Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,560,455:1 | +G | 100% | pseudogene (151/758 nt) | glpR ← | DNA‑binding transcriptional repressor GlpR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 95.6% | 138.3 / ‑0.3 | 45 | pseudogene (151/758 nt) | glpR | DNA‑binding transcriptional repressor GlpR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (20/23); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTG > NC_000913/3560313‑3560587 | atCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑c < 1:288609/143‑1 (MQ=255) tCGCTAATCACCGTGGGGCCAGTGCGGATTTGCTCCGCCCTTTTGCGGGCGATGCGCTCTGTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCGTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑cg < 2:915478/143‑2 (MQ=255) cGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCGACGGCGTGTTACCCGAACTGGAAGGCAGCGACGCACCGCCACGCTGG‑cga > 2:710953/1‑141 (MQ=255) gATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑cgca < 2:691504/143‑4 (MQ=255) tCGAGCTATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTCGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGttt < 1:599405/143‑1 (MQ=255) ccATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGTGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTc < 1:315702/143‑1 (MQ=255) ttGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGc < 1:596673/143‑1 (MQ=255) tGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCAACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGcc > 2:655222/1‑143 (MQ=255) ggATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCGGc > 1:156292/1‑143 (MQ=255) tttGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCa > 2:163107/1‑143 (MQ=255) tctGCCCCGGCACTTGTCGGGCGACGCGCTCTCTCTCTCCGGGCTG‑GTTGGCCTGGCGATCGTGCCACGGCGTGCTAACCGACCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGCTGG‑TGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCa < 1:809863/141‑1 (MQ=255) gcgccGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTg < 1:794996/140‑1 (MQ=255) gCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGCGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGGAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTg < 2:506058/143‑1 (MQ=255) gCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCGTTTTGTT‑GGTTTGACGTTCCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTCTACCTAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTg < 1:1002448/143‑1 (MQ=255) tCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCGCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAg < 1:501991/143‑1 (MQ=255) tCCGCCACTTCGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAg < 1:906656/143‑1 (MQ=255) gccGCCACTTTGCTGGCGATGCGGTCCGTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTGAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAg < 2:756914/142‑1 (MQ=255) ccgccgCTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAgg < 2:379886/143‑1 (MQ=255) gCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGGAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTc < 1:255058/143‑1 (MQ=255) ccACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGGCTG‑GGTGTCCTGGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGGAGTGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTcg > 2:886957/1‑143 (MQ=255) tttcctggCGTTGCGCCCTTTTTCCTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGCTCGTGCCACGGCGTGTTAACCGATCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCTAGCTCATTGAGGTCgtggc < 2:55342/137‑1 (MQ=255) tttGCGGGCGCTGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCgcggc < 2:196706/143‑1 (MQ=255) tGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGa < 1:54241/143‑1 (MQ=255) gcTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCggg < 1:316693/143‑1 (MQ=255) ctctTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGATGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGC‑CGCCGGATCAGGTCTTGCTCCGCCAGATCCTTGCGGTCGCGGCGAATAGTCtcatggc > 2:317695/1‑137 (MQ=255) tttttCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGa > 1:585236/1‑143 (MQ=255) cgtgcGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGGGCCACGGCGTGTTAGCCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGga < 2:538063/139‑1 (MQ=255) ttcGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCCTGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGgaga > 1:640743/1‑143 (MQ=255) ggTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGgaggagt > 1:445625/1‑139 (MQ=255) cTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGct < 1:885060/143‑1 (MQ=255) g‑ggTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCGCCGCCAGCTCAGTGAGGTCGCGGCGAATAGGCTGCGGGCTGACGGCGGAATGcgct > 1:897206/1‑143 (MQ=255) ggcTTGCCATCGTGCCACGGCGTGGTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAg < 2:735251/141‑1 (MQ=255) gCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGGTCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTg < 2:977228/116‑1 (MQ=255) gCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGGTCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTg > 1:977228/1‑116 (MQ=255) cGATCGTGCCACGTCGTGCTCCCCGAACGGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTc < 2:911776/143‑1 (MQ=255) 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2:827750/1‑143 (MQ=255) aaCCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCctgcc > 1:441125/1‑142 (MQ=255) cGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGtt > 1:918397/1‑143 (MQ=255) gAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCCCTACCAGCTCTCCGGTACTGACATAACCctgctactc > 2:804696/1‑139 (MQ=255) aaCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTa > 1:124377/1‑143 (MQ=255) tGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGCTACTGACATAACCCTGCTGTTTCAcc > 2:685649/1‑143 (MQ=255) aGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAAGTCGCGGCGAATAGTCCGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACGGACACAACCCAGCACTTTACCCAGATCgct > 2:863460/1‑141 (MQ=255) cgccgcACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTAGCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCGGCTGTTTAACCAGTTCGctaa > 2:654443/1‑143 (MQ=255) ccATGACGGAC‑CATGATCAGGTTGTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTtgtg < 2:477744/143‑1 (MQ=255) | ATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTG‑GGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTG > NC_000913/3560313‑3560587 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |