Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,729,408 | C→G | 8.8% | intergenic (‑37/+35) | xylB ← / ← xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,729,408 | 0 | C | G | 8.8% | 154.0 / 8.4 | 57 | intergenic (‑37/+35) | xylB/xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/27); new base G (3/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.35e-01 |
GGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGC > NC_000913/3729266‑3729550 | ggCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTAc < 1:670572/143‑1 (MQ=255) ggCGCGAAACGGTCAGCTCTTCCGTTTGCGCAGCAACAACATCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTCCACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTAc < 1:519831/143‑1 (MQ=255) cGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGATaccg < 2:252772/143‑4 (MQ=255) cGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCg < 1:672568/143‑1 (MQ=255) ggTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGATaccgg < 2:103900/143‑5 (MQ=255) gTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTCGCTTAAAAAAAGACCCTG‑TACCGCTACCGAttcacggc > 1:370364/1‑136 (MQ=255) tCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCGCGAGGTGCCTAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCACTAAAAAAATGCACGG‑CATCGCTACCGATAACCAGGc > 2:297542/1‑143 (MQ=255) ttttCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACg < 1:497902/143‑1 (MQ=255) ccGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGCTCACTAAAAAAAAGCAGGG‑TGTCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACt > 1:884708/1‑143 (MQ=255) gTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACAGATAACCGGGACACCGGACTGc > 2:169316/1‑143 (MQ=255) tttGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGca > 2:875934/1‑143 (MQ=255) agcaACCACCTCACCCTGCTCGTCGAGCAAAATCACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAg < 1:212272/143‑1 (MQ=255) accaccTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGt > 2:80873/1‑143 (MQ=255) ccaccTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCCCCGTTAGCCGtt > 2:368951/1‑143 (MQ=255) accACCCCGCTCGTTGAGCAAAATCACCTTTACGCCCGAGGTGCCAAGCTCTATCCCGATATCCTTATCGATCGTTCCTGAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTAttt < 1:253202/141‑1 (MQ=255) cACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCACGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGt > 2:636295/1‑143 (MQ=255) cACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGt < 2:736793/143‑1 (MQ=255) cACCCTGCTCGCTGAGCAAACTAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCCATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAACAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGt < 1:289423/143‑1 (MQ=255) ccTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATGTGTCGa > 1:839918/1‑143 (MQ=255) tGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑GATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGatc < 2:232122/143‑3 (MQ=255) gCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACCGCACAGTTAGAACTTATTTGTCGAACa > 2:530259/1‑143 (MQ=255) tCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGa < 1:486233/143‑1 (MQ=255) gTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATa > 2:461593/1‑143 (MQ=255) gAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTAGCCCGATACACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATg < 1:250649/143‑1 (MQ=255) cAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGAGAAAGGtt > 2:420233/1‑143 (MQ=255) aCTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGa < 1:89938/143‑1 (MQ=255) cTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAgct > 1:835938/1‑141 (MQ=255) ttttACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACGGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGCACAGATAATGGGTTACACGAtt > 1:278080/1‑143 (MQ=255) cGCCCGCGGTGCCAAGATCTGTCCCGATCTACATATCGATCGTTCCTTCAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCa < 2:373237/143‑1 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCa < 1:580915/143‑1 (MQ=255) tccAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTg < 1:670450/142‑1 (MQ=255) cAAGATCTATCACGATATACATATCAATCGTTCCTTAAAAAAATGCGCGG‑TATCACTACCGAAAACCGGGCCAACGGAATGCACAGTTAGCCGGTAATTGTCGAACAGATAATGGTTGACCAGATTTATCAGTTGGTCATGGc > 2:807437/1‑143 (MQ=255) cAAGATCTAGCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGc < 1:828968/143‑1 (MQ=255) gaccTATCCCGATATACATATCGATCCTCCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGAc < 1:29657/140‑1 (MQ=255) accTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATTCCCGG‑TATCGCTACTGATAACCGGGTCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGAcc < 2:596734/141‑1 (MQ=255) aTCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTCTTTATAGAAAAAAAAATGGTTTAACAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCActc > 1:78428/1‑143 (MQ=255) tCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCActct < 1:530259/143‑1 (MQ=255) cccGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTg < 1:80873/143‑1 (MQ=255) cccGATAGACGTATCGATCGTGCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTg < 1:688106/143‑1 (MQ=255) cGATATACATATCGATCGTTCCTTCAAAAAATGCCCGT‑TATCGCTACCGAGAACCGCGCCAACGCACGGCACACTTAGCCCTTATTTGCCGCACACACATTGCTCTCCCACATCTTCCAGTTCCTCCTGGCGACCACTCTGag > 2:144852/1‑142 (MQ=255) cGATATACATATCGAGCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGAt < 1:274594/143‑1 (MQ=255) cATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGACCAGCTACTGGTTTCCCAGATTCTCCCGTCTTTCCTCACGCCCCCTCTGATGCGCCgg > 2:689735/1‑143 (MQ=255) atatCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACAGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTCTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGTCGAACCCTCTGACCCAccagc > 2:230501/1‑140 (MQ=255) atcgatcgTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGACTTTCCAGTTGTTACTGGCGACAACACTTCTGCACCGtaga > 2:296942/1‑143 (MQ=255) tcgTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAat < 2:248616/143‑1 (MQ=255) ttCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGCGACAAatgat > 2:267528/1‑143 (MQ=255) ttAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTc > 1:536054/1‑143 (MQ=255) ttAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTc > 1:738057/1‑143 (MQ=255) aaaaaTGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGACGTGTTTATGCGGACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGa < 1:651291/143‑1 (MQ=255) aaaaaTGCCCGG‑TATCGCGACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGa < 2:471756/143‑1 (MQ=255) ccggttATCGGTAGCGAT‑ACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTCGCCGTTATTTGTCGAACCGATAATGGTTTACCCGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGCGCACAttt > 2:175582/6‑143 (MQ=255) ccggttATCGGTAGCGAT‑ACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGGCCACTCTGATGCACTGGAGACCAATGATGTTCCTGAGCATAttt > 2:881545/6‑143 (MQ=255) ccggttATCGGTAGCGAT‑ACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATAATGTTCGTGAGCATAttt > 1:288712/6‑143 (MQ=255) ccGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGTTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACTGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATAttt < 1:61825/143‑1 (MQ=255) ccGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATAttt < 1:875934/143‑1 (MQ=255) cGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTg < 1:142089/143‑1 (MQ=255) gg‑TATCGCTACCGATAACCAGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGGAATTTGTCGAACAGAGAATGGTTTACCAGATTTTCCACTTGTTCCTGGCGACCACTCAGATGCACCGGAAACAAATGGAGTTCCCGAGAACAtttcg > 2:323937/1‑141 (MQ=255) gCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAAt < 2:411915/143‑1 (MQ=255) cTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCCGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGCCAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAACTc > 1:822967/1‑143 (MQ=255) ccGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTCTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACACATGATGGTCTCGAGCATATTTGGCTacctccgc > 2:859360/1‑136 (MQ=255) | GGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGC > NC_000913/3729266‑3729550 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |