New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3110452 | 43 (0.950) | 4 (0.090) | 3/260 | NT | 8.8% | intergenic (+11/+138) | pheV/yghD | tRNA‑Phe/putative type II secretion system M‑type protein |
? | NC_000913 | = 3110475 | 41 (0.920) | intergenic (+34/+115) | pheV/yghD | tRNA‑Phe/putative type II secretion system M‑type protein |
GAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTG > NC_000913/3110337‑3110616 | gagGCTAAGCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGATCCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGc < 1:852472/143‑1 (MQ=255) tCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCttt > 2:663671/1‑138 (MQ=255) tCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCttt < 1:663671/138‑1 (MQ=255) aGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTCGATCt > 2:65455/1‑143 (MQ=255) ggttAATGCGGCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGa < 2:265991/141‑1 (MQ=255) gTTTAATGCGCTCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGa < 1:864386/143‑1 (MQ=255) gTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAGATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGCTCCTGCGTTTGGATCTGa > 2:580943/1‑143 (MQ=18) gTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTCAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGa > 1:604756/1‑143 (MQ=255) tttAATGCGCCCCGTTGCGCGGATAGCGCAGTCGGTAGAGCAGGGGGTTGAAAATCGCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCGGGGCACCACTAATTCTTAAGACCCCGCCCACACGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAc > 2:520256/1‑143 (MQ=21) aaTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACact > 1:800366/1‑141 (MQ=255) gtccgcccGTCGCCCTCATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAACCCCCGTGTCCGTGGTTCGACGCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATaa < 2:26944/138‑1 (MQ=25) ccccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGCTCTGACAATAACCtt > 1:314707/1‑143 (MQ=255) ccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGCCAATCACCTTCa > 1:703064/1‑143 (MQ=255) cGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCAc < 2:783571/143‑1 (MQ=255) aGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAg < 1:394568/143‑1 (MQ=255) aGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAg < 1:123136/143‑1 (MQ=255) gcgcAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGc < 1:787581/140‑1 (MQ=255) cTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCCCCACTAAGTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATCACCTTAACGAAAACAATTAGCt > 1:141169/1‑143 (MQ=25) gTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAGCCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGt < 2:576577/143‑1 (MQ=255) gCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCCCGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTggg > 2:851151/1‑143 (MQ=255) cAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTgggg > 1:490179/1‑143 (MQ=255) ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGa < 1:819735/143‑1 (MQ=255) aTCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGc < 1:571858/143‑1 (MQ=255) gtCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACTTTac > 1:381566/1‑142 (MQ=255) tCCTGGGTTCGATTCCGAGCCCGGGCACCACTAATTCTTAAGACCCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAAc < 1:671297/143‑1 (MQ=255) ttGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCCCTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAAACTGCTGGGCGCGAGTGAAATTAGCTTATCAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACgag > 1:888389/1‑143 (MQ=255) ttGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGTGTTGTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTGGCCACGTTAACgag > 1:82358/1‑143 (MQ=255) ttGGTTCGATTCCGAGGCAGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTGTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATAAGCTTATAAAGACTGGGGGAATTCCCCTCGGCACGTTACCgag > 2:503123/1‑143 (MQ=255) tGGTGCGACCCCTAGCCCGGGCACGACTAATGCGTAAGAACCCCCCCACAAGGCGGGTTGTTGCTGTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACgaga < 1:365857/143‑1 (MQ=255) tGGATCGATCCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTGAAGAACCCGCCCAGAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAACTAGCCTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACgaga < 2:895894/143‑1 (MQ=255) ttCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAACAATTAGCTTATACAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACgacggga > 1:71850/1‑138 (MQ=255) gggCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTa > 1:858336/1‑143 (MQ=255) gggCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTACACGAACAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACACACGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGatctca > 2:197531/1‑139 (MQ=255) accacTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATGAGGTCTGGGGGAATTACTCGCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATACTAAtct > 2:127111/1‑143 (MQ=255) cacTAATTCTTAAGACCCCCCCGACTTGGTGTTTTGCAGCTAGTGTATCTGACAATAACCTTCACAAAACAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGTGTTTCTCTCGCCACGCTAACGAGCGAAATTTTATTGAGATTAATCTcc > 2:401633/1‑143 (MQ=255) cTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTg > 1:823970/1‑143 (MQ=255) tAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTGTATTAAGATTAATCTCCGGa > 2:713641/1‑143 (MQ=255) ttCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATATTATTGATATTAATCTCCTGATAc > 1:805978/1‑143 (MQ=255) tCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTttaagaattagtggtgcccggcctcttaatcgaaccaatgacccggggaatctcaataccctactctaccgactgaactatccgggcaacggcgcgcactaaacatgattcgcc < 1:624169‑M2/143‑115 (MQ=255) tCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTttaagaattagtggtgcccggactcggaatcgaaccaaggacacggggattttcaatcccctg > 1:272076‑M2/1‑29 (MQ=255) tCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTttaagaattagtggtgcccggactcggaatcgaaccaaggacacggggattttcaatcccctg < 2:272076‑M2/92‑64 (MQ=255) tCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGACAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGCATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTACTTTTATGAATATTAATCCCCTgttcct > 2:721864/1‑138 (MQ=255) ttAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACttt > 1:87992/1‑143 (MQ=255) gggggcggGTTTttaagcagtaggggtgcccggactcggaatcgaaccaaggacacggggattttcaatcccctgctctaccgactgagctatccgggcaacggggcgcattaaacctgattcgcctcgtctcgtcaatcaaa > 1:394531‑M2/4‑12 (MQ=255) ggCGGGTTTTTGCTTGTGGATCTGTCAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTA‑CCCCGTCCAAACTCCAg < 2:6549/143‑1 (MQ=255) gCGGGTTTTTGCTTTTTGAGCTGACAATGACCTTCACGCAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAg < 2:394531/143‑1 (MQ=255) cGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGc < 1:476281/143‑1 (MQ=255) cGGGTTTTTGCCTTTGGATCGGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGc < 1:182516/143‑1 (MQ=255) ttttGTTTCTTGCTCTGTCAATAACTTTCACTGAAACAATCAGCTTATAACGTCTGGGTGCACTACCTTCCCCACGTTAGCGAGAGTAATTTTATTGATATTCATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTg < 2:485370/143‑1 (MQ=255) ttttGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTg < 1:21177/143‑1 (MQ=255) ttttGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATGAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTg < 2:687614/143‑1 (MQ=255) | GAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTG > NC_000913/3110337‑3110616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |