| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,979,486 | IS5 (+) +4 bp | 100% | intergenic (‑271/‑264) | insA‑5 ← / → uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1979486 = | 0 (0.000) | 51 (0.990) | 47/262 | NT | 100% | intergenic (‑271/‑267) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1979489 | 0 (0.000) | 47 (0.910) | 42/262 | NT | 100% | intergenic (‑274/‑264) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979626‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGG > 1:728099/1‑143 GTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGACCGTGCGAA > 2:455470/1‑143 CATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGC < 1:109940/143‑1 ATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAGATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAATATTTCATTAACATTAAGTTGATTGGTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCG < 2:436520/143‑1 ATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTCCTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTACAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTGGGGAATGTGTGACTAAGCG > 2:57255/1‑143 ATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATGAGGGCAGGTGCGAATAAGCGGG > 1:2064/1‑143 ATTTCAAATTTAATTATAAGAAAATAGTGAGAGGTGGGGCCGCATTCTACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAA < 2:488049/143‑1 AATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑CTAATTCGCGAAGGTGCGACTAGGCGGGGAAATTCTT > 1:684288/1‑143 AATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATGTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT < 2:847837/143‑1 TGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCT < 2:973142/143‑1 ATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGC < 1:852655/143‑1 AGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TAACTACGACATTATCCGGATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTC > 2:982748/1‑143 AGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGCAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATT < 2:122139/143‑1 GTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTT < 1:647272/143‑1 GTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTT > 2:8093/1‑143 GTGTACTGATCCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGGAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTT < 1:915172/143‑1 TGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTC < 1:124061/143‑1 TGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGATGCGAATAAGCGGGGAACTTCTTCTCGGCTGGGTCAGTCATTTg > 2:632740/1‑142 ACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTGTTGTAACCAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATT < 2:760715/143‑1 CTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATCTCATTAACATTAAGGTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATCAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGACTGACCCAGTCATTTCATcg > 1:574771/1‑141 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GTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGACTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTTGGATGAATCAGTGATTTCATTTCTTCATGTTTGAGTCGATTTT > 2:227312/1‑143 GGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGGTGCAATT‑TTTGCATGATGATTGGTGAAGGTGCGAGTAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTT < 1:467990/143‑1 TATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCG > 1:167095/1‑143 ATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGCTTGTTGCCTTTAATTGTAT‑TTAATTAGAGAAGGTGAGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTGAGTCATTTCATATCTTCATGTCTGAGCCGGTTAGTTCTCCCGT > 2:83401/1‑143 TAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTACTTCATGTTTGAGCCGATATTTTATCCCGCAAATG > 2:139165/1‑143 TAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTATCGGCTGACTCAGTCATTTAATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATa > 2:138925/1‑142 AACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTTCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCT > 2:888020/1‑143 AACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTTCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCT < 1:412829/143‑1 ACATTTGATTAACATTAAGTTGATTGTTGCGTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 2:114740/143‑1 ACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 2:902300/143‑1 TCATTAACATTAAGTGGATTGTTGCCTTTCTTAGTAT‑TTAATGAGGGAAGGGGCAAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATC < 1:230362/143‑1 cagTAACATTAAGGGGATTGTTGCCGTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGTAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCA < 1:347009/140‑1 ATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAG < 2:290430/143‑1 ATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGACCCTATTCAAATAACCGGGAAATTCCTGCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAG < 1:426772/143‑1 ATTAACATTAAGATGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGACTTGAATCAG > 2:334748/1‑143 TTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGCAATTCTTATCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGGTTTTTTCTCCTGTAAATGCCTTGcgtcggc > 2:563846/1‑136 ATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATT > 1:23553/1‑143 TGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGACATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTCGACCGTTTC > 2:577857/1‑143 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TGTAT‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTTTTCATGTTTTAGCCGATTTTTTCTCCCGTATTTGCCTTGAATCAGTCTATTTTTATCTTTTCTTTGCCATTTAAG > 1:141911/1‑143 T‑TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 1:662830/1‑143 ATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTACGGCGTTATC > 1:90001/1‑143 TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATTCCTTGAATCAGCCTATTTATACCGTTTCTTCGCCCTTTAAGGCGTTATCC > 2:195470/1‑143 TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGACTCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTGAGGCGTTGTCC > 2:79274/1‑143 TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 1:1015705/143‑1 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 2:704813/143‑1 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 2:563741/143‑1 AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCATATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC < 2:684613/143‑1 GGGAAGGTGCGATTAAGCGGGGGGATGCTCCTCGGCTGACTCACTCATTTCATTTCTTCATGTTTCAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTCTTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 2:316583/143‑1 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 2:919313/143‑1 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 1:450672/143‑1 ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTAT‑TTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979626‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |