Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,253,285 | T→A | 7.3% | intergenic (+18/+33) | yhaI → / ← yhaJ | putative inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional activator YhaJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,253,285 | 0 | T | A | 7.3% | 138.2 / 2.3 | 52 | intergenic (+18/+33) | yhaI/yhaJ | putative inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional activator YhaJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/20); new base A (2/2); total (30/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.70e-01 |
TTGCTCTTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCACGACGCCAGGCCATAATAATATCGATCTCGCTGGTCGATTC > NC_000913/3253154‑3253425 | ttGCTCTTTTTTGTTTCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCt > 2:548219/1‑143 (MQ=255) ttGCTCTTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGAAATATCGcccca < 2:794947/143‑2 (MQ=255) gCTCTTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCttt < 2:211990/143‑1 (MQ=255) tctTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCTCTGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCttttt < 2:535951/143‑1 (MQ=255) 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1:960249/1‑143 (MQ=255) tttATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAAtaataa > 2:20690/1‑143 (MQ=255) ttGGGTGGCTCGTGCTTGTGGCTGTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGAGCCGATGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCTCTTTTTATTAACAATAATAAatat < 2:756484/143‑1 (MQ=255) ggctggctCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAAGAATAGAtatta > 1:884216/1‑143 (MQ=255) ctggctCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATattatt < 1:378312/143‑1 (MQ=255) ctCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCATAGAATTGGGGTGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTcc > 1:426172/1‑143 (MQ=255) 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2:952696/1‑143 (MQ=255) ttttCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGa > 1:971644/1‑143 (MQ=255) caGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGc < 1:891159/143‑1 (MQ=255) gAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAg < 1:548219/143‑1 (MQ=255) cTTCTGGCAGCAGTCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAAGTAATCTTAGAATTGGGGCGATATGTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAg < 1:167707/143‑1 (MQ=255) cTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAg < 2:239756/143‑1 (MQ=255) 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1:798744/143‑1 (MQ=255) cGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCac < 2:660433/143‑1 (MQ=255) aTCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCGATACTGTCacgc > 2:579634/1‑142 (MQ=255) aTCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCacga > 1:537492/1‑143 (MQ=255) gAAGGTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCAGAACATTTATGATTTTCGCTTCCCCCATTCTGTCTCCACGcc > 1:956325/1‑143 (MQ=255) aaGTTTGGTTCAAATGAAGCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCACGACGCCa < 1:983991/143‑1 (MQ=255) 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1:703294/143‑1 (MQ=255) cgtAGCATTGGGGCGATGTTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATGTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCACGACACCAGGCCATAATAATATCGAtc < 2:945463/141‑1 (MQ=255) ttGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCACGACGCCAGGCCATAATAATATCGATCTCGCTgg < 2:553300/143‑1 (MQ=255) aggggCGAAATATCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTccc > 1:484861/2‑97 (MQ=255) aggggCGAAATATCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTccc < 2:484861/96‑1 (MQ=255) ggCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCTCAAACACCAGGATTTCTCTTCGCCCATTCTCTCACTACGCCAGGCAATCATAATAACGATCTCCCAGGTcct > 2:650885/1‑141 (MQ=255) gCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCACGACGCCAGGCCATAATAATATCGATCTCGCTGGTCGAt > 1:821438/1‑143 (MQ=255) gCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCACGCAGACACAAGGATTTCGCTTCCCCGATACTGTCACGACGCCCGGCAATAAGAATATCGATCTCGCAGATCGaa > 2:509894/1‑142 (MQ=255) cGATTTCTCTCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGTAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTTTCACGACGCCAGGCCATAATAATATCGATCTCGCTGGTCGAtt < 2:589321/143‑1 (MQ=255) gATATTTCGGTCTTTTTTGGTTACGTTATTAAATGGTGTTTTTCGTTAAAAAGTTGGGTAATTTCCCGCGGTCACCAGGATTGCGCTTCCCCCATACTGTCACGACGCCAGGCCCTAATAATATCGATCTCGCTGGTCGATTc < 2:442713/143‑1 (MQ=255) | TTGCTCTTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCACGACGCCAGGCCATAATAATATCGATCTCGCTGGTCGATTC > NC_000913/3253154‑3253425 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |