| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,166,293 | C→T | 100% | A70V (GCC→GTC) | ndh → | NADH:quinone oxidoreductase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,166,293 | 0 | C | T | 89.0% | 87.5 / 2.4 | 40 | A70V (GCC→GTC) | ndh | NADH:quinone oxidoreductase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/4); new base T (20/15); total (21/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGAACGTAAAATCGCCTAT > NC_000913/1166152‑1166429 | aGCTGGGGCATATGCGTAGACGAAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGAGGGTAACCACAGAATAGTGTGGAAGCTGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCTCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGcc < 2:193064/143‑1 (MQ=255) taTAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTTCGCTGGTCGAGCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATgcgcg < 2:626978/142‑1 (MQ=255) gCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATc > 1:91798/1‑143 (MQ=255) gagACGCAATAAAAGAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGACGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATg < 2:380669/141‑1 (MQ=255) 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1:413085/1‑143 (MQ=255) tgaCGCTGCTCGATGGTAACCACAGGCAGATGGGGAAACCGCTGCGGCACGAAGTGGGGACTGGCGCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTcc < 1:173156/141‑1 (MQ=255) gCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCa > 1:268676/1‑143 (MQ=255) tGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGCAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCCATCATGGTTTCCAGTTCCAGCCGGGTTCCGTCatt > 2:605271/1‑143 (MQ=255) gATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCattgatat > 1:93609/1‑143 (MQ=255) tCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCCCGATCCTGGTTTCCAGATCCCGCTCGGTTCCCTCcttgctattg > 2:529455/1‑143 (MQ=255) aaCCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGGCATTGCTATTGGTCg > 1:103397/1‑143 (MQ=255) acgtcgaCCTGCGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTTGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGaa < 1:52510/137‑1 (MQ=255) acaGGCACCGGTGGTAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGaa < 2:452278/143‑1 (MQ=255) aCCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGaaa < 1:621134/143‑1 (MQ=255) ccggtgGCAACGGCTGCTGCCCGCAGTGGCGACTGGTTCGCCTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCGGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGaaaa < 2:405198/140‑1 (MQ=255) gAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATCTTGATCGTGAAGCGACAACAATCa > 1:588807/1‑143 (MQ=255) cggctgcACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGc < 1:49078/141‑1 (MQ=255) cGAAGTGGCGACGGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTgc < 1:200256/143‑1 (MQ=255) gAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCACGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCAAAAACAATCACTATTGCAGAACTgca > 2:581697/1‑142 (MQ=255) ggCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGGCACTCATATGGAAAGTGAAGCGACAACAATCACCATGGCAGAACCGCGcgacg > 2:157329/1‑143 (MQ=255) tGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCCGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGAAGAACTGCGCGACGAGAAAg > 1:78570/1‑143 (MQ=255) 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1:278642/143‑1 (MQ=255) atgaAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATAAGGCCCGCGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAActgctg < 1:500822/143‑1 (MQ=255) tgaAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGCACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTgg > 2:390863/1‑143 (MQ=255) gaAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAACACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTgga > 2:276923/1‑142 (MQ=255) gCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCg > 1:598834/1‑143 (MQ=255) cGTCGATGCCTTGATCTTTCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATCGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCgg < 2:50171/143‑1 (MQ=255) gTCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGa > 1:577931/1‑143 (MQ=255) tCGATGCGTTGAGCTATCTGGTCCATGCGCGCAATCGTGGTTGCCATTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGaa < 1:363347/143‑1 (MQ=255) cTATCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGCTCGTGAGGCTAAAACAACAATGGGGGTTGTATTGCTCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGAACGTAAAATCGCCt < 1:298596/143‑1 (MQ=255) aTCTGGTCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGAACGTAAAAACGCCTAt > 2:172422/1‑143 (MQ=255) | AGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGAACGTAAAATCGCCTAT > NC_000913/1166152‑1166429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |