Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 288,813 | T→C | 9.8% | E117G (GAA→GGA) | xynR ← | CP4‑6 prophage; DNA‑binding transcriptional repressor XynR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 288,813 | 0 | T | C | 9.8% | 138.9 / 2.9 | 57 | E117G (GAA→GGA) | xynR | CP4‑6 prophage; DNA‑binding transcriptional repressor XynR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/29); new base C (3/3); total (25/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGGTAGTGTACTGATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCT > NC_000913/288673‑288954 | aGGTAGTGTCCTGCTAGCCCGCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTCGCCGCTGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCa < 2:577954/143‑1 (MQ=255) gtgtGCCGATAGCCGTCCAGCAGGGCGTTCAGCGCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAAtctt < 2:684178/143‑1 (MQ=255) gggtACGGATAGAGCGCCAGGAGGGCGTGCAGCTCGGCCGCGT‑GCAGCCGGGCGAGCAACACCTTGGCGATGGCGGGGGCGGGCACCGGCAGGGGGCGGCCGAGGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAAtctt < 1:356333/141‑1 (MQ=255) gtACTGATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGACGGCGGCCAGCTCGCCTGCAAtcttct > 2:570933/1‑143 (MQ=255) tattGACAGCCCTCCAGCTGGGTGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTtctc < 2:563579/140‑1 (MQ=255) tACTGATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CTAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTtctc < 1:958689/143‑1 (MQ=255) tACTGATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTtctc < 2:671578/143‑1 (MQ=255) aaCTGATAGCCCGCCAGCAGGGCGTTCAGCCCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTtctc < 1:280932/142‑1 (MQ=255) cTGATGGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGGTCGG‑AACGCGCCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGa < 2:713825/143‑1 (MQ=255) gATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGata < 1:345548/143‑1 (MQ=255) aTAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTTCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGCATAGGCGATCGCGGCCAGCTTGCCTTCCATCTTCTCGatac > 1:575967/1‑142 (MQ=255) cggcggggCGTTCGGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTGGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCtt < 2:430139/138‑1 (MQ=255) cagcagGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGAAGCCAGACCGCTGTCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCtt > 1:687092/1‑143 (MQ=255) gcagGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATACACTCCTTCa < 2:945946/143‑1 (MQ=255) gggCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGACTAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCATCAATCTTCTCGATATAGACACCTTCACGc > 1:6070/1‑143 (MQ=255) ttCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCACTCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTc > 2:733710/1‑143 (MQ=255) tCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTcc > 1:350659/1‑143 (MQ=255) tCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTcc > 2:783649/1‑143 (MQ=255) catcccGGCCTCGC‑CCAGCCAGCCAACCAACCCCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACAGGCAAGCGGCGTCCTATGCGTGAATAGGCTATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCa < 1:471024/138‑1 (MQ=255) aGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAg < 1:972534/143‑1 (MQ=255) aGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAg < 1:536646/143‑1 (MQ=255) ggCCCCGC‑CCAGCCAGGCAATCGACTGCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATcc < 2:775910/143‑1 (MQ=255) gcccgGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGggtg < 2:235123/143‑1 (MQ=255) agGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCGTGCCTTCAATCTTCTCGATAGAAACCGCTTCTCGCCCGTCCAGGCTCCCCCGATGGGTGGTc > 1:514858/1‑143 (MQ=255) agGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATACGCGATGGCGGCCAGCATGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCCCGCCGGTTCGGGAGCCCCAGATGCGTGGTc > 2:4910/1‑143 (MQ=255) tCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGCCGGGTGGTCTGCCCg > 2:276032/1‑143 (MQ=255) acacCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGCATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTCCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCCCCCCCGTCCAGGCGGCGCCGATGCGTGGCCTGCCCgccc > 2:383876/1‑140 (MQ=255) acacCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTCCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTc > 1:168279/1‑143 (MQ=255) acacCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTCCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTc > 1:662224/1‑143 (MQ=255) gATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACa > 2:687756/1‑143 (MQ=255) gATGGCGGGGGCGGGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACa < 1:404622/143‑1 (MQ=255) aTGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCTATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAg > 1:808766/1‑143 (MQ=255) cGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTcc < 2:837871/143‑1 (MQ=255) tGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGGCAGCTCCGCcaggca > 1:338473/1‑143 (MQ=255) gCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTcagcccg > 2:521520/1‑141 (MQ=255) gCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCtttt < 1:808990/143‑1 (MQ=255) gCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGGCCAGGATCCCCAGCTGGGTGGTCCGGCCGGTCCGCCGGGCCACCGCCGTCagccagccgtgt > 2:843532/1‑139 (MQ=255) gATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGaa < 1:946903/143‑1 (MQ=255) gATGCGGGGATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCACTCGTCGCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGaa < 2:415540/143‑1 (MQ=255) aggCGTGAATGGGGGGTGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAat < 2:59123/141‑1 (MQ=255) cGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATc > 1:395922/1‑143 (MQ=255) cGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTCCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCCGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATc < 2:168279/143‑1 (MQ=255) cGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTCCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATc < 2:662224/143‑1 (MQ=255) gTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCg < 1:211373/143‑1 (MQ=255) aaTAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATg > 1:598570/1‑143 (MQ=255) aaTAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCCCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCCTCTGCCGAATAGCGGTg > 2:264487/1‑143 (MQ=255) cGATGGCGACCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAAACCCGTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAGTATCGATGGAGccc > 2:454860/1‑143 (MQ=255) gATGGCGGCCGGGTTGTCTTCAGGTTTCTCGATATAGCCCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCa < 2:568492/143‑1 (MQ=255) ggcggcCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGa > 2:222968/1‑143 (MQ=255) ggcggcCAGCTTGCCTCCAATCTGCTCGATAGAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGa < 2:856447/143‑1 (MQ=255) cgcCAGCTTCCCTTCAATCTGCTCGATATAGCCCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACaa < 1:301639/142‑1 (MQ=255) gctcgCTTGCCTTCACGCGTCCCGATATAGACCCCTTCGCGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCAGCCCCTTCTTCCTGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACaaa < 2:254032/139‑1 (MQ=255) ccAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGCGCCCACGACaaaa > 1:831988/1‑143 (MQ=255) aGCTCGCCTTCAATCTGCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGAGGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATg < 2:966190/143‑1 (MQ=255) ttGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCTCGCCCGTCCAGGATCCCCAGCTGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTTCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGcc < 2:76709/143‑1 (MQ=255) gggCCTTCAATCTTCTCGATAGAGACCCCGTCACGCCCGTCCAGGAGCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGcc < 1:20783/141‑1 (MQ=255) cTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGGCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCCTCGGCCGACTCTCGCCGGAGCCCACGCCCAAACGGCCccgc > 2:908046/1‑143 (MQ=255) ttCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGCTGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCt > 1:444388/1‑143 (MQ=255) ttCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATACGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGGCAGCTCCGTCAGCCAGGCTCTTGGCTACTGCCGAACATCGCTTGAGCCCACGACAAGATGCCCgcgcc > 2:350974/1‑142 (MQ=255) | AGGTAGTGTACTGATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGC‑CCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCT > NC_000913/288673‑288954 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |