| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,288,033 | T→G | 6.6% | intergenic (+23/‑57) | yraH → / → yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,288,033 | 0 | T | G | 6.6% | 175.3 / 3.4 | 69 | intergenic (+23/‑57) | yraH/yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/26); new base G (2/4); total (39/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
GAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTAC > NC_000913/3287891‑3288174 | gAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGCAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGCCCt > 1:817932/1‑143 (MQ=255) tCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGCCCtctc > 1:821587/1‑143 (MQ=255) aaTGGTATTGTCAATGCTGACCTGCTCGCCGACCACGTATCGACCGTAGTTCCATCAGAAATCCCCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAGCGGAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGa < 2:682108/143‑1 (MQ=255) gggaTTGTTAATGTTGGCCTCAGCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATaa < 2:61926/140‑1 (MQ=255) ggTATTGTCAATGTTGACCTCAACGCTTACTACGTTTCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGCGGAAGCAGACGCTATCGTTACCGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATaa < 1:45101/143‑1 (MQ=255) gttttGTTAATTTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCCGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAAc < 2:537601/140‑1 (MQ=255) atATTGTCCATGTTGTCCTCATCGCTTACTACGGATCAACCGTAGTTCCAGCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACTCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAAc < 2:585229/142‑1 (MQ=255) gTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCt > 2:248755/1‑143 (MQ=255) gTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGCTCCATCACAAATCACCCCACGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGCTAATAAGTCATACCACCATCTGACCTGTCAGATAACGCCCt > 2:8199/1‑143 (MQ=255) tCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGATATCTGACCTGTCAGATAACGACCtt > 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tAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAAt > 2:751883/1‑143 (MQ=255) cATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATCCGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTTTGATAACACCCAATTACTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTAt > 1:204830/1‑143 (MQ=255) aTCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGGTGTATCAGGTTGGAAAATAACTATg > 1:359680/1‑143 (MQ=255) tCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCCGGTTGAAAAATAACTATGt > 2:421162/1‑143 (MQ=255) tCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGt > 1:265640/1‑143 (MQ=255) tCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGt > 2:653702/1‑143 (MQ=255) tCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGt > 1:645340/1‑143 (MQ=255) agagttCACCCCAGGGGAAGCAGATGGTATCGTTAACGTAACGCTGGACTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCa < 1:794232/138‑1 (MQ=255) gAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACTGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAGAAATAACTATGTCaa > 2:443860/1‑143 (MQ=255) gAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaa > 1:300684/1‑143 (MQ=255) ccAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACAt > 2:83798/1‑143 (MQ=255) ccAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACAt > 1:387034/1‑143 (MQ=255) aaGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCGTCTTTCCAGTGGTATGAGGTTGAAAAATAACTACGTCCAAACGAACATTcgccgc > 2:616107/1‑140 (MQ=255) aaGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGt > 2:789134/1‑143 (MQ=255) tgaGACGCAATCGTGAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCGTTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGa < 2:810527/141‑1 (MQ=255) aGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAACTAACTATGTCAAAACGAACACTCGCGGTGgta > 1:144024/1‑143 (MQ=255) tCGTTAACGTAACGCTGCATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCtt < 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ctgtcttACCGTTACTACGGTAGGGCGTTATCTGACCGGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGATCATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCt < 2:238713/138‑1 (MQ=255) cTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATGTTAACCTTGTTGTGTAGCTTCt > 1:31561/1‑143 (MQ=255) tACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTg < 1:248755/143‑1 (MQ=255) aCCGTTAATATGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTgg < 1:839021/143‑1 (MQ=255) ccGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAATTAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTTTATTGGc > 1:691219/1‑143 (MQ=255) cGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGcc > 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2:730965/143‑1 (MQ=255) gACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGttt < 1:654822/143‑1 (MQ=255) gACCTGTCAGATAACGCCCTTTCCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCGGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGCGGAATCgctc > 1:160312/1‑140 (MQ=255) aCCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGGAGCTTCTGTATTGGCGGGGCGGTTGGAGGAGGAATGGtttt > 1:19335/1‑143 (MQ=255) ccTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTa < 2:414523/143‑1 (MQ=255) ccTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTa > 1:892028/1‑143 (MQ=255) cTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTCTCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAGCATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCTCTTCCCGGAGGGATCGttttga > 2:663366/1‑141 (MQ=255) | GAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTAC > NC_000913/3287891‑3288174 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |