Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | 100% | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 100.0% | 119.7 / NA | 40 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (16/24); total (16/24) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTA > NC_000913/2661682‑2661959 | ggTGCGGGGCGCGTCGTGAGTAGCCTGACGACCAGACACATCCGGCACTTCCTGGTTATTAACCCGTTCGCCTTGGTTAATGTTCTTGAGAAGGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAtt < 2:320855/143‑1 (MQ=255) tGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTa > 2:388615/1‑143 (MQ=255) gCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCCCAGCGCGTGGGTCAGGGATTTAt > 1:549589/1‑143 (MQ=255) cGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATc < 2:27680/143‑1 (MQ=255) gTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcg < 1:642833/143‑1 (MQ=255) gggCGCGTCGTGAGGATGCTGACGGCCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTGCGCCTAAAGGAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgc < 2:154563/142‑1 (MQ=255) gtcgtGTGTGTGCTGGCGGCCAGCTACATCCAGCACTTCCTGGTTATGAACCAGTTCGCCTATAGGAATGTTGTTGAGAAAGCTGGTGAGACGTTCTCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCt < 2:844905/143‑1 (MQ=255) tGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGcc > 1:723368/1‑142 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAACTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTCTCGCCGCCCTGCCAGCCGCCtct > 2:220624/1‑141 (MQ=255) gACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTggcc > 2:877488/1‑140 (MQ=255) gtttCGTGGTTATTCGCGAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATc < 2:910900/141‑1 (MQ=255) aCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATc < 1:388615/143‑1 (MQ=255) tCCTGGTTATTAACCAGTTCGCTTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGTCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTAc < 2:69793/143‑1 (MQ=255) gTTATTAACCGGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGAtt < 1:184270/143‑1 (MQ=255) gTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGAtt > 1:214741/1‑143 (MQ=255) ctattaACCAGTTCGCGTAAGTTAATGTTGTTGAGAAAACCGATGAGAAGTTCGCTTGAATCACGCCACAGCGCGGGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGTCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTc < 2:190058/142‑1 (MQ=255) attaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGt < 1:698813/143‑1 (MQ=255) attaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGt < 2:128553/143‑1 (MQ=255) taACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTAGTCa > 1:788407/1‑143 (MQ=255) gCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTaa > 2:14514/1‑143 (MQ=255) ccTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGCTCCGTCACCGGCGCTCAt > 1:238349/1‑143 (MQ=255) aGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAGCGTGACGTATTTACAGATTCGTCAACGGCCCTAATCACtt > 2:641334/1‑143 (MQ=255) ttgttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAAc > 1:131440/1‑143 (MQ=255) ttgttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGATGGCATCTACAGCTTCGCCAACGGCGCTAATTACGTCGCCAAc > 2:544181/1‑143 (MQ=255) ttgttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACACTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAAc > 2:57820/1‑143 (MQ=255) tgcggagagaGCCGGTGAGACGGGCGCGCAAAGCACGGCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCGACCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACg < 1:241501/139‑1 (MQ=255) tgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTCCAGATTCGTCAACGGCGCTCATTACTACGCCAACGGCg > 2:110356/1‑143 (MQ=255) gagaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCgc > 1:852397/1‑142 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg < 2:803135/143‑1 (MQ=255) gTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACGGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCTGCCAACTGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGc < 2:225975/143‑1 (MQ=255) gTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCCCGGATTTATCGCCGCCCTGGACGCCGCCTTTCGCCTGAAAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGAGCTATTTTCTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 2:848237/143‑1 (MQ=255) gCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGACATCTACAGATTCATCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAacca > 1:791409/1‑143 (MQ=255) cggcggcgcGTGGGTCGGGGACTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTCCAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccac < 2:657104/138‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGGATTGATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccac < 1:609619/143‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGCGTCAGGGATTTATCGCCGCCCCGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccac < 1:66375/143‑1 (MQ=255) tgtgtgTGGTTCATGGATTTATCGCCGCCCTTGCAGCTGCCTTTACTCTGATAACAGTTGGCATCTACACATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACTGCTATTCTGTTTGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGcc < 2:101606/138‑1 (MQ=255) aGCGCGTGGGTCAGGGATATATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGcc < 1:133803/143‑1 (MQ=255) gcgGGGGTCAGCGATGGATCGCCGCGCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGGGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTgg < 2:109402/143‑1 (MQ=255) cAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTa < 2:258810/143‑1 (MQ=255) cAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTa < 2:596356/143‑1 (MQ=255) | GGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTA > NC_000913/2661682‑2661959 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |