| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,729,408 | C→G | 9.1% | intergenic (‑37/+35) | xylB ← / ← xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,729,408 | 0 | C | G | 9.1% | 149.2 / 6.9 | 56 | intergenic (‑37/+35) | xylB/xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/24); new base G (2/3); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
GGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGC > NC_000913/3729266‑3729550 | ggCGCGAAGCGGTCAGCTTTTCCGTTCGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCGCGG‑TATCGCTAc < 1:506321/143‑1 (MQ=255) aaaCGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGAGCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATaa > 1:93074/1‑143 (MQ=255) ggTCAGCTTGTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGATaccgg < 1:577824/143‑5 (MQ=255) ggTCAGCTTCTCCGTCTGCGCAGCAACCACCTCACGCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGATaccgg < 1:397808/143‑5 (MQ=255) gctCATCTTTGCCGTTGGCACACCATCCCCCACACTCTTCGCGTTTAGCAATATAACTTTTACGCCCGAGGCCGCAGGATCTAGTTCGTGATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGATaccgg < 2:26327/141‑5 (MQ=255) tCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAGGATCTATCCCGATATACATATCGGGAGTTACTTACCAAAATGCTCGC‑TATCGCTACCGATAACCggtc > 1:77138/1‑141 (MQ=255) tCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGGTATACATATCGATCGTTCCCTAAAAAAATGCTCGG‑TGTCGCTACCGATAActcggc > 2:449417/1‑138 (MQ=255) cAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCAAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGACACCCGGGcc > 2:598917/1‑143 (MQ=255) cTTTTTCTTTTGCGCAGCGACCCCCTCCCCCTGCTCGTTGTGCAAATTCACTTTTCCGCCCGTGGTGCCGCGATCTATCCCGTTATACATATCGATCGTTCCTTAATCGAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATCACCGGGCCacc < 2:388166/143‑3 (MQ=255) gttGCGCAGCAACCACCTCACCGTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGca < 2:326245/142‑1 (MQ=255) tGCGCAGCAACCACCTCAGCCTGCTCGTTGAGCAAAATATCTTCTNCGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGCTANACATATCGATCGTTCTTTNAAAAAANGCCCGG‑NATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGcaca < 2:538135/143‑1 (MQ=255) gcagcaACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTCTCTTGGTTTTCACAACAAAAGAACGTAGGACTAGAGCTCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGtt > 2:190990/1‑143 (MQ=255) accTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTAt < 1:595790/143‑1 (MQ=255) cTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTAttt < 2:751165/143‑1 (MQ=255) cgcgcatcTCGTTGACCAAAATATGTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATGTCGATCGTTCCTTACAAAGGTGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGt < 2:599567/136‑1 (MQ=255) cACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGt < 1:108471/143‑1 (MQ=255) gcgcGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTAGAACa < 2:450271/140‑1 (MQ=255) gCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACa < 1:152649/143‑1 (MQ=255) gTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTAACGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTCAGCCGTTATTTGTCGAACAGATa > 2:390761/1‑143 (MQ=255) ttGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAGCAGAtga > 1:508667/1‑141 (MQ=255) ttGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATaa > 1:427607/1‑143 (MQ=255) gAGCAATCTATCTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGAGCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATg < 2:464787/143‑1 (MQ=255) gAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATg < 2:285042/143‑1 (MQ=255) aGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAGAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATgg > 2:396934/1‑143 (MQ=255) aTAACTTTTTCGCCCGAGGTGCCAAGCTCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTAcc < 2:564307/143‑1 (MQ=255) tAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAAACGGGCACACTGACTGCACAGTTACCTGTTATTTGTCGAACCGATCATGCTTCActa > 2:594865/1‑141 (MQ=255) aCTTCTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGa < 1:891608/143‑1 (MQ=255) cTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCCGAt > 1:614126/1‑143 (MQ=255) ttttACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGAtt > 1:326025/1‑143 (MQ=255) ttttACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGAtg > 1:227318/1‑142 (MQ=255) ttttACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGACGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGaat > 2:201258/1‑141 (MQ=255) gCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCTGATTTTcctg > 1:153940/1‑141 (MQ=255) cccGAGGTGCCAAGATCTATCCAGATATACATATCGATCGTTCATTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACAGATAGCCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATGTGTCGCACAGATAAGGGTTTACAAGGTTTTCCAgc > 2:518870/1‑142 (MQ=255) tGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCt > 1:836258/1‑143 (MQ=255) ccAAGCTCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAACAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATACCCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGACTCTTCAGTTGTTCCTgg < 2:502591/143‑1 (MQ=255) aaGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGACTTTCCAGTTGTcccagcca > 2:537100/1‑138 (MQ=255) tCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAGCAGATAATAGTGTACCAGAGTTTCAAGTTGTTCCTCGCGACCa > 1:262725/1‑143 (MQ=255) cTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCAc > 1:266059/1‑143 (MQ=255) aTCCCGATCTACCTATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCActc < 1:879517/143‑1 (MQ=255) cccGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTg < 2:574921/143‑1 (MQ=255) taCAGATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCAcc < 2:721787/143‑1 (MQ=255) tatCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGATATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGgag > 1:652026/1‑143 (MQ=255) atcgatcgTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTATCATGCACCgccga > 2:729539/1‑139 (MQ=255) tcgatcgTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCCCTCTGATGCACCGcagtc > 1:731924/1‑141 (MQ=255) gTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAatga < 1:583580/143‑1 (MQ=255) ccTTAAAAAAACGCCCGG‑TATCGCTACCGGTAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGt < 2:77138/143‑1 (MQ=255) cTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGtt > 1:537085/1‑143 (MQ=255) ttAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTc < 2:280855/143‑1 (MQ=255) aaaaTGCCGGG‑TAACGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGGTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAg < 1:303371/143‑1 (MQ=255) aaaaTGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCCGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACCGTTTATGGTTTACCAGGTTTTCCAGTTGTTCCTGGCGGCCGCGCGGATGGACCGGACACCGATGTTGTGCCTGAg > 1:37869/1‑143 (MQ=255) gCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGCTTCCCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGACGCACCGGCGACAAATGCTGTTCCTGaccccat > 2:913762/1‑137 (MQ=255) cccGGTTATCGGTAGCGAT‑ACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATAtt > 1:552032/1‑143 (MQ=255) cggttATCGGTAGCGAT‑ACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGCGCATATTTg > 1:778037/5‑143 (MQ=255) cGG‑TATCGCTACCGATATCCGGGCCAACGGTCTTTACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTGACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTg < 1:390761/143‑1 (MQ=255) gg‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACACATGATCTTCCTGAGCATActtcg > 1:554402/1‑141 (MQ=255) gg‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTgg < 2:525803/143‑1 (MQ=255) gg‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTgg < 2:326025/143‑1 (MQ=255) ccGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGc < 1:871210/143‑1 (MQ=255) | GGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGC > NC_000913/3729266‑3729550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |