| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,654,142 | T→A | 7.4% | noncoding (288/304 nt) | ryfA → | small regulatory RNA RyfA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,654,142 | 0 | T | A | 7.4% | 135.4 / 4.2 | 54 | noncoding (288/304 nt) | ryfA | small regulatory RNA RyfA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base A (2/2); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
ATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGA > NC_000913/2654001‑2654284 | aTGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCtt > 1:747491/1‑143 (MQ=255) tGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCttt < 1:525568/143‑1 (MQ=255) gATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGggc < 1:155348/143‑1 (MQ=255) aCGGTGCTTTTGTACCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCAAAGggcggc < 1:131162/143‑1 (MQ=255) gTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGCGCCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCAAAGGGCGGCatt < 2:59715/143‑2 (MQ=255) gTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGACTCGCCGGCGACAAGTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCata < 1:396839/143‑1 (MQ=255) tGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGCCAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGACTGCCGCCCTTTGCGCGTCATAT‑CTTCGa > 1:7617/1‑143 (MQ=255) tGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGa < 1:581027/143‑1 (MQ=255) ttATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGAtt > 2:617646/1‑143 (MQ=255) ttATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGAtt > 1:465909/1‑143 (MQ=255) tATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTc > 1:528694/1‑143 (MQ=255) gTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGtt > 2:416733/1‑143 (MQ=255) tttCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGCATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTCGATTATCCGCTTCTGttt > 1:100696/1‑143 (MQ=255) ttCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTa < 2:559270/143‑1 (MQ=255) cTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTaaa < 1:282006/143‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTGTTAAGCGAGGTAGATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAg < 2:471925/143‑1 (MQ=255) tGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCa < 1:315756/143‑1 (MQ=255) tGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCAGGT‑TTTAGATTAGCCGGTTCTGTTTACAGTCa > 2:753269/1‑143 (MQ=255) tGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCaa > 2:124864/1‑143 (MQ=255) ttAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCaaaa < 2:458973/143‑1 (MQ=255) tggccGAAGTAAATAATGACAGGAGTCGCTCCGGCGACAATGTACTGGTGGTTAACAACGTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCaaaaa < 2:772426/140‑1 (MQ=255) aaCCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTTTCCGGCGCCACTGCACTTGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCTCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCaaaaaa < 2:187711/143‑1 (MQ=255) aCCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCGAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TGGAGATTATCCGATTCTGCTTAAAGTCACGAAAAAAac > 2:915362/1‑143 (MQ=255) aCCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAac < 2:416483/143‑1 (MQ=255) gTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAGAGTCACGCAAAACACCAcccc > 1:52675/1‑143 (MQ=255) taaCCGGAGTCTCTGCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGGCCTGTGGGCGGCATAT‑TTTAGATGAGCCGATTCTGTATAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGt < 2:362458/143‑1 (MQ=255) ccGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGACTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCa > 1:814643/1‑143 (MQ=255) ggAGTTTCTCCGGCGACATTTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTGTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATa < 2:855346/143‑1 (MQ=255) tctcCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCAAAGAATgg > 2:75473/1‑143 (MQ=255) ctcCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATGCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCGCAGCGACGTTCATAGAATGgc > 1:19824/1‑143 (MQ=255) ctcCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGgc > 1:710497/1‑143 (MQ=255) aTTTACTGGTGTTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAACAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGCATGGCGCCATCAGTTc > 1:254703/1‑143 (MQ=255) ttACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATCT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCACTAAGTTCgg > 2:245260/1‑143 (MQ=255) tgaCTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCACGAATGCAGCACTTTGGGCGGCATAT‑TTTACACTAACCGTTTCTGTTCAAACTCACGCAAAAAACCTCCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCgg < 2:403868/141‑1 (MQ=255) aCTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTTGATTATCCTATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGta < 1:305227/143‑1 (MQ=255) tggtggTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTAGGAGAAATATGGTGAGA‑TATCCCATCCTGTTTAGAGTCGCGCAAAGAACCACCCCAGCGACGTGCATAGAATGGCGCAATATGTTCgcgact > 2:647528/1‑138 (MQ=255) tggtggTTAACAACCATCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGtaat > 2:772008/1‑143 (MQ=255) tggtTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATaaa < 1:124864/143‑1 (MQ=255) taccaacCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTgg < 1:213889/140‑1 (MQ=255) tAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTgg > 2:520927/1‑143 (MQ=255) tAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCAATGAATTGCGCCATATGTTCGGTAATAACGtcg > 1:707305/1‑141 (MQ=255) ttCAGAGCAGCAAGTAAGCACGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTACATAGAATGGCGCAATATATTCGGTAATAAAGTGACGAATccc > 2:268485/1‑143 (MQ=255) agagCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATCATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCttt < 1:546272/143‑1 (MQ=255) gcaAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCCGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTcccc < 2:7617/143‑1 (MQ=255) caAGTAAGCCAGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGGTTATCAGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAACCCCACACCAGCGCCGTTCATAGAATGGCGCAAGACGTTCGGTAATACAGCGGCTAAGTCCtcttgcgtct > 2:106081/1‑137 (MQ=255) aGTACGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCttt < 1:450200/143‑1 (MQ=255) aGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTGAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTTATTCCTTTTTCGCCttt > 1:546197/1‑143 (MQ=255) gTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGACCCTGCCTAAAGTCACGCAAAAACCCACCCCAGCGACGTCCATACAACGGCGCAATATGTTCGGTAATCAAGTGGCTCATTCCTCTCCCCCCttct > 1:408649/1‑141 (MQ=255) gTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGACTATACGATGCTGTCTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCtttt < 1:662931/143‑1 (MQ=255) aGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATGATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTc < 1:617646/143‑1 (MQ=255) taaaataTGCCGCCCAAAGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCa > 2:592259/7‑143 (MQ=255) ccGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCAcc < 2:814643/143‑1 (MQ=255) taTGCCGCCCAAAGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGa > 1:69505/2‑143 (MQ=255) aaTGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGa < 1:520927/143‑1 (MQ=255) gccgccCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACaa > 2:282472/1‑143 (MQ=255) gccCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTGCCCTGACAAata > 2:667591/1‑143 (MQ=255) tttGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGa > 1:628234/1‑143 (MQ=255) | ATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATAT‑TTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGA > NC_000913/2654001‑2654284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |