Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,288,033 | T→G | 9.2% | intergenic (+23/‑57) | yraH → / → yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,288,033 | 0 | T | G | 9.2% | 99.0 / 5.0 | 48 | intergenic (+23/‑57) | yraH/yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/22); new base G (3/2); total (23/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.73e-01 |
CCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACA > NC_000913/3287895‑3288175 | ccagttgTATTGTCAATGTTGACCTCAGGGCTTAGTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCa < 2:719888/137‑1 (MQ=255) aTGGCAGTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGGAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGAt < 1:49871/143‑1 (MQ=255) aTTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGc < 1:292829/143‑1 (MQ=255) gTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCCTTATCTGACCTGTCATGGAACGCCCt > 2:494327/1‑143 (MQ=255) aaggTTGACCTCATCGCGTACTACGTAGCAACCGTAGTTCCATGGGTAGGGAACCCAGGGTACGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCtttt < 2:395931/140‑1 (MQ=255) aaTGTTGACCTCATCGCTTCCTTCGTATCAACCGGAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTAAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCtaac < 2:888128/143‑4 (MQ=38) aaTGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCACATAACGCCCtttt > 2:699612/1‑143 (MQ=255) ttGTCCTCATCGCTTACTACGTCTCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTttcctt < 1:812540/143‑1 (MQ=255) ttGATCTAATCGCTTACGACTTATCGACCGTATTTCCATTATAAATCACCCCGTGGGAAGCAGAGTCTATCGGTAACGTAACGCGTGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTTTCAGATAACGCCCTTttcctt < 2:711144/143‑1 (MQ=255) gACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCCGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGCGCGTTATCTGACCTGTCAGATCACGCCCTGttccttcc > 1:150794/1‑143 (MQ=255) cccTCATCGCGTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATGAGAAATCACCCGAGGGGAAGCAGACGCTATCGTGAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTtccttcct < 2:334759/142‑1 (MQ=255) cTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTGctct > 1:687208/1‑143 (MQ=255) tCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCtt > 2:160919/1‑143 (MQ=255) tCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTCTCAGATAAGGGCCTTttcctttcccgt > 2:278277/1‑137 (MQ=255) cGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATCCGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTCTTCCTTCCTCTTtctc > 2:562631/1‑143 (MQ=255) ttACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGtt < 1:653202/143‑1 (MQ=255) cGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCCGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCa > 1:716004/1‑143 (MQ=255) ccGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGaaa < 2:777965/143‑1 (MQ=255) cGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAAGGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGGAGTAGGTTGaaaa > 1:440029/1‑143 (MQ=255) tttcATCCGTAATCCCCCCTGGTGAAGCGTGCGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGTCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAAc < 2:301441/140‑1 (MQ=255) aTCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATg > 1:428702/1‑143 (MQ=255) tCAGCATTCACCCCAGGAGAAGTAGTCCCTATCTTTAACGTAACGCTGCATTACCGTTACTACGTTAGTCCGTTATCTGACCTGTCATATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGt < 2:233601/143‑1 (MQ=255) aTCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATACCGATGTCAAAAc > 2:710963/1‑143 (MQ=255) aTCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGAGAACGCCCCTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGATGACACATCACCATGCCacacc > 2:427535/1‑139 (MQ=255) cccAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACa > 2:459372/1‑143 (MQ=255) ccAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACAt > 2:324337/1‑143 (MQ=255) aaGCAGAGCCTATCGTTAACGGAATGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGTGCGTTATCTGACCTGTCAGATACCGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGt < 2:838015/143‑1 (MQ=255) ttgggcgcgATCGTTGACGTGCCGCTGGACTACGGTTAATCCGTGAGGGCGTTATCTGACCGGTGAGATAGCGCCCTTTTCCGTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGa < 2:524625/138‑1 (MQ=255) aCGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTCCCTCTTTCTCGTTGTACCACGCTAAAAAATAACTATGCCAAAACGAACATTCTCGGTACTAtt > 2:646564/1‑143 (MQ=255) tgtaaggTTGGATTCTCGTTAAGACGTTAGGGCGTTATCTTACCTGTCAGATAACGCTTTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAATATAACTATGTCTAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTgtgt < 2:32002/142‑1 (MQ=255) gtaacgCTGGATGACAGTTAATCCGTTCGGGCGTTATCTGACCTTTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTa < 2:178551/143‑1 (MQ=255) cTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTCTGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTCACCTTATTGTGTAGCctct > 2:615329/1‑143 (MQ=255) gTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCa < 1:673014/143‑1 (MQ=255) aTACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGgcg < 1:699423/143‑1 (MQ=255) aCGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCGTTTTCCTTCCTCTAACACGTGCTACTAGGCAGCGGCGGAACTATGTGACGTGGAACATGGGCGGTGAGGTTATCCGTGGTGTGGAGCGTCTGTATGGGGCAGGCGCt > 2:634479/1‑143 (MQ=255) ttAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGc < 1:324337/143‑1 (MQ=255) ggCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCagga < 2:626960/143‑1 (MQ=255) ggCGTGATCTGATCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTGCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCATAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCagga < 2:532163/143‑1 (MQ=255) gCGTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCaggag > 1:497280/1‑143 (MQ=255) cGTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTGAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGATTCTCTATTGGCGAGGCGCCTGCaggatg > 2:165222/1‑141 (MQ=255) gtaaTCTGAGCCGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAggagga < 1:75641/140‑1 (MQ=255) gTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGCTATTAACCCTGTTGTGTGGCTTCTGTATGGGCCGGGCGCTTGCAggagga > 1:502893/1‑143 (MQ=255) tCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCg > 1:145786/1‑143 (MQ=255) cTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGAGCTGCACGTAACTTGGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGt > 1:886997/1‑143 (MQ=255) tGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAAGTTGAAAAATAACTATGTCCAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGtt > 1:438597/1‑143 (MQ=255) gACCTGTCAGGTAACGCCCTTTTCCTGCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGttt < 2:317675/143‑1 (MQ=255) gACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGttt < 2:428702/143‑1 (MQ=255) ccTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTa < 2:122345/143‑1 (MQ=255) tGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACa < 2:656416/143‑1 (MQ=255) tGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACAAACATTGGCGGTGAGATTAACCCTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCGAGGCGCTTGCAGGCGGAATCGCTTTACa > 1:320686/1‑143 (MQ=255) | CCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACA > NC_000913/3287895‑3288175 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |