| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,239,610 | C→G | 7.1% | intergenic (+65/‑334) | alx → / → sstT | putative membrane‑bound redox modulator Alx/serine/threonine:Na(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,239,610 | 0 | C | G | 7.1% | 177.3 / 3.4 | 63 | intergenic (+65/‑334) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator Alx/serine/threonine:Na(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/23); new base G (2/3); total (37/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTG > NC_000913/3239470‑3239750 | gtctGGCATTCGGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 1:26439/140‑1 (MQ=255)gtTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 1:222997/143‑1 (MQ=255) ctGGCATCCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGCGTGAATTATCGGCAGGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTcccgc < 2:415138/142‑4 (MQ=255) tGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAggg > 2:682447/1‑143 (MQ=255) tGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTGCCAcgg > 1:563561/1‑143 (MQ=255) tGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGAATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCCCCCTTCCAggg > 2:253716/1‑143 (MQ=255) ttCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTCTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGcagacg > 2:654192/1‑141 (MQ=255) tCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTCACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAggg > 2:257881/1‑143 (MQ=255) cTGGTGATGACCTTTAGTAGCGACGCCTCGGTGAATTATCGGCATGAGAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATGAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCGCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:569083/143‑1 (MQ=255) cTGGTGATCGCGCGTATTATCAGCGCCTGGGTGATTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGTCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTGGAAGGGAGAggga < 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1:620544/1‑143 (MQ=255) tattatCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTaa < 2:56520/143‑1 (MQ=255) cGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa < 1:253026/143‑1 (MQ=255) tGACTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCt < 1:919252/143‑1 (MQ=255) tGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAATCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGCATTTTCCGCACCgctgct > 2:905719/1‑143 (MQ=255) gcaTTAGCGGCACGATAGCCGGCGGGGTGGATATTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACGCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCGCTCCCGTCCGGGGAGAGGGTCGGGGTGCGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg < 2:867121/141‑1 (MQ=255) 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1:699102/1‑143 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGAGGAGAATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCAGACCGATGGTGGACGGTTccca > 2:890815/1‑142 (MQ=255) aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAcc > 2:147906/1‑143 (MQ=255) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGCTCCCCCCACCCTAACCct > 2:739002/1‑143 (MQ=255) ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCctc > 1:194461/1‑143 (MQ=255) tgcatatTTCTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGCCATTAACGTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCtctc < 2:801060/140‑1 (MQ=37) tGGATAATCTTTCCTCTGCCTATGCCCTGTACCTTGTCAGTAGCATGGGCCCCGTTGCCTCCCTTTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGCTGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCtctc < 2:533891/143‑1 (MQ=21) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCGTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTCCCCCTCACCCTCGCCCTCTccc > 1:922361/1‑143 (MQ=255) aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGATGGCCTGTTCCCCTCCCCCTACCCCTCTcccc > 2:351136/1‑143 (MQ=255) agttttCATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCGCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCaaa < 2:567176/141‑1 (MQ=255) tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAAc > 1:997327/1‑143 (MQ=255) tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTACTTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACgg > 2:173837/1‑143 (MQ=255) tcggCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTCACATGAGCAGCGTTCTCTCCCTCTCCCTTCCGGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGa < 2:198437/140‑1 (MQ=37) ggCCTAAGCCTGGTGCCCTGTCATTAGCATGAGCACCGTTTTCCCCCTTCCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTCAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAgg < 1:608991/142‑1 (MQ=21) gtcTAAGCCGTGTACCCCGTCATTATCTTGAGCATCGGTCTTGGCCGTTCCCTCGGAGGTCGAGTGTCTGGGTGCGGGTAACTTTTCGCATCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCAAACGTGGCGAggg < 2:355258/141‑1 (MQ=16) gCCTCAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGCAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAggg < 1:975529/143‑1 (MQ=255) aaGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACt > 1:174578/1‑143 (MQ=255) aaGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACt < 1:714828/143‑1 (MQ=255) ccGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCCCCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGCGGGGGCTGAc > 1:620644/1‑143 (MQ=255) tgtACCTTGGCTGTAGCATGAGCTCCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCGGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCATGCACTATGAAACTCTGCCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGa < 2:218004/143‑1 (MQ=255) gtACCCTGTCATTAAGATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAATCGGGGCGAGGGGAATGACCGAg > 2:855054/1‑143 (MQ=255) cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGACGGGGGACTAACCGAGTcc > 2:72770/1‑143 (MQ=255) cTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGAGGACCGACCGAGTCCtt > 1:873307/1‑143 (MQ=255) tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAACCGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCttt > 1:622286/1‑143 (MQ=255) tcctgaaCATGCGCCCCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCttttt < 1:27599/138‑1 (MQ=255) aTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGCtgttg > 1:417161/1‑143 (MQ=255) aTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTCGtgttg > 2:261396/1‑143 (MQ=255) cACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtcatc > 2:230775/1‑143 (MQ=255) ttCTCCCTCTCCCCTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTCTCGCACCGATGCTGGCCAGAAATTTGGTGTGTTACCCTCCCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTgg < 1:743516/143‑1 (MQ=255) gaccctctccctGGAAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCCCCATAACCCTCTCCCCAACCGGGCCGGGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAAGTTGTCATCGGTCTGGac > 1:188907/3‑142 (MQ=255) ccctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGc > 1:937352/1‑143 (MQ=255) ccctctccctGGAAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGCCCGAGTCCTTCTCAGATGTTGTACTCAGTCTGGAAGc > 2:384526/1‑143 (MQ=21) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTACCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGCCTGGCGGCCCAACGTTg > 1:927353/1‑143 (MQ=25) | GTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTG > NC_000913/3239470‑3239750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |