Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,268,494 | A→G | 9.2% | intergenic (+187/+315) | tyrB → / ← yjbS | tyrosine aminotransferase/uncharacterized protein YjbS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,268,494 | 0 | A | G | 9.2% | 110.1 / 2.2 | 52 | intergenic (+187/+315) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase/uncharacterized protein YjbS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/19); new base G (3/2); total (31/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 |
ACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAA > NC_000913/4268352‑4268636 | agtGTCGTCGCTTTCACTCTTTCGTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGa < 2:538162/141‑1 (MQ=255) aCTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAGCGTTGTTAGTTCTTTTTTTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGa < 2:493261/143‑1 (MQ=255) ccgtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAg < 2:810784/141‑1 (MQ=255) tcgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGtaa > 1:403875/1‑143 (MQ=255) 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1:194299/1‑143 (MQ=255) tttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc < 1:364534/143‑1 (MQ=255) tataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCa > 1:745744/1‑143 (MQ=255) taGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGGGTAATCATTTGTGCCCATCTAACCctt > 1:860869/1‑143 (MQ=255) gatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTaa < 2:372481/143‑1 (MQ=255) tttttttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTCTTAAAt > 2:369121/1‑143 (MQ=255) ttttttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTGTTTGGTTTGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAtt < 2:556393/143‑1 (MQ=255) tGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataata > 1:614369/1‑143 (MQ=255) ttCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCgg > 2:234751/1‑143 (MQ=255) cGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGGGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTg > 2:928060/1‑143 (MQ=255) cGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGGGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTg > 2:985957/1‑143 (MQ=255) gagagaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTa < 2:230995/143‑1 (MQ=255) agagaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTACATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTAc > 2:433410/1‑143 (MQ=255) agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGa > 2:174127/1‑143 (MQ=255) acataataCACGTTGCTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGa < 2:1010177/141‑1 (MQ=255) taataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGTGTGGAGTAATAATTTCTTCACATCTAACCATTATTTAATTTAATAATATGTATTGTGTTTGTTACGAttg > 2:903175/1‑141 (MQ=255) taataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAg > 1:205692/1‑143 (MQ=255) ataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGaa > 2:365541/1‑143 (MQ=255) catccttgctATTTCTCTTATTGTTGTGCTTATCCGACTTCTCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAata < 2:163983/138‑1 (MQ=255) gttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATTGGGTTGGTTACGATAGAATATTTc > 2:753617/1‑143 (MQ=255) gttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGTATTGTTACGTTAGAATATTTc > 2:376139/1‑143 (MQ=255) tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCta < 1:251929/143‑1 (MQ=255) gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtat < 2:194299/143‑1 (MQ=255) gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtat < 2:403875/143‑1 (MQ=255) ttCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCt > 2:165550/1‑143 (MQ=255) tCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTc > 2:444080/1‑143 (MQ=255) ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGa > 1:669525/1‑143 (MQ=255) tATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGaa > 1:159827/1‑143 (MQ=255) 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1:985521/143‑1 (MQ=255) aaTTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGc > 1:707032/1‑143 (MQ=255) tATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCtg < 1:174127/143‑1 (MQ=255) tCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGTGTGTAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTTTATTTCCTCAAGAATATGCTTTGCTGTATTGCCtgtg > 2:352875/1‑143 (MQ=255) tCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGTGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAGGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCtgtg > 2:824651/1‑143 (MQ=255) ttCCGTAGCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCt < 1:118209/143‑1 (MQ=255) ccTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGATTTTTTga > 2:647987/1‑143 (MQ=255) ccTTATCCTG‑TTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTgag > 2:234141/1‑143 (MQ=255) ttATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTTCCTTTTACTTTTTgaga > 2:216563/1‑143 (MQ=255) tttttGGGTGGAGTACTAATTGCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATtata < 2:470157/143‑1 (MQ=255) ttGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTCCGATAGAATATTTCTCTATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTTTTGCCTGTGACTTTCTGAGATTAACTTATAGTa > 1:927762/1‑143 (MQ=255) gTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGt < 2:669525/143‑1 (MQ=255) aGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTaaa < 1:365541/143‑1 (MQ=255) | ACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAA > NC_000913/4268352‑4268636 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |