| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,616,399 | T→G | 8.5% | V73G (GTG→GGG) | nikC → | Ni(2(+)) ABC transporter membrane subunit NikC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,616,399 | 0 | T | G | 8.5% | 115.8 / 4.7 | 53 | V73G (GTG→GGG) | nikC | Ni(2(+)) ABC transporter membrane subunit NikC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/22); new base G (3/2); total (28/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
CTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCT > NC_000913/3616257‑3616539 | cTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCgt < 1:5842/143‑1 (MQ=255) cgccagGGGTGGCGGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCt < 2:126192/142‑1 (MQ=255) tcgagTGGTGGCTGCCGTAGGACCCACAGGCGAGTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGAGGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCtc < 2:545958/140‑1 (MQ=255) gcccgTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTGTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACACGCGGGTCGCtg < 1:266203/143‑2 (MQ=255) gccagTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACACGCGGGTCGCtg < 1:887580/143‑2 (MQ=255) gccagTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCAGCTTTCGCCGGATGCGCAGCCCTGGCCGGGCACCGCTGACTGAGGTCGAGATATGTTCTCGGGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCtg > 2:708746/1‑142 (MQ=255) gtggCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCtcggttcgg > 1:179685/1‑143 (MQ=255) ggCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGAAGCACTGGCTGGGCACCGCTCACTTAGCACGCGATGTTTTCTCGCGGCCGATGGCAGCGACCAGCGTGTAGCgcgggacggga > 2:544611/1‑136 (MQ=255) gCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTaa < 1:881937/143‑1 (MQ=255) gCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGCaa > 2:424738/1‑143 (MQ=255) gCCGTCTCACCCACGGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATgg < 2:733564/143‑1 (MQ=255) gTAGGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGTCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGgcct < 1:588590/143‑1 (MQ=255) aCCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGGTCGGTAATGGcctgcctg > 1:777807/1‑143 (MQ=255) ccACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGCTCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGGGTCGCCCGGTCCGGCCATGGCctccccgcc > 2:806859/1‑142 (MQ=255) acaGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCctgctgc < 1:678157/143‑1 (MQ=255) aGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTGTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCctgctgctg < 2:74549/143‑1 (MQ=255) attgattTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGCCCTGGCCTGCCCGCTGCTGGTGCt > 1:155928/1‑143 (MQ=255) atggattTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCGCTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTGTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCt < 1:819392/140‑1 (MQ=255) tttGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGGCAt > 1:670717/1‑143 (MQ=255) tttGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATAACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCCGCCTGCTCCTGGTGCTGACag > 2:835568/1‑142 (MQ=255) tGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTCTCCCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACAtaa < 1:628853/143‑3 (MQ=255) ccGTCGCGCCTGCTTGCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAgg < 1:812720/143‑1 (MQ=255) ccTGCGTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCAATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTa < 1:484614/143‑1 (MQ=255) tGCTCTCCCCGAATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGTTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTAtt < 2:79511/143‑1 (MQ=255) tttCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGACACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCAGTTAGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAAGGCTGGTGATAggc > 2:163616/1‑143 (MQ=255) gCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCCGACCTTCGGGCTGGTTATTGGCGGCa > 2:750952/1‑143 (MQ=255) gcgcAGCACTGGCTGGGCACCGATCCCTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACACTAGGGCTGGGCATTCGCGGCCG‑CGCCgg > 2:856091/1‑143 (MQ=255) gcgcAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCGGCTGGTGCTGAGATGAGGGCGGGTTATTGGCGGAAg‑cagcgg > 2:750972/1‑138 (MQ=255) agcaCTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTg > 1:721/1‑143 (MQ=255) ggcttgGCACCGATCACTTAGGGCGCGATATTTCCTCGCGGCGCATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATCGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTggc < 1:294215/143‑1 (MQ=255) ggCACCGATCACTTAGGTCGCGATAGTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGACTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTggcgggcg < 1:341666/143‑1 (MQ=255) aCCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGt > 1:65732/1‑143 (MQ=255) gcTTAGGTCGCGATTTTGTCTGGCGGCTGAGGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAg < 1:718693/142‑1 (MQ=255) gggTCGCGATTTTGTCTCGCGGCTGAGGGCAGCGACCTGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGcca < 2:74542/142‑1 (MQ=255) cgcgATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCAt > 2:579012/1‑143 (MQ=255) cgcgATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCGCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCAt < 2:179685/143‑1 (MQ=255) atatTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATgcga > 1:326706/1‑142 (MQ=255) ttCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGc > 1:506084/1‑143 (MQ=255) tcGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGa < 1:432009/143‑1 (MQ=255) ggCTGATGGCAGCGACCCGCGTTTCGCTCGGTGCGGTAATGGACTGCCTGCTGCTGGTGATGAAATTAGGGCTGGTTATTGGCGGGAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGCTCAGGCCACAATGCGCGTCGCCGATATg > 1:195331/1‑143 (MQ=255) gcggATGGCAGCGACCCGAGCGTCGCTCGGTTCGGGTGTGTCCCACCATCAGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATGGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGt < 1:202689/140‑1 (MQ=255) gCTGATGGCAGCGTCCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGt < 2:163372/143‑1 (MQ=255) gCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTCCGCTGATGGCCGGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGt > 1:625511/1‑143 (MQ=255) cTGTTGGCAGCGACCCGCGTGTCCCACCAAACCCGATTTGTCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGtt < 1:164778/143‑1 (MQ=255) tGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCGCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCGGACATCAGGGCTGGTGATCGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGttt < 1:17093/143‑1 (MQ=255) aaccgaGCGACACGCGGGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGCTTAt > 1:552157/6‑143 (MQ=255) tGGCAGCGACCCGGGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATg < 2:82353/143‑1 (MQ=255) tGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTCTTGGCGGCCG‑CGCCGGGTTGCTTGGCGGGCGCGTTGATCAGACCACCAAGAGCGACGCCGAAATATTTATg > 1:262572/1‑143 (MQ=255) cgaGCGACACGCGGGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCACGCGCGTCGCCGATATGtttcggac > 2:488815/3‑138 (MQ=255) cAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGAcc > 1:832977/1‑143 (MQ=255) aGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCt > 1:650363/1‑143 (MQ=255) ccGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTACCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAA‑CGCCCGGTTGATTGACGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCATCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGa > 2:494594/1‑143 (MQ=255) gcgTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGGCATTAGGGCGGGTTA‑TAGCGGAAGTGGCCGGGTCGCTTGACGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGCCGGCGATACCTCTATGACCTTccgcagc > 2:362930/1‑138 (MQ=255) cgTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGGCCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGCTATGTTTATGACCTTCCCGGCCt > 1:464010/1‑143 (MQ=255) | CTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGTCGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGTCGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAG‑CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCT > NC_000913/3616257‑3616539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |