| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,788,777 | C→T | 7.4% | intergenic (+128/‑208) | ygaQ → / → csiD | putative uncharacterized protein YgaQ/PF08943 family protein CsiD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,788,777 | 0 | C | T | 7.4% | 173.3 / 3.7 | 67 | intergenic (+128/‑208) | ygaQ/csiD | putative uncharacterized protein YgaQ/PF08943 family protein CsiD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/25); new base T (3/2); total (40/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
TATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTCAGAAATGTAGA > NC_000913/2788635‑2788914 | tATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTcccc < 1:310238/143‑1 (MQ=255) tctATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAGAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTaa < 2:361869/143‑1 (MQ=255) aTTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAGGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCt < 1:412163/143‑1 (MQ=255) aTTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCt < 1:25404/143‑1 (MQ=255) 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2:412257/143‑1 (MQ=255) agtttaCTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTaaa < 2:480277/143‑1 (MQ=255) agttgaCTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTaaa < 1:482332/143‑1 (MQ=255) aaCGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACTTTAAATGTTTCTa > 2:420801/1‑143 (MQ=255) ggTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGATTTTTATCGACCAGATAATCTGTGCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCCGTCTAACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGATACTaact > 2:479025/1‑141 (MQ=255) aTTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTACCCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATttgtt < 2:425403/143‑1 (MQ=255) 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2:2492/1‑143 (MQ=255) aCTGTTTTTTATTGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGaa < 1:599829/143‑1 (MQ=255) aCTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTTACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTTGTTATGCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACACTTAGTTAACTTTTATTAATTTGTTGCTTTTGATTGCAATAAGaa > 2:129579/1‑143 (MQ=255) ttttttATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGCTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAATAAAACa > 1:671830/1‑143 (MQ=255) tttttATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACaa < 1:59714/143‑1 (MQ=255) tttATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACTCTAACCTAAAGGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAata > 1:865300/1‑143 (MQ=255) 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2:784327/1‑141 (MQ=255) aTAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTtgt > 2:19167/1‑143 (MQ=255) aTCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGGTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACTCTACGTTAATTGTTACTAATTTGTTGTTTTTGATTACAATAATAGAACAAGATGTCGTTTTTGTgct > 2:178096/1‑142 (MQ=255) tGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCAt > 1:552148/1‑143 (MQ=255) ttCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTGTTTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTCCGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCAttt > 2:498369/1‑143 (MQ=255) tctAATGTTAACTCCCCCTAAGCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTc > 1:821995/1‑143 (MQ=255) tctAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTATTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTGGCTTTGGTGCGCATTTTTc > 1:673850/1‑143 (MQ=255) tctAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTCCGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTc > 2:9995/1‑143 (MQ=255) tctAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCCTTTTTc > 1:403436/1‑143 (MQ=255) tctAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCAttt > 2:352442/1‑140 (MQ=255) tctAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCAttt < 1:352442/140‑1 (MQ=255) tctAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTc > 1:765275/1‑143 (MQ=255) tctAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTc > 1:829160/1‑143 (MQ=255) aCTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTCAGAAATGTAg > 1:609496/1‑143 (MQ=255) cTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATATTTCAGAAATGTAGa > 2:757367/1‑143 (MQ=255) | TATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTCAGAAATGTAGA > NC_000913/2788635‑2788914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |