| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 568559 = | 1364 (41.880) | 39 (1.260) | 16/252 | NT | 2.9% | coding (245/333 nt) | emrE | multidrug/betaine/choline efflux transporter EmrE |
| ? | NC_000913 | 568576 = | 1304 (41.960) | coding (262/333 nt) | emrE | multidrug/betaine/choline efflux transporter EmrE | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1650 total aligned reads displayed.
GGTACAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCC > NC_000913/568417‑568701 | aaaaagcataaaacgaggctcatataaatagaagagcctcgatattttagtcgtttagaaacaaattattttaatgtggtgtgcttcgtgacaataaattaataatcaacacaccggcacaaatcaacatcatgcctataatg > 2:347723‑M1/143‑143 (MQ=255) gTACAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACgg > 2:432317/1‑143 (MQ=255) tACAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGc > 2:128384/1‑143 (MQ=255) tACAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTGACTGTCGTGGGGATTTTTCGGCCAACGGc > 1:108149/1‑143 (MQ=255) tACAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGGTATTAGCTGAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGc > 1:152075/1‑143 (MQ=255) aaagcataaaacgaggctcatataaatataagagcctccatattttagtcggttagaaacaaattattttaatgtggtgtgcttcgtgacaataaattaataatcaacacacaggcacagatcaacatgatgcctataatGGc < 1:428108‑M1/3‑1 (MQ=255) aCAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCt < 1:601549/143‑1 (MQ=255) cAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTg < 1:6340/143‑1 (MQ=255) gcataaagcgaggctcatataaatataagagccgccatattttagtcgtttagaaacaaattattttaatgtggtgtgcttcgtgacaataaattaataatcaacacaccggcacaaatcaacatcatgcctataatGGCTgg > 2:402847‑M1/138‑143 (MQ=255) aaTTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGTTTGCTTCTGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTgg > 1:440745/1‑143 (MQ=255) ttattTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATGGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCGTGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTgggc > 1:279266/1‑141 (MQ=255) ttatgTTTTATTGTGCATCATGCTGGTTATTGGCTCAGACGCTGGTTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCCATCTGCTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTAGGCCAACGGCTggcc < 2:335225/143‑3 (MQ=255) ggtttGGTACTGTGCCGCGTGCTGGTTAGTAGCTCAGCCGCTCGCTTACATTCCTACAGGGCTTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACCGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGAcc < 1:390861/141‑1 (MQ=255) attTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCt < 1:72829/143‑1 (MQ=255) tATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATGTTTCTGCCACCGGCTGGAACTaccggc > 2:510743/1‑143 (MQ=255) ttGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGGCGGTATTGTCCTGTTAAGATGACCGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTgccagcca > 1:295602/1‑143 (MQ=255) gtgCATCATTTTGGTTATTCGCTCAGGCGCTGGGTTATTTTCCTAGAAGGTTTGCTGATGCTATCTGGTCATGAGTCTGTATTGTCCTGATTCGCTTACTCTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGCTCCTGCCAGCCAtt < 2:528823/143‑1 (MQ=255) tgtaaatacaatagccgccatattttagtcgcttagaaaccaatgattttagtgtggtgtgcttcgtgataataaattaataatcaacacaccggcacaagtcaacatcatgcctataatGGCTGGACCTGCCAGCCATtata > 2:369164‑M1/121‑143 (MQ=255) catcatTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTGTTCGGCCAACGGCTGGGCCTGCCAGCCATtata > 1:370905/1‑143 (MQ=255) ataaatataagagcctccatattttagtcgtttagaaacaaattattttaatgtggtgtgcttcgtgacaataaattaataatcaacacaccggcacaaatcaacatcatgcctataacGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAg > 1:547647‑M1/120‑143 (MQ=255) catTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGCCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGc < 1:468282/143‑1 (MQ=255) atTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTCCAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTGTTGTCCTGATTAGCTGACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATGATAGGCa > 2:621679/1‑143 (MQ=255) ttCTTGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCat < 1:361122/143‑1 (MQ=255) ttCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCat < 1:218538/143‑1 (MQ=255) cTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCatga < 1:411111/143‑1 (MQ=255) ttattaGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGtt < 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tCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGAAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCGGCCATTATAGGCAGGATGTGGATTtgtg > 1:248080/1‑143 (MQ=255) cAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTgcgc < 2:474133/143‑1 (MQ=255) aGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGcc < 1:499920/143‑1 (MQ=255) aCGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCgg > 1:258058/1‑143 (MQ=255) aCGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTCCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGCATTGTCCTCATTAGCTTACTGTCATGGAGATTTTTCGGCCAACGGCTGCACCTGCCAGCCATGATAGTCATGATGTTCGTTTGATCCgg > 2:18116/1‑143 (MQ=255) gCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTCCTGTCATGGGGATCTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGTCTTTCTAGGCATGATGTTGATTTGTTCCGgtg > 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2:220553/143‑1 (MQ=255) tGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATg > 1:324287/1‑143 (MQ=255) tGTCATGGCGACTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATg < 1:479851/143‑1 (MQ=255) gTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATgg < 2:518376/143‑1 (MQ=255) tCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGCTTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGCCTAAAATATGGa > 1:191573/1‑143 (MQ=255) tCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTACAATAATTTGTATCTAAACGACTAAAATATGGa < 2:393137/143‑1 (MQ=255) cATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCAGACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAg < 2:250960/143‑1 (MQ=255) aTGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAACATGGAgg > 1:398486/1‑143 (MQ=255) tGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATggcggc > 2:195571/1‑143 (MQ=255) tGGGGAGTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCGGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCCCAGTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGc < 2:555069/143‑1 (MQ=255) gggATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATAGAGGctc > 2:498412/1‑143 (MQ=255) tttttCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCACTATAAACACAATGTGGAGTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATCAAAATAATTTGGTTCTAACCCTCTAATATATGGAGCCTCctat > 1:333203/1‑143 (MQ=255) ttttCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAACCACACCACATTAGAATCATTCGTTTCTAAACGGCTACAATAGCGACGctcgtcta > 1:610171/1‑138 (MQ=255) ttCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatt > 2:306187/1‑143 (MQ=255) tCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatattt < 1:16143/143‑1 (MQ=255) tggCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATCGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGCGTTGATCATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTACAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatattta < 2:450347/142‑1 (MQ=255) cGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatattta < 1:351003/143‑1 (MQ=255) ccAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatttatat < 1:507921/143‑1 (MQ=255) cAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTACTTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGCCTCTTATATTTATATg > 2:581269/1‑143 (MQ=255) aCGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAg > 2:549017/1‑143 (MQ=255) | GGTACAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCC > NC_000913/568417‑568701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |