New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3854888 | 43 (0.950) | 5 (0.120) | 5/246 | NT | 10.9% | coding (967/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
? | NC_000913 | = 3854930 | 42 (0.990) | coding (1009/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
ATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGG > NC_000913/3854789‑3855071 | aTCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGCCGCGCTGGAGCCGTTCCCCTCACTGGCCGCCCCGGCCGGCGc < 2:130954‑M2/143‑2 (MQ=255) cTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGCGAGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGAGGGGGcgcgggtcg < 1:119297‑M2/143‑10 (MQ=255) tGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcgg > 1:281667/1‑143 (MQ=255) gTTGGGCGTGGCGACTGTCTGGAGGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcggcg < 2:34284/143‑1 (MQ=255) tttGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGCCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGGTGGTcggcgg > 2:103207/1‑143 (MQ=255) tGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCGCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCGGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTc > 1:562594/1‑143 (MQ=255) gatgaATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCaaa > 1:590850/1‑143 (MQ=255) atgaATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCaaaa < 1:9369/143‑1 (MQ=255) aaTGGCGGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACAt < 1:895765/143‑1 (MQ=255) cTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCGGGCGCGCTGGGCGGCGGTCTGCAAAACATTGGtt > 1:820916/1‑143 (MQ=255) gtcGCTGCTCGTGCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTGTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCg < 2:88611/141‑1 (MQ=255) tgctCGTTCCCGCCGCGCGGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTg < 1:581583/143‑1 (MQ=255) tCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGCTGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGt < 2:22389/143‑1 (MQ=255) ccgccgCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCg < 1:862416/143‑1 (MQ=255) cgccgcGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGCCGCGCTGGTCGCCGGTCTGCAAAACATTGCTTCCGGCGTGctcgcctcgc > 2:677304/1‑143 (MQ=255) gccgcGCTGTTCTTGTTCGGGGCCGGGATGCTCTGTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCGGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGct < 2:457911/143‑1 (MQ=255) ccgcGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGCTGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGGTGGTCGGCGGTCTGCAAAACCTTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGctc > 1:154833/1‑143 (MQ=255) gtgcgtttcCGTTGCCGGGATGCTGTTTCTGCTGGCGACCAGCGGCGCGGTGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGa < 2:479098/138‑1 (MQ=255) gtcccttttCGGCGCCGGGATCCTGTTCCCGCCGGCGCCCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGCCGGCCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGa < 1:4085/138‑1 (MQ=255) ttCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGGCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGAt > 2:67204/1‑143 (MQ=255) ttCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTGCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGAt < 1:736828/143‑1 (MQ=255) tttttCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGtt > 1:504372/1‑143 (MQ=255) tgcGGTGCGGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGCGCCGTTTCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGcc < 1:649409/141‑1 (MQ=255) ggTGCAGGGAGGCTGTTGCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAACACATTGGTAGCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCa < 1:613718/143‑1 (MQ=255) tGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCaaa > 1:75339/1‑143 (MQ=255) cGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTGTCTGCGATGTTGCCCCAAACCg > 2:158976/1‑143 (MQ=255) aTGCGGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCa < 2:598487/143‑1 (MQ=255) tGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctggtcggcagcggacacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaaccaccagcgccccgacattcatc < 2:877770‑M2/143‑81 (MQ=255) cGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCCCTCTGCGATGTTGCCGCCAACCGGTCCGGGCAGccgc > 2:351974/1‑141 (MQ=255) gCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTgg > 1:677412/1‑143 (MQ=255) ctggtcgccAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGAGGTTGCCGCAAACCGGTCAAGGCAGCCTggg > 2:86688/8‑143 (MQ=255) tGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCGCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTGTGCAAAACAGTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGGGCTCCGCGAGGTTGACGCAACCCGGTCCGGGCGGCCttcgg > 2:174176/1‑139 (MQ=255) gCGACCGGCGGTGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAATACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCGCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGgtt < 1:73540/143‑1 (MQ=255) gCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCAGGTCGGCGGTCTGCCGAGCCTCGGTTGCGGCGTGCTGGTGGCGTTCTCCGCGCTGTGGCCGGCAACTGGTCCGGG‑AGCCTgggggtc > 2:55665/1‑140 (MQ=255) gACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCACAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCCGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCCGGGCCGCCTGGGgtcgc > 1:168885/1‑140 (MQ=255) aCCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtc < 1:57370‑M2/143‑95 (MQ=255) ccAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcggcgtgcagacattcatcagggcaaaccagtgg < 1:48265‑M2/143‑96 (MQ=255) cAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGGGGGCCCGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAACCATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCACACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGGTGTtga > 1:66924/1‑143 (MQ=255) cAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGACGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTtga > 2:760222/1‑143 (MQ=255) gAGCCGCTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCGGCCTGGGGTTGTTGATGCCCGTAATggg > 2:347281/1‑143 (MQ=255) gCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGTGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGAt > 1:364005/1‑143 (MQ=255) ccGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCTGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGAtt < 1:753251/143‑1 (MQ=255) cGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGAttg < 1:711726/143‑1 (MQ=255) ttCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCGGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGAttgtt < 1:832272/143‑1 (MQ=255) ccccTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGa < 1:739713/143‑1 (MQ=255) tGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGACGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCgtgctg > 1:747262/1‑143 (MQ=255) tGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGCCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCACACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCgtgctg > 2:827898/1‑143 (MQ=255) gggCACGGCTGGCGcgctggtcggcagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatccacatcagcaagccagccagcaggcagc > 1:877770‑M2/1‑14 (MQ=255) aCGGCTGGCGcgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatccacatcagcaagccagccagcaggcagcagat > 2:57370‑M2/1‑10 (MQ=255) ggCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGc < 2:281667/143‑1 (MQ=255) ggCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGCGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATAGGATTGTTGATCGTGCTGTgctggctcc > 2:536652/1‑141 (MQ=255) gcgggCGCGCTGGGCGGCGGTCTGCAAAACATGGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGGCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGcc < 1:134992/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCGCGGGTCGGCGCTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGTCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCg < 1:448334/143‑1 (MQ=255) gcgcgcTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGCGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTTGCTGCCGCTg > 2:181795/1‑143 (MQ=255) cgcgcTGGTCGGCGGTCTGCTAAACACTGGCTCGGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCGGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGAGTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTgg < 2:229813/143‑1 (MQ=255) | ATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGG > NC_000913/3854789‑3855071 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |