| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,657,603 | T→A | 11.9% | intergenic (+36/+383) | hdeD → / ← arrS | acid‑resistance membrane protein/small regulatory RNA ArrS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,657,603 | 0 | T | A | 11.9% | 143.2 / 10.7 | 59 | intergenic (+36/+383) | hdeD/arrS | acid‑resistance membrane protein/small regulatory RNA ArrS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/23); new base A (5/2); total (34/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
CGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCC > NC_000913/3657461‑3657745 | cGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAt < 2:569090/143‑1 (MQ=255) ggTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTa < 1:36889/143‑1 (MQ=255) tgtCTTTAATGCTTTTCTCCACACTGGTGGGAATT‑TACTGTATATTTAGCGCCGCCAGCTTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATTATAGTCACATCAAGTGACTAta < 2:67766/143‑2 (MQ=255) gtCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGACCATAGTCACTTGATGTGACTATGa > 2:326837/1‑143 (MQ=255) tCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGGTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAGCATAGTCACTTGCTGGGACTATGAt > 2:128391/1‑143 (MQ=255) cTGTACGGCTGGTTTCCGATCTGGTGGGGATTGAACTG‑GTTTTTGGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTGCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCATCAACAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATc < 1:113173/143‑1 (MQ=255) tGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGCTCATAGTCACTTGATGTGACTATGATcc > 1:44756/1‑143 (MQ=255) tGTAACGCTGGTTTCCACACTAATGGAAATTGAAATG‑AGATTGGGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCTCGATTTAGTTATAAGCAGCAATAAATACACCGTCTGTCACCTGGTGCATAGTCACTTGACGCCACTATGGTcc > 2:740705/1‑143 (MQ=255) gTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGACCATAGTCACTTGGTGTGACTATGATCCg > 1:10813/1‑143 (MQ=255) ttCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATActct > 1:570721/1‑143 (MQ=255) cacaCTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCGTGTTCAGCTTCGACAGTTGGTTCGTTAAGCAGCGATAATTACAACGGATGCCACCCCGATGATAGACACTTGAAGTGACTATAAACCGATTAATAcagtcga > 2:105577/1‑137 (MQ=255) cacaCTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACtctctc > 2:268267/1‑143 (MQ=255) acacTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCAATTGATGTGACTATGATCAGATTAATActcttccc > 2:459832/1‑139 (MQ=255) acTGGTGGGAATGGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGc < 1:886146/143‑1 (MQ=255) tggGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGGCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCACTAAGTTCCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGc < 2:493226/143‑1 (MQ=255) tggGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGc > 1:638617/1‑143 (MQ=255) gAACTG‑ATATTTGGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTTATCACCAATAAAAACCCCAGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGtgttgt < 1:621482/143‑1 (MQ=255) aaCTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGACCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGCTGTa > 2:831207/1‑143 (MQ=255) aaCTG‑AGATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTa < 1:177453/143‑1 (MQ=255) tG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCCCCCGGAACCTAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTACTACTCTCTCCGCTACGCAGAGTGCTAGAt > 2:294443/1‑143 (MQ=255) tG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTATGCAGTATTGTAgcc > 2:426978/1‑141 (MQ=255) tG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGAt > 1:334535/1‑143 (MQ=255) atTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAAt < 1:784471/143‑1 (MQ=255) atTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAAt < 1:784549/143‑1 (MQ=255) atTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAAt < 1:195190/143‑1 (MQ=255) tttGGCGCCGCGAGCCTGTTCAGCTTCGCCATTTTGCTCGTTAAGCAGCAATACTTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCTCTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAAtt < 1:632659/143‑1 (MQ=255) tAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAGCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTACTCCTCTCGCCGCTACGTCGTGGTGTCGATCAAtttc > 2:509509/1‑141 (MQ=255) gccgccAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACTCTGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCAc > 1:818851/1‑143 (MQ=255) gccgccAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGCTCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCAc > 1:776826/1‑143 (MQ=255) cgccAGCCTGTTCAACTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTa > 1:817521/1‑143 (MQ=255) ccAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATc > 1:511182/1‑143 (MQ=255) aGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCAt > 1:843350/1‑143 (MQ=255) tgtgCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGaa < 1:701430/143‑1 (MQ=255) tgtcctgCTTCGCCCCTTTGTTCGTTAAGCATCAATAATTTCCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCACTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGaa < 2:627618/137‑1 (MQ=255) tGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGaa < 2:767972/143‑1 (MQ=255) ggTTCAGCCTCGCCAGTTTGTTCGGTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCAGAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACCCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGaa < 1:796828/142‑1 (MQ=255) ttCGCCAGTTGGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGGCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTAc < 1:143631/143‑1 (MQ=255) tCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTAcc < 2:383317/143‑1 (MQ=255) gTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTATCTGCTAGTGat > 2:249186/1‑143 (MQ=255) tCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACGCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGGTCCGATTGATACTCTCTGCGCTAGGCGGTGTTGTAGATCAATTGGGCACTATAATTGAAATAATTACCTGCTAGGGatta < 1:194152/143‑1 (MQ=255) gTTAAGCAGCAATAACTACCCAAGTTGTCAAGTAAAACAAAATCACTTGATGTGACTAATATCAAATAAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGAACAATTGCGCACTATCATCGAAATAATTACCATCTAGTGattatt > 2:408914/1‑143 (MQ=255) aaGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCa > 1:739024/1‑143 (MQ=255) gccccGGTTGTCAGCCGGTTCATAGTCACTTGGTGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTTCGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTc < 2:273108/142‑1 (MQ=255) cccGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCCACCTACTGAATTTCAt > 2:827565/1‑143 (MQ=255) cccGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGGGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCAt > 2:472436/1‑143 (MQ=255) gTTTTCACCTGGATCATAGTCTCTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTaa < 1:325641/143‑1 (MQ=255) gTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTACATTTCATCTaa > 2:32235/1‑143 (MQ=255) cACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAAttttt > 1:52134/1‑143 (MQ=255) cccGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAGTTGCGCACTATCCTTGAAATAATTACATGCTAGTGATTATTTCAACCTACTCAATTTCATCTAAtttgttt > 2:226721/1‑143 (MQ=255) tcGGATCATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTCTTTCAACCTACTGAATTTCATCTCACTTTtctc > 2:714727/2‑143 (MQ=38) cATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTa < 1:340914/143‑1 (MQ=255) cATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCGACTGAATTTCATCTCATTTTTTTCACTCTa > 2:27168/1‑143 (MQ=255) cATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTAAATTTCATCTAATTTTGCTCACTCTa > 2:616787/1‑143 (MQ=255) cATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGAGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTAGTTCAACCTACTTAATTTCTACAAATTTTTTTGATTCTa > 2:242877/1‑143 (MQ=255) aTAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTAt < 2:334535/143‑1 (MQ=255) tAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATg > 1:447577/1‑143 (MQ=255) tAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATg < 2:877478/143‑1 (MQ=255) tAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCAATATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTTAACCTACTGAATTAAATGTAATTTTTTTCACTCTATg > 1:200737/1‑143 (MQ=255) ttGATGTGACGCTGATCCGATTAATTCTCTCTTCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGTAAAtt < 2:423643/143‑1 (MQ=255) aTGTGACTATGATCCGATTAATACTCGCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGc < 1:359850/143‑1 (MQ=255) tgtgACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGcc < 2:570721/143‑1 (MQ=255) | CGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTG‑ATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCC > NC_000913/3657461‑3657745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |