Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,883,027 | C→G | 13.1% | intergenic (+30/‑161) | dmlA → / → yeaV | D‑malate/3‑isopropylmalate dehydrogenase (decarboxylating)/putative transporter YeaV |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,883,027 | 0 | C | G | 13.1% | 93.1 / 10.1 | 40 | intergenic (+30/‑161) | dmlA/yeaV | D‑malate/3‑isopropylmalate dehydrogenase (decarboxylating)/putative transporter YeaV |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/15); new base G (3/2); total (22/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.59e-02 |
GCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTACGCGTACGTTA > NC_000913/1882890‑1883169 | gcagcaATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAACTTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTGATTTGAACCGCGTCACTGAcg > 1:618520/1‑143 (MQ=255) caATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTAACTGACGCGGt > 2:598191/1‑143 (MQ=255) gaagTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTCACGTTATGGTCAAACGAGTTCAGTGGAGCCGCGTCACTGACGCGGCTTCTCTAt > 2:146306/1‑143 (MQ=255) tGCGCACGGGCCGAACACACCTGTTAAGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTGGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCtt < 2:199488/143‑1 (MQ=255) 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2:488007/143‑1 (MQ=255) aaaaaaCCGCGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGtt > 2:432131/5‑118 (MQ=255) aaaaaaCCGCGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGtt < 1:432131/114‑1 (MQ=255) aaaaaaCCGAGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGtt > 2:433047/5‑118 (MQ=255) aaaaaaCCGAGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGtt < 1:433047/114‑1 (MQ=255) gAACCGCGTCACTGATGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAAGTTATGTAACATGCAAATTTTGTTa < 2:297026/143‑1 (MQ=255) aaCCGCGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGGAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTAc > 1:486572/1‑143 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |