Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,719,876 | C→A | 81.9% | intergenic (+108/‑173) | yiaG → / → cspA | putative DNA‑binding transcriptional regulator YiaG/cold shock protein CspA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,719,876 | 0 | C | A | 81.9% | 65.5 / 12.0 | 40 | intergenic (+108/‑173) | yiaG/cspA | putative DNA‑binding transcriptional regulator YiaG/cold shock protein CspA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base A (20/12); total (25/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.65e-01 |
CCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCC > NC_000913/3719739‑3720014 | ccGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAAt > 1:545815/1‑143 (MQ=255) ccGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAAt < 1:168159/143‑1 (MQ=255) ggCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGc < 1:301329/143‑1 (MQ=255) ggCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGAGGCTTAATga > 2:385296/1‑142 (MQ=255) gCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGca > 1:592845/1‑143 (MQ=255) gCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGca > 2:562265/1‑143 (MQ=255) taagtaagCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGGTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGAACATc > 1:224532/1‑143 (MQ=255) gtaagCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGCCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAAc > 2:249803/1‑143 (MQ=255) cAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGttt < 1:496162/143‑1 (MQ=255) gACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCAt < 1:278312/143‑1 (MQ=255) ttttATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACCTACAGACCATCaa > 1:530590/1‑143 (MQ=255) ttttATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGCGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTac > 1:194160/1‑142 (MQ=255) tgtATTCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTaaa < 1:83949/141‑1 (MQ=255) cACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTCTGACGTACAGACCATTAAACAAgtg > 2:185596/1‑143 (MQ=255) ttATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTgtagt > 1:359959/1‑143 (MQ=255) aTTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTaa < 1:629711/143‑1 (MQ=255) ttGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACACACCATTAAAGCAGTGTAGTAAg > 2:552213/1‑143 (MQ=255) gtGCTGTTGACGGTCCAGATCACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGTCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAg < 2:93992/142‑1 (MQ=255) gTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTc < 1:400516/143‑1 (MQ=255) gatgaCAGGACCGTTTTCCACCCGATTTATCAGTAATATGAAAAATAATTGTTGCATCGCCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAagag < 2:422872/143‑1 (MQ=255) aGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCg > 1:114356/1‑143 (MQ=255) gACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGtt < 1:539061/143‑1 (MQ=255) ttttCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATACACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGACAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATAc > 2:592147/1‑143 (MQ=255) aCCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATAGCCCTCgg > 2:410436/1‑142 (MQ=255) ccGATTAGTCATAAGTATGAAATATAAGTGGTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTTCAGACCATTAAAGCAGTGTATTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATAGCCCTCGTa < 2:568956/143‑1 (MQ=255) aTTTATCAAAAATTTGAAAAATTAGTGTTGCAGCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCACCGGTTTGACGTACAGACTATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTg < 2:359003/143‑1 (MQ=255) aaTCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGcac > 1:251611/1‑143 (MQ=255) tCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACAt > 1:225292/1‑143 (MQ=255) tCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACCTACAGCACATTAGCGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGCGGTATCGTTCATACCCCTAGTAGTACACAt > 1:642601/1‑143 (MQ=255) cATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACAtt > 2:120815/1‑143 (MQ=255) aTAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGGTATCGTTGATACCCCGCGTAGTGCACATTc > 2:470031/1‑143 (MQ=255) aaaTATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCt < 2:607905/143‑1 (MQ=255) aataatTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTCACGCTTc > 2:526334/1‑143 (MQ=255) aTCACCCGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGGTTCAAAATCTGTaaa > 1:587950/1‑143 (MQ=255) ccGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGGCGCAAAATCTGTAAAGCAca > 1:485748/1‑142 (MQ=255) ccGCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGACAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCGCGTAGTGCACACTCCGTTAACGCTCCAAAATCTGTAAAGCACg > 2:326151/1‑143 (MQ=255) cGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGc < 1:366527/143‑1 (MQ=255) gCCAATGCGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTCCAAGAATTATCGTTGACACCCCTCGCAGCGCACATTCCTTTACCCCTTCACACGCTGTCAAGccaggc > 2:273109/1‑138 (MQ=255) cGTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGc < 1:195291/143‑1 (MQ=255) gTGGATTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTGACGCTCCCATATCTGTAACGCTCGCAATATCAcc > 1:151920/1‑143 (MQ=255) | CCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCC > NC_000913/3719739‑3720014 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |