (MQ=255) tGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGAAGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATCACTGGTGATAAATAATGCTAATAACCATGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAATAAACTTAATACCCGCAGAATTATTTCt < 2:1122205/150‑1 (MQ=255) tagagTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGGTGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGc < 1:311611/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |