Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,981,102 | T→A | 11.5% | V72V (GTT→GTA) | yifK → | putative transporter YifK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,981,102 | 0 | T | A | 11.5% | 110.4 / 7.4 | 46 | V72V (GTT→GTA) | yifK | putative transporter YifK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/18); new base A (2/3); total (23/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.09e-01 |
CATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTC > NC_000913/3980961‑3981243 | cATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAaccggtta > 1:777092/1‑143 (MQ=255) cATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAaccggtta > 1:427179/1‑143 (MQ=255) ttGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGGaccgggtacc > 1:644173/1‑143 (MQ=255) cGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGGACCCGGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCGTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCCTGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAaccggttaccggtt < 1:54338/143‑1 (MQ=255) tCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAATTGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTAACCGgttcg < 2:681856/143‑1 (MQ=255) cGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTGCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTAACCGgttcga < 2:797102/143‑2 (MQ=255) cTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGc > 1:380890/1‑143 (MQ=255) cTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCCGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCCTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAaccggttgccggttgatgcgc > 2:116103/1‑136 (MQ=255) cTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATAGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTAAATGCGCGAAATGTTGTTCCTCGACCCGGTTAGCGGTTCGTCCGc > 2:702339/1‑143 (MQ=255) gTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCg > 2:682197/1‑143 (MQ=255) ttATGGGGGCGGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGtt < 1:416434/143‑1 (MQ=255) ttATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGtt < 2:863984/143‑1 (MQ=255) tATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCGGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGttt < 1:33099/143‑1 (MQ=255) gaTGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTGGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGttt < 1:558443/142‑1 (MQ=255) tcgctctcgccAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTAt < 1:882324/136‑1 (MQ=255) ggggCCGCCAGTACCCTGAGATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGCCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATgc < 2:656352/143‑1 (MQ=255) ccgccAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTGCGTTCGCCGTTTATGCGCAt > 2:332622/1‑143 (MQ=255) cgccAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATc > 1:48238/1‑143 (MQ=255) gccAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCGATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCg < 2:72547/143‑1 (MQ=255) gTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTtat > 1:863821/1‑143 (MQ=255) cTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCGTTTTCCTCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAGCCGGTTACCGGTTCGTTCGACGTTTATGCGCATCGTTATATCAg > 2:328756/1‑143 (MQ=255) tGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGGTTCTGCGCAGCGTTATATGAGc > 1:716323/1‑143 (MQ=255) ccgggccATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGGACCGGTTACCGGTTCGTTCGGCGTTTGTGGGCATGGTCAGATGAGCCGGTTCgtt > 2:441554/1‑143 (MQ=255) cgggccATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTg < 1:668994/143‑1 (MQ=255) gccATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCt < 1:342232/143‑1 (MQ=255) cATCCGTATTGTTGGCCTATCTCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGACATGTTGTTCCTCGCACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGACCCCGCTCTTTCGCTAt > 1:255731/1‑143 (MQ=255) aTTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCg < 1:365954/143‑1 (MQ=255) gtttGCCTATATCATCGGCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGTGTTCAATGGGCGAAAGGTTGTTCCTTGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCt < 1:750927/143‑1 (MQ=255) ttgGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTGCATCATGTGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTg > 1:247805/1‑143 (MQ=255) ggCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTAACCGgttcgag > 1:673266/1‑85 (MQ=255) ggCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTAACCGgttcgag < 2:673266/87‑3 (MQ=255) atatCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTGAATGGGCGAAATGTTGTTCAACAAGTATGGCTGCGGTTCGTTCGCCTTTCATCCGCATCCTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTAc < 1:891708/143‑1 (MQ=255) atcGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGtt > 1:345582/1‑143 (MQ=255) atcGCCGGGCTGCTCGTCTTTTTCATCATGCTTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGtt < 1:638488/143‑1 (MQ=255) gCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGCTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCCCGTCTTACTGGTGTATGTGGa > 2:194387/1‑143 (MQ=255) ttCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTCATGTGGATGGc > 2:274225/1‑143 (MQ=255) gTCTATTGCATCAGGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTGCCTCGAACCGGGTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCGCACCGGCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGt < 1:702339/143‑1 (MQ=255) tcatGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATctct > 2:886218/1‑143 (MQ=255) catGCGTTCACTGCTCTAAATGTTGTTCCGCGCCCTGCTTCCCGCTTCTGTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGGCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTg < 2:868137/143‑1 (MQ=255) gtGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCTCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGa < 1:452703/142‑1 (MQ=255) ctGGGCGCACTGTTGTTCGTTGAACCGGGCACCGGTTCTTTCCCCGTTCCTGCGCAGCGTTATCTGAGCCCGTTCTTTGTCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGc < 2:662134/142‑1 (MQ=255) aTGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGc > 2:239017/1‑143 (MQ=255) aaaTGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGc > 1:555445/1‑143 (MQ=255) tgttgtTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGtt < 1:740735/143‑1 (MQ=255) gttgttCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTAGATGAGCCCGTTCTTTGGCAGTCTCCCAGCCTGGTCTTACGGGTGTGTATGGATGGCGGGGGAGATCTGTGGAATCACCGGCATTGGTGttc > 2:719289/1‑142 (MQ=255) ttgttCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTGGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTa > 2:673790/1‑143 (MQ=255) ttgttCCTCGAACCGGTTACCGGTTAGTCAGGCGATTATGCGCATCGTTATGTGTGAGACGACACAACCTATCTAGATTCCTGTTCTTACTGGTTTATGTGCATTGCTGTGGCGATCTCTGCAATCACCGCCATTGGCGGTTa > 2:396549/1‑143 (MQ=255) ttCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGt < 2:247805/143‑1 (MQ=255) ttCCTCGAACCGGTTACAGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTATGTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGGTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCCCTGAAATCACTGCCATTGGCGGTTgtgt > 2:562028/1‑143 (MQ=255) gaacGAACCGGTAACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTGACCGCCTGGTCTTAATGGATTATGTGTATGGCGGTGGGGATCTCAGCAATCACCGCCATTAGCGCTGATGtac > 2:248807/4‑141 (MQ=255) cTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCa < 1:637227/143‑1 (MQ=255) ccggttaccggttCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTg < 1:669140/143‑1 (MQ=255) ccggtaaccggttCGTGCGCCGTCTATGGGCATCGGTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTg < 1:349085/143‑1 (MQ=255) acggttaccggttCGCTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTg < 1:283297/142‑1 (MQ=255) cggttaccggttCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCTCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTTGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTgg < 1:141838/143‑1 (MQ=255) ggttaccggttCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCCGTTCTCGt > 1:547376/1‑143 (MQ=255) ttaccggttCGTTCGCCGTTGATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCGTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTc < 2:86375/143‑1 (MQ=255) | CATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTC > NC_000913/3980961‑3981243 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |