| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,376,280 | G→A | 8.4% | intergenic (+15/‑37) | efp → / → ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,376,280 | 0 | G | A | 8.4% | 167.4 / 5.9 | 68 | intergenic (+15/‑37) | efp/ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/27); new base A (3/3); total (38/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
CAGGTACTGGTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCC > NC_000913/4376138‑4376421 | cttgTACTGGTGGCTAACCGGCTACCCTGTCGACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGTCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCg < 1:125326/140‑1 (MQ=255) tACGGGTGGCAAACCGGCGACCCGGGCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAAGCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCt < 1:278802/143‑1 (MQ=255) tggtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCCTCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTTTAGAGCGTAGTAATGAGGTTGTGGTGCGGCCTgga > 1:370396/1‑141 (MQ=255) tggtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGCAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCa > 2:689543/1‑143 (MQ=255) tggtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGCAGTAATCGGGTTGTGGTGCGGCCTgga > 2:556909/1‑141 (MQ=255) tggtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCa > 1:163756/1‑143 (MQ=255) tggtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCa > 1:214207/1‑143 (MQ=255) tggtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTAGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCTCGTGAAGTAATGCGGTTGTGTTGCGGCCTGCa > 1:579532/1‑143 (MQ=255) gCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTg > 1:4211/1‑143 (MQ=255) gCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGATTAAAGTTCCGCAGTTTGTACAAATCGGCGAAGTAAACAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCGCTCGCATGAAGTAAGGCGGTTGTCGTGCGGACTGCAGGCTg > 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cTACCCTGTCTACTGGCGCTATGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCAc < 1:657640/143‑1 (MQ=255) tACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACt > 2:443271/1‑143 (MQ=255) aCCCGGCCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACtt < 1:483861/143‑1 (MQ=255) tGTCTCCTGCCGCTCTGGTTACAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTc < 2:474287/143‑1 (MQ=255) tGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTCAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTc < 2:104132/143‑1 (MQ=255) tACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt < 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gtgGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACGAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAgatgat < 2:441173/143‑1 (MQ=255) gtgGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCGGAgatgat > 2:375435/1‑143 (MQ=255) tgGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGatgatg > 2:839402/1‑143 (MQ=255) ttCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGCTGACACGCCtt > 2:795282/1‑143 (MQ=255) ttCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCtt > 1:803775/1‑143 (MQ=255) ttCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACCTATCCAGCCCAGAGATGACAAAACAccct > 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tCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTttgctt < 2:213539/143‑1 (MQ=255) ggCGGAGGCATCAAAGTGGGTACCCGCTCTGGGGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTttgcttgc < 1:196956/143‑1 (MQ=255) ggCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGACACGCCTTATCGTTCTTGTCttgcttgc > 1:491127/1‑143 (MQ=255) gCGAGGTCATCGAAGTGGGTACCCGCTCTGGGGAATACGCCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGcc < 2:603750/143‑1 (MQ=255) gCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAAGCCGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGcc < 2:604404/143‑1 (MQ=255) gAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTCAAGTAACGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCTGCACCATCACCTATTACGGTCAGAGATGATGAAACGGCATATCGTTCCTGTTTTGCTTACCAg > 2:485737/1‑143 (MQ=255) gtcgATACCCGCTTGGGTGAAACCGTCTGTCGCGTGAAGCACTGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGCGATGATGAAACGCCTTATCGCTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCAc < 1:171701/140‑1 (MQ=255) gTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTccc > 2:273994/1‑141 (MQ=255) tGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACg > 1:308632/1‑143 (MQ=255) cccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGt < 2:214207/143‑1 (MQ=255) cGCTCTGTTGCGTTCGTCTCTCGCTTGACGTAACGCGGTTGTGGTGCGGGCTGCAGGCTGCTCCATCACTTATTCTGGTCAGAGATGATGACCCGCCTTATCCAACTCAACGTGTTTGGTAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTaa < 2:733335/143‑1 (MQ=255) tctGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGCTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAacac < 1:844449/143‑1 (MQ=255) gAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTcg > 2:300569/1‑143 (MQ=255) gtACGTCTCTCGCGTGAAGGAAGGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGCTGAATCGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTcgcg < 1:282327/142‑1 (MQ=255) ctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCg < 1:368545/143‑1 (MQ=255) tctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCgg > 1:785845/1‑143 (MQ=255) tctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGGAACACCGCTCGCGGTGTCgg > 1:311694/1‑143 (MQ=255) tAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGATTCGGCGAAGACATCaa > 1:115571/1‑143 (MQ=255) tAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAAAGCCTTATCGTTGTTGTTTTGCTTGCCAGAATGCTACTTGCGG‑GCTGTAAAACAGGTCGCGGGTTCGGCGAAGACATCaa > 2:98873/1‑143 (MQ=255) aggCGGTTGGGGCGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAAc < 1:760991/141‑1 (MQ=255) cGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATccaccctc > 2:810671/1‑136 (MQ=255) ggTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCAAGATGCTCACGG‑GCGGTAACACCGCTCGCGGTTTAAGCGCAGAAATCACACAttt > 2:270227/1‑141 (MQ=255) gTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACAtctc > 1:741091/1‑143 (MQ=255) gTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTGCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGCCACACCGCTCGCGGGTGCGGCGACGTCATCAAACAgctc > 2:659803/1‑143 (MQ=255) tgtgGTGCGGCCTGCAGGCTGCTCTATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTGGCTGGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCgg < 1:19721/143‑1 (MQ=255) ggtggtgCGGCCTGTAGGCTGGACTATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATAGTTATTGTTGTTCTTTCCTGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCgg < 2:315842/142‑1 (MQ=255) tggtgCGGCCTGCAGGCTGCACCATCCCTTATTCAGGTCAGAGCTGATGAACCGCCTTATCGCTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACCCCGCTCGCGGTTTCGCCCAAGACCTCACACCTCTCGCCa > 2:774301/1‑143 (MQ=255) ggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTAGTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCaa > 2:18002/1‑143 (MQ=255) gtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAg > 2:466842/1‑79 (MQ=39) gtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAg < 1:466842/79‑1 (MQ=39) tgCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTCACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGAACTACAAAATATCGGCAACt > 2:714692/1‑143 (MQ=255) cGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGGTGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCCGC‑CGCGGAGAAGTAACACCGCTCGCGCTGCCGGCACAGCCATCAGACCACACGGCacccca > 2:534353/1‑138 (MQ=255) | CAGGTACTGGTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGG‑GCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCC > NC_000913/4376138‑4376421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |