Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,616,394 | C→A | 7.5% | T71T (ACC→ACA) | nikC → | Ni(2(+)) ABC transporter membrane subunit NikC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,616,394 | 0 | C | A | 7.5% | 133.4 / 3.7 | 54 | T71T (ACC→ACA) | nikC | Ni(2(+)) ABC transporter membrane subunit NikC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/25); new base A (2/2); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.83e-01 |
TTGCGCTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGA > NC_000913/3616252‑3616536 | ttGCGCTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGAcc > 1:393349/1‑143 (MQ=255) cgcTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCcgc > 1:163372/1‑143 (MQ=255) cgcTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCcgc > 2:341666/1‑143 (MQ=255) cgcTCACCAGCCAGTGGTGGATTACTTATTACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCcgc < 2:142317/143‑1 (MQ=255) cTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCgt < 1:5842/143‑1 (MQ=255) cgccagGGGTGGCGGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCt < 2:126192/142‑1 (MQ=255) tcgagTGGTGGCTGCCGTAGGACCCACAGGCGAGTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGAGGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCtc < 2:545958/140‑1 (MQ=255) gcccgTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTGTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACACGCGGGTCGCtg < 1:266203/143‑2 (MQ=255) gccagTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACACGCGGGTCGCtg < 1:887580/143‑2 (MQ=255) gccagTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCAGCTTTCGCCGGATGCGCAGCCCTGGCCGGGCACCGCTGACTGAGGTCGAGATATGTTCTCGGGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCtg > 2:708746/1‑142 (MQ=255) gtggCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCtcggttcgg > 1:179685/1‑143 (MQ=255) ggCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGAAGCACTGGCTGGGCACCGCTCACTTAGCACGCGATGTTTTCTCGCGGCCGATGGCAGCGACCAGCGTGTAGCgcgggacggga > 2:544611/1‑136 (MQ=255) gCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTaa < 1:881937/143‑1 (MQ=255) gCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGCaa > 2:424738/1‑143 (MQ=255) gCCGTCTCACCCACGGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATgg < 2:733564/143‑1 (MQ=255) gTAGGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGTCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGgcct < 1:588590/143‑1 (MQ=255) aCCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGGTCGGTAATGGcctgcctg > 1:777807/1‑143 (MQ=255) ccACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGCTCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGGGTCGCCCGGTCCGGCCATGGCctccccgcc > 2:806859/1‑142 (MQ=255) acaGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCctgctgc < 1:678157/143‑1 (MQ=255) aGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTGTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCctgctgctg < 2:74549/143‑1 (MQ=255) attgattTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGCCCTGGCCTGCCCGCTGCTGGTGCt > 1:155928/1‑143 (MQ=255) atggattTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCGCTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTGTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCt < 1:819392/140‑1 (MQ=255) tttGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGGCAt > 1:670717/1‑143 (MQ=255) tttGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATAACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCCGCCTGCTCCTGGTGCTGACag > 2:835568/1‑142 (MQ=255) tGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTCTCCCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACAtaa < 1:628853/143‑3 (MQ=255) ccGTCGCGCCTGCTTGCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAgg < 1:812720/143‑1 (MQ=255) ccTGCGTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCAATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTa < 1:484614/143‑1 (MQ=255) tGCTCTCCCCGAATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGTTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTAtt < 2:79511/143‑1 (MQ=255) tttCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGACACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCAGTTAGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAAGGCTGGTGATAggc > 2:163616/1‑143 (MQ=255) gCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCCGACCTTCGGGCTGGTTATTGGCGGCa > 2:750952/1‑143 (MQ=255) gcgcAGCACTGGCTGGGCACCGATCCCTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACACTAGGGCTGGGCATTCGCGGCCGCGCCgg > 2:856091/1‑143 (MQ=255) gcgcAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCGGCTGGTGCTGAGATGAGGGCGGGTTATTGGCGGAAgcagcgg > 2:750972/1‑138 (MQ=255) agcaCTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTg > 1:721/1‑143 (MQ=255) ggcttgGCACCGATCACTTAGGGCGCGATATTTCCTCGCGGCGCATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATCGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTggc < 1:294215/143‑1 (MQ=255) ggCACCGATCACTTAGGTCGCGATAGTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGACTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTggcgggcg < 1:341666/143‑1 (MQ=255) aCCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGt > 1:65732/1‑143 (MQ=255) gcTTAGGTCGCGATTTTGTCTGGCGGCTGAGGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAg < 1:718693/142‑1 (MQ=255) gggTCGCGATTTTGTCTCGCGGCTGAGGGCAGCGACCTGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGcca < 2:74542/142‑1 (MQ=255) cgcgATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCAt > 2:579012/1‑143 (MQ=255) cgcgATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCGCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCAt < 2:179685/143‑1 (MQ=255) atatTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATgcga > 1:326706/1‑142 (MQ=255) ttCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGc > 1:506084/1‑143 (MQ=255) tcGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGa < 1:432009/143‑1 (MQ=255) ggCTGATGGCAGCGACCCGCGTTTCGCTCGGTGCGGTAATGGACTGCCTGCTGCTGGTGATGAAATTAGGGCTGGTTATTGGCGGGAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGCTCAGGCCACAATGCGCGTCGCCGATATg > 1:195331/1‑143 (MQ=255) gcggATGGCAGCGACCCGAGCGTCGCTCGGTTCGGGTGTGTCCCACCATCAGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATGGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGt < 1:202689/140‑1 (MQ=255) gCTGATGGCAGCGTCCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGt < 2:163372/143‑1 (MQ=255) gCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTCCGCTGATGGCCGGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGt > 1:625511/1‑143 (MQ=255) cTGTTGGCAGCGACCCGCGTGTCCCACCAAACCCGATTTGTCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGtt < 1:164778/143‑1 (MQ=255) tGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCGCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCGGACATCAGGGCTGGTGATCGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGttt < 1:17093/143‑1 (MQ=255) aaccgaGCGACACGCGGGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGCTTAt > 1:552157/6‑143 (MQ=255) tGGCAGCGACCCGGGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATg < 2:82353/143‑1 (MQ=255) tGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTCTTGGCGGCCGCGCCGGGTTGCTTGGCGGGCGCGTTGATCAGACCACCAAGAGCGACGCCGAAATATTTATg > 1:262572/1‑143 (MQ=255) cgaGCGACACGCGGGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCACGCGCGTCGCCGATATGtttcggac > 2:488815/3‑138 (MQ=255) cAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGAcc > 1:832977/1‑143 (MQ=255) aGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCt > 1:650363/1‑143 (MQ=255) ccGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTACCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAACGCCCGGTTGATTGACGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCATCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGa > 2:494594/1‑143 (MQ=255) | TTGCGCTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGA > NC_000913/3616252‑3616536 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |