Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,441,061 | G→C | 7.4% | S205S (TCC→TCG) ‡ | rpsD ← | 30S ribosomal subunit protein S4 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,441,061 | 0 | G | C | 7.4% | 152.9 / 5.4 | 54 | S205S (TCC→TCG) ‡ | rpsD | 30S ribosomal subunit protein S4 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/24); new base C (2/2); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.68e-01 |
CCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCAGAG > NC_000913/3440923‑3441203 | ccAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGt > 1:37544/1‑143 (MQ=255) aaGCCACGCTCTAGAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACGTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTaaa < 2:860018/143‑1 (MQ=255) aGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAg < 2:396071/143‑1 (MQ=255) ccACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATAGCAACCAGGCGCGGTCTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCt > 2:891436/1‑143 (MQ=255) aCGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTGAGCTTTACTCCAAGTAAAGCtta < 1:528469/143‑3 (MQ=255) aCGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAAACAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTGAGCTTTACTCCAAGTAAAGCtta < 1:568832/143‑3 (MQ=255) cGCTCTAAATGCTCATGTGTCACCTTGTCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTcga < 1:746327/143‑1 (MQ=255) ctAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATAACAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGAt < 1:78143/143‑1 (MQ=255) tAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATc > 1:610056/1‑143 (MQ=255) aacaGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATc < 1:640953/140‑1 (MQ=255) gCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGATCGACGATCAGgtg > 1:365837/1‑143 (MQ=255) tCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGgtggt > 1:722373/1‑141 (MQ=255) gaaGGGGCCCCTTGGCTTGCGTCGAACCCACTTGCTCGATATCAACCGGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGCAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTc < 2:319764/142‑1 (MQ=255) cAAGGGTCACCTTGGCGGGCGTCGAACTCACTTGTCCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTc < 1:29873/143‑1 (MQ=255) tCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAAt < 2:882224/143‑1 (MQ=255) gcgtgcgtCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGcag < 1:56572/143‑1 (MQ=255) gtgcgtCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTCCGTTAATGTCCGcagac > 2:871695/1‑143 (MQ=255) tgcgtCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGcagaca > 1:527840/1‑143 (MQ=255) gtCGACCTCACTTGCTCGATAGCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTACAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGAt < 2:507237/143‑1 (MQ=255) aCTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCAACTTGGTACTAAGCTATACTTGGAGTAAAGATCGACGAGCAGGTGTACATTACTATCAGCAGACAGATCAGaa > 2:616077/1‑143 (MQ=255) tGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCg < 1:638224/143‑1 (MQ=255) cTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTACAGCTCGACGACCAGGTGTCCGCTAATGTCCGCAGACAGAACAGAACACTCCAGc > 2:490594/1‑143 (MQ=255) cTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGc < 1:837610/143‑1 (MQ=255) tCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCt > 1:109375/1‑143 (MQ=255) cAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCGTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCtt < 1:452803/143‑1 (MQ=255) aaCCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCCTACGCTTa > 1:700826/1‑143 (MQ=255) ccAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTaaa < 1:539168/143‑1 (MQ=255) cAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCCCCGGCTTACGCTTaagc > 1:841673/1‑141 (MQ=255) aGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCGTACGCTTACACg > 1:311633/1‑143 (MQ=255) ttttAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTATGCTACTAAGCTTTACATGGAGGAAAGCTCGACGAGCAGGTGCTCGCTACTTTTAGCAGACAGACCAGCACGCTCCGGCTTACACTTACACCTACCTTcc > 2:146497/1‑143 (MQ=255) ttAGAAACTCTGTCGCAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCGTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGAGCAGGTGTTCGTTAGTGTCCGCAGGCGGGTCAGCACGCTCCGGCTTACGCTGAACCGTCCCTCCCAt > 1:359350/1‑143 (MQ=255) aaaCTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTg < 1:891436/143‑1 (MQ=255) ctctGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCa < 2:562229/143‑1 (MQ=255) tctGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGCGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCAATCTTGCCAg > 1:745937/1‑143 (MQ=255) tGTCAAAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAACGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCa > 2:757825/1‑143 (MQ=255) gTCACAGAACCCTGGATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCAt < 2:248467/143‑1 (MQ=255) tCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATc > 2:469379/1‑143 (MQ=255) cTGCTTTGTGTCCTCTCTTTGGTATTAATCTTTACTTGGAGTCAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTccagc < 2:438996/143‑1 (MQ=255) gcgttGTGTCCTCTGTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTccagcca < 2:639174/140‑1 (MQ=255) gCATCGTGCCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTCAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTccagcca < 2:798845/143‑1 (MQ=255) ctctctTTGGTACTAAGCTATACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCatt > 2:328994/1‑143 (MQ=255) tctctTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCtttt > 1:886225/1‑143 (MQ=255) tctTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCCGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCGTCTACTTGCGTCCAGGTTGGCttttga > 1:576476/1‑141 (MQ=255) tctGTGGTACTAAGCTTTGCTTGGAGTAAAGCGCGACGAGCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCa < 1:146497/143‑1 (MQ=255) gTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACgctgc > 1:526202/1‑143 (MQ=255) cTATGCTTTACTTGTCGTAAACGTCTCGGATCAGGTGTTCGTTAATGTACGCAGACAGACCAGAACTCGCCGTTTTACGCTTAAACGTTCCTTCCATCTTGCCCGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTca < 2:189743/143‑1 (MQ=255) cTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGCTCAAGTGCTTGCGAAGGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTca < 1:378549/143‑1 (MQ=255) tAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTcag > 1:298051/1‑143 (MQ=255) aGCTTTACTCCAAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGCTCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTTCCAGCACCAACTTCCACCCAGGCTGGCGTTTCCCGCCGCCcagcc > 1:388352/1‑143 (MQ=255) aGCTTTACTCCAAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTcagcc > 1:263579/1‑143 (MQ=255) cTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGATGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACACTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCCACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTaaaccag > 2:293676/1‑143 (MQ=255) tACTTGGAGTAACGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCTGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTc < 1:874285/143‑1 (MQ=255) aCTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTcc > 1:331545/1‑143 (MQ=255) ttGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTGGGCTTTTCACGCTGCTCCGCCAGCTCCag > 1:452283/1‑143 (MQ=255) ggAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCCGCAGCAACTTCCAGCCAGGTGGGCTTTTTATGCTGCTCAGCCCGCTcttgag > 2:877788/1‑138 (MQ=255) | CCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCAGAG > NC_000913/3440923‑3441203 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |