| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 77,372 | A→G | 6.5% | noncoding (6/227 nt) | sgrS → | small regulatory RNA SgrS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 77,372 | 0 | A | G | 6.5% | 154.1 / 2.1 | 62 | noncoding (6/227 nt) | sgrS | small regulatory RNA SgrS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/26); new base G (2/2); total (33/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
TCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAA > NC_000913/77232‑77514 | tCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGc > 2:848253/1‑143 (MQ=255) cTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTGCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCaa < 1:576285/143‑1 (MQ=255) tGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAg > 2:754964/1‑143 (MQ=255) tGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAg > 2:281159/1‑143 (MQ=255) 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1:702056/143‑1 (MQ=255) tCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATACTTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCAt > 2:794640/1‑143 (MQ=255) gcggagcaTTGCCATCGGCTGAGGAGGTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCAt < 2:372195/139‑1 (MQ=255) cGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGTAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTCTCACTATCTTATTTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATg < 1:170043/143‑1 (MQ=255) cGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATg < 1:38132/143‑1 (MQ=255) gtGCCACGGGCGGATGAGCTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATGTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGt < 2:747900/142‑1 (MQ=255) 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1:348647/1‑143 (MQ=255) cGGTTGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCa < 2:34879/143‑1 (MQ=255) gcaCTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTAtt < 1:561093/141‑1 (MQ=255) aaCTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCACTATATTAAGTCAATAATTCATAACAATACAGCAGTACAGAACCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTAttt > 2:392429/1‑143 (MQ=255) tgttgtTGCAGACGAGCAGATGGCATACAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCATAGCTTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGGCGGGTTTATAAGCCCTCATTTAc > 2:352190/1‑143 (MQ=255) ttgttgCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACCATTTTACcg > 2:638208/1‑143 (MQ=255) 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2:436862/1‑143 (MQ=255) aTAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCCGCACTATTTTACTGCGACAGCGACGTTGTGCTGGtg > 1:325569/1‑142 (MQ=255) tAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTg < 1:848253/143‑1 (MQ=255) aaaGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCATATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATTAAGCAAGGGGGTGCCGCATGCGTCAGTGTTATCAGCACTATTTTACAGCTACAGCGAGGTTGTGCAGGATgag > 2:118807/1‑141 (MQ=255) aaaGGGGAAATCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTAAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAACTTCTGCTGGTTCCg > 2:857656/1‑143 (MQ=255) ggAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGt > 2:156394/1‑143 (MQ=255) 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1:748258/1‑140 (MQ=255) aaaaGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCcaca > 2:294864/1‑143 (MQ=255) aaaGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACaa > 1:680786/1‑143 (MQ=255) aaGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAAc > 1:74945/1‑143 (MQ=255) aaGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAAc < 1:754964/143‑1 (MQ=255) aaGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAAc < 1:529290/143‑1 (MQ=255) acggccattgtattttCCCTATATTAAGTCAGTAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTTCCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGAt < 2:662612/137‑1 (MQ=255) aGCAATTTGACTTTCTCGATATTATGTCAATAATTGCTAACGATGAAGCAGGGGGGTGCGCCATGCGTCATGTTTATCAGCACGATTTTACCGCGACCGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTa < 2:146947/143‑1 (MQ=255) gCAATTTTATTGGCCCTATATTGAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTaa < 1:269142/143‑1 (MQ=255) cattgttattctCCCTACATTAAGTCAATGATTCCTACCGAGGTATCGTTGCTGTCCCCAATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGATATCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAAc < 2:144748/138‑1 (MQ=255) tttattttCCCTATATTAAGTCAATACTTCGTAACGATGTAGTAAGGTGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCCGCACTCTTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTCCTGCTTGCGATGGTTCAGCGCCACACACCGATTAACCATg > 2:593731/1‑143 (MQ=255) ttattttCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAAACATGc > 1:536476/1‑143 (MQ=255) tCCCTATATTACGTCAATGATTCCTAACGATGCAGCAAGGGGGCGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAg < 2:680001/143‑1 (MQ=255) ctaccttACGTCAATAATTCCTACCGATGACCCCCGCCGGCGCACCATGCCTCCGTTCTGTCAGCACCATTTTACCTCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTTCGTTGGCTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGAc < 2:684940/138‑1 (MQ=255) aGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGAGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCAAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCATCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAg > 1:248587/1‑143 (MQ=255) tCCTAGCGATGAATCAAGTGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGAcc < 2:192858/143‑1 (MQ=255) tCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGAcc > 1:846021/1‑143 (MQ=255) ccTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCg < 1:107581/143‑1 (MQ=255) gATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTc > 1:717391/1‑143 (MQ=255) gATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTc > 1:729787/1‑143 (MQ=255) aGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGaaa < 1:281159/143‑1 (MQ=255) | TCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAA > NC_000913/77232‑77514 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |