| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 563,871 | C→T | 10.5% | A204T (GCC→ACC) | fimZ ← | putative LuxR family transcriptional regulator FimZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 563,871 | 0 | C | T | 10.5% | 93.7 / 3.9 | 38 | A204T (GCC→ACC) | fimZ | putative LuxR family transcriptional regulator FimZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/14); new base T (2/2); total (22/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-02 | |||||||||||
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NC_000913/563732‑564011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |