| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 475,972 | C→G | 7.7% | intergenic (+21/+10) | ybaY → / ← atl | PF09619 family lipoprotein YbaY/DNA base‑flipping protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 475,972 | 0 | C | G | 7.7% | 152.5 / 3.4 | 58 | intergenic (+21/+10) | ybaY/atl | PF09619 family lipoprotein YbaY/DNA base‑flipping protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/31); new base G (3/2); total (25/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTAACC > NC_000913/475832‑476114 | cccgTACAGCAGACCGCCGTGCCGGTTCACGCCAGCGGGGGCGCAACGACTACCGTACCTGCGACTTCACCAACTCCGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCTACGTTAACCCTCTCCGCCCg < 1:732094/140‑1 (MQ=255)ccGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTGTGGAAGATGAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCg > 1:336287/1‑143 (MQ=255) gTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGgag > 1:894542/1‑143 (MQ=255) taGCAAACCGCCGGGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAgg < 1:542359/142‑1 (MQ=255) 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1:571857/143‑1 (MQ=255) ggcagTTCACGCCAGCGGGGGCGCACCGACCACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTCCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 1:76618/139‑1 (MQ=255) gCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTGTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 2:59446/143‑1 (MQ=255) ccGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGc < 2:784183/143‑1 (MQ=255) tCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGCCACTACCAGCTCCTCCGCCATATGAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCGCGGAGAGGCAGAGTAGTTGCAGCGAtgt > 2:454925/1‑141 (MQ=255) gCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTCTAAGAAGTTACCCCTCTCCGCCCGGCGAGGGCTAGTAGTTCCAGCCATAACGCt > 1:417017/1‑143 (MQ=255) 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2:326594/140‑1 (MQ=255) tACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACACTTCGAGTCGATTTGCCCGCtt > 2:591326/1‑143 (MQ=255) ccGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTcc < 2:421433/143‑1 (MQ=255) ccGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTcc < 2:374848/143‑1 (MQ=255) ccGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCACCGATAACGCTGCAAGCCGATTTGCCCGCCTcc > 2:587764/1‑143 (MQ=255) ttCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCATGTCGCTGTGCCCGCTTccctgtact > 1:97755/1‑137 (MQ=255) ttCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATAcc < 1:356122/143‑1 (MQ=255) ttCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAACCGACGTTCACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTCGTAGTTCAACCAATCACGCTCCACGTCGCATTGCCCGCTTccccacagc > 2:551831/1‑137 (MQ=255) tCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCa < 1:671687/143‑1 (MQ=255) cGACTTCACCAACTCAGGTGAATACGTCTGCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTGAGCCACTGTAACCCTCTCCACCTGCAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCATGTCGACTTCCCCGCTTCCCGATAACAt > 2:403782/1‑143 (MQ=255) aCTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCCTca > 1:382683/1‑143 (MQ=255) ttCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTCCGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCCGCGATAACGATGCAAGTCGATTTGCCCACTTCCCGATACCACcaca > 2:810037/1‑143 (MQ=255) ttCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCTAGCATTAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGACACCAAcaca > 2:839460/1‑143 (MQ=255) ttCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCaccgca > 2:336835/1‑138 (MQ=255) tCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTTGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAAGATTTAGCGACGTTAACATGCTTCTCCCGGAGGGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCacac < 2:741137/143‑1 (MQ=255) tCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGGGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGCTCCCATCACACCTTCTGcc > 2:439169/1‑143 (MQ=255) tCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGCTTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATgac > 1:880799/1‑141 (MQ=255) cTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTCATGCCTGTCg > 1:639694/1‑143 (MQ=255) tCGCCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATCCCGCTGCAAGCCGATATGCCCGCTTTCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCt < 2:629108/143‑1 (MQ=255) ccccgaCGCGATGTTAAGCTACGTTAACCCCCGCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGCTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAGTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAAtc < 2:61494/138‑1 (MQ=255) cAATATTGAGCGACGTGAACCCTCGCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCGTCACACCTGCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAAtccggtccgg < 2:83392/143‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTCAATccggtccggt > 1:644260/1‑143 (MQ=255) tatTAAGCGACTTTATCCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTGCCCGATACCATCACACCCTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTa < 1:231608/143‑1 (MQ=255) cGTTAACCCTCTCCCCCCCGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACCCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATtgt < 1:394611/143‑1 (MQ=255) aCCCTCTCCAGCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCATCGATACCGCTGCGTTTCGGTTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGt < 1:661417/143‑1 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACTCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTg < 1:587764/143‑1 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTg > 2:910147/1‑143 (MQ=255) nctctCCGGGCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGACACCATCACACCTTCTGCCACTAATGCCTGTCGCTCACGCTGTACATCCGGTCCCGTGCGCGACATTGTGccattg > 2:33293/2‑139 (MQ=255) ccTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCACGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCACCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGCTAGCGAACTTGTGCAGTgg > 2:67227/1‑143 (MQ=255) ccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACCCCGTCGTCCAGTAATGCCTGCCGCTGCCGCTGCACATCCGGTCCGGTTCGCGAAATGGTGCAGTgg > 2:684575/1‑143 (MQ=255) ccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGGTAGCGAAATTGTGCCGTgg > 1:380640/1‑143 (MQ=255) ccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGGCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAACTGTGCCGTgg > 2:753043/1‑143 (MQ=255) tcttCGCCTGGAGAGGGTTAGGAGTTCCAGCGATAACGCGGCAAGTCGATTGGCCCGCTGCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCg < 1:538877/143‑1 (MQ=255) ctcCGCCTGGAGAGGTTTAGGAGTTCCTGTGATAACGCAGCAAGGCGATTTGCCCGCGGCCCGAGACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGa < 1:439169/143‑1 (MQ=255) cgccGCCCGGAGAGGGTTAGTAGGTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCAGCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGa < 1:960/141‑1 (MQ=255) tcCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGAt < 1:374632/143‑1 (MQ=255) cGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTa < 2:695040/120‑1 (MQ=255) cGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTa > 1:695040/1‑120 (MQ=255) ccccAGAGAGGGTTAGTAGTGCCCGCGATGACGCGTGAAGTCTATTTGCTCGCTTCTGGATACCATCACACCTGCTGCCAGTAACGCGTTGCGCTGACGCCGTTAATCCGGTCCTGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTaa < 2:413295/142‑1 (MQ=255) ccGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGGGGCGATTAacc > 2:98240/1‑143 (MQ=255) | CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTAACC > NC_000913/475832‑476114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |