| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 569,160 | G→T | 5.2% | D87Y (GAC→TAC) ‡ | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 569,160 | 0 | G | T | 5.2% | 4618.7 / 153.1 | 1684 | D87Y (GAC→TAC) ‡ | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (789/789); new base T (52/40); total (851/833) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.21e-02 | |||||||||||
Only 100 of 1738 total aligned reads displayed.
TCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGC > NC_000913/569018‑569302 | cTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACGATCAGGAGCATTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCACGGTTATATCTTGCCAGGAACTCCAGTGTTAGTTGCACGTCTGGa > 2:356326/1‑143 (MQ=255) cTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGa < 1:415548/143‑1 (MQ=255) cTTGATACCATAACATATGAAGATGTAGGATTAAGGGCAGTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGa < 1:380847/143‑1 (MQ=255) aTACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGa > 1:431045/1‑143 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |