Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,753,986 | A→T | 9.5% | intergenic (+40/+22) | bamE → / ← yfjF | outer membrane protein assembly factor BamE/putative component of the Rsx system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,753,986 | 0 | A | T | 9.5% | 125.5 / 3.3 | 50 | intergenic (+40/+22) | bamE/yfjF | outer membrane protein assembly factor BamE/putative component of the Rsx system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/18); new base T (2/3); total (28/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 |
CATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACG > NC_000913/2753851‑2754127 | cATGAAGGTGTAACACAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGTTTTGTTGACCAATATTGATAACAAACCCGCGCTGAGGGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCAc < 1:796144/143‑1 (MQ=255) gAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCtt < 1:18962/143‑1 (MQ=255) gAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGATCTCAAAGACGTTAAAAAAGATGCTCAATGAGCCCCtt > 2:250074/1‑143 (MQ=255) cacgtgtAAGTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCttt < 2:7960/140‑1 (MQ=255) tgtAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAAGTGCTAAATGAGCACCTCTTTtc > 2:133695/1‑143 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTtctg > 1:825698/1‑143 (MQ=255) aCTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGCGCTCATGGAGCGCCTTTtgtctgtc > 2:141627/1‑143 (MQ=255) aGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGATTGGTACCTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGtt > 1:63699/1‑143 (MQ=255) gCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCttt > 1:654654/1‑130 (MQ=255) gCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCttt < 2:654654/130‑1 (MQ=255) aaaCGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAACAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCGGTCCGttact > 1:266041/1‑141 (MQ=255) ctgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGAt > 1:876648/1‑143 (MQ=255) tgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGAtt < 2:730914/143‑1 (MQ=255) cTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAACCACGGTGCTCCCTGCGCCCCTTCTTCCTGTCTGTTATTTATTCGCTGCTTTTTc > 1:150441/1‑143 (MQ=255) cTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTc > 2:609228/1‑143 (MQ=255) cTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTATTCATTATTCGCTGATTTTTc > 2:241160/1‑143 (MQ=255) aGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATACAATTGCTCTCAAAGACGTTCAAAAAGCTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGt < 1:209154/143‑1 (MQ=255) aGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCGCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGc < 1:640964/143‑1 (MQ=255) aGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAAAAAAGTTGCTCCCACAGACGTTAAAAACGGCGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGc < 1:421109/143‑1 (MQ=255) gtgtTGACCAATATTGATAACAAACCTGGGCTGAGTGGGAACTAATAATGAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGa < 2:82412/143‑1 (MQ=255) gtgtTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGa > 2:847705/1‑143 (MQ=255) tgtTGACCAATATTGATAACAAGCCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCGCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGaa < 2:317941/143‑1 (MQ=255) tgtTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGaa > 2:175084/1‑143 (MQ=255) ttGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGc > 2:46541/1‑143 (MQ=255) aCCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGatgtcgt > 2:849862/1‑137 (MQ=255) aaTATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGctcgtgc > 1:331524/1‑139 (MQ=255) aaTATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTc > 1:109752/1‑143 (MQ=255) aaTACTGATAACAACCCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCGTTTTTCTTTCTGTTATTGATTCGCTTATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTc < 1:649523/143‑1 (MQ=255) tatTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCgg < 1:67862/143‑1 (MQ=255) ttGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAACCCTTTCGGAt > 2:593683/1‑143 (MQ=255) aTAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCgg < 2:461953/143‑1 (MQ=255) aaCCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCTGATCGGCAATga > 2:623017/1‑143 (MQ=255) cTGCGCTGAGGGGTAACTAATAATAAAGTGGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAAGGAGCACCTTTGTTCTGGCTGTTATGTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGagag < 2:177845/143‑1 (MQ=255) tGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAgg < 2:825698/143‑1 (MQ=255) cgcTGAGTGGTAACGAATAACAAAGTTGCTCTCAAAGTCGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGc < 2:907578/143‑1 (MQ=255) ctggtgtgTAACTAATAAGTAATTGGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGGGCTCTATGAGTACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTGCTGCTCGTTGCCTGTGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGa < 1:657865/136‑1 (MQ=255) gtgtTAACTAATACGTAAGTTGCTCTGCATGTCTGTAAGAAAGGTGCTCACTGATCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATGTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTGTTTCGGATCGGCAATGAGATGGCGATaaa < 2:222796/143‑1 (MQ=255) tGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTCTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAAt > 1:494338/1‑143 (MQ=255) ggTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAAtc < 1:400157/143‑1 (MQ=255) gTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGACGCTCTTTCGGTTCGGCAATGAGAGGGCGATAAAtct > 1:268355/1‑143 (MQ=255) gTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAAtct < 1:529757/143‑1 (MQ=255) aattatgaataaAGTTTCTTTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATGCGCTGATTTTTGTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTcc < 2:284647/136‑1 (MQ=255) aCTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGTTAAATCTccc > 1:89029/1‑142 (MQ=255) ttGCTCTGAAAGACGTTAGAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCGTTTATTTGTTCGGTGATTTTTCGGCTAGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCcatc < 2:150441/143‑1 (MQ=255) tctcAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCAGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGCGGGCGATCAATCTCCACCCGATCGCCATCATGc > 1:87405/1‑143 (MQ=255) tctcAAAGACGTTAAAAAAGATGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGTGCGATAAATCTCCACACGATCGCCATCATGc > 2:238549/1‑143 (MQ=255) tcAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCACTGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGAACGCTATCATTcac > 1:564723/1‑143 (MQ=255) aaaGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGATGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCAACGCGATCGCGATCATgtatgt > 1:496931/1‑138 (MQ=255) ttAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTCGATTTCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATGGCCATCATGCACACTGTCGCt > 1:572788/1‑143 (MQ=255) aaaGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTATTTCGGAGCGGCACTGAGAGGGCGATACATATCCACCAGATCGCCATCATGCACACCATCGGttgaat > 2:421275/1‑139 (MQ=255) aaTGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACg < 1:507289/143‑1 (MQ=255) | CATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACG > NC_000913/2753851‑2754127 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |