| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 96.7% | 168.7 / ‑5.8 | 61 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (25/33); minor base T (0/2); total (26/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTAC > NC_000913/2661681‑2661960 | gggTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAAGGTTGTTGAGAAAACCGGGGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAt < 1:865408/143‑1 (MQ=255) tGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTGATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAAGCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAttca > 2:385202/1‑141 (MQ=255) cGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGCATTTATc > 2:1039597/1‑143 (MQ=255) gttgcgcGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAATCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcg < 1:296338/140‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgc > 1:737293/1‑143 (MQ=255) tGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgc > 1:688471/1‑143 (MQ=255) gtcgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCt < 2:692893/143‑1 (MQ=255) tcgcGAGTATGCTGACGACCAGAAACATCCTGCACTGTCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTGGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTg < 2:1043893/143‑1 (MQ=255) gtGAGTATGCGGACGACCAGACACCACCAGCACCTCGTGGGTATGAACGAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGc < 1:37071/143‑1 (MQ=255) tGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGATGAGAAAACCCGCGAGACGGTCGCGCAAATCACGCCCCAGCGCGTGGGTCAGGGATGGAACGCCGCCCCGGCa > 2:1094895/1‑143 (MQ=255) gAGTATGCTGGCGACCAGCCACAGCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAg < 2:232240/143‑1 (MQ=255) aTGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAgccgc < 1:1103941/143‑1 (MQ=255) tGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAGTGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAgccgcc > 2:299702/1‑143 (MQ=255) tGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGACCTGGCAgccgcc > 2:362782/1‑143 (MQ=255) tGACGACCGGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCttt < 2:581690/143‑1 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCAGTGAGAAGGTTTTCGAATTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCttt > 1:260984/1‑143 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCAGGGAGACGGTCGCTCAAATCACGCGACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGGAGGCGCGttt > 1:398/1‑143 (MQ=255) acCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCt < 1:535597/143‑1 (MQ=255) aGACACATCCAGCGCTTCCTGGTTATGAACCAGTGCGCCTAAAGTAATGTGGTTGAGAAAACCGGTGAGACTGTCGCTCAAATCACGCCACGGCGCGGGGGTCAGGTATTTACCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGAc < 1:216938/143‑1 (MQ=255) tCCAGCCCTTCCCGGCTAATAACCAGTTCGCCCAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 1:862686/143‑1 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTGAGGGGTTGATCTCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt > 1:188642/1‑143 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACgtgt > 1:908163/1‑143 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTg < 1:1119576/143‑1 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGGATTTATCGCGGCCCTGGAAGCCGCCTTTACGCTGACAACGGGTg > 1:980405/1‑143 (MQ=255) aGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAACCCGGTGAGACGGTCGCTCAACTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACACCTGGTgcc > 2:420867/1‑141 (MQ=255) ttCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCTGACAACGGGTGGCCTCTa > 1:929404/1‑143 (MQ=255) tcttGGTTAAAAACCAGGCCGACAAAGGGAATGGTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCTTTGGTCAGGTATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTAc < 1:127541/140‑1 (MQ=255) ccTGGTTATTAACCGGTACGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACa < 2:737320/143‑1 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAAAGAGCAGCATCTACAGa > 2:535853/1‑143 (MQ=255) ggTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTCCAGAt > 2:471930/1‑143 (MQ=255) ttattaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAGCCGGTGTGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGCGGGTGAGGGACGTATCGCGGCCCTGGCAGGCGCCTTTGCCCTGACAACGGGGGGCGTCTACAGAtgc > 2:930994/1‑141 (MQ=255) ttattaACCAGTTCGCCGAAAGTAGTGATGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTc < 1:853557/143‑1 (MQ=255) ccAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACACCGGGTGGCATCTACAGCTTCGTCAACg > 1:368041/1‑143 (MQ=255) gTTCGCCTAAAGTAGTGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgcg < 1:299702/143‑1 (MQ=255) ccTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAAt < 1:633010/143‑1 (MQ=255) ccTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGACAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCGacgacgacaat > 2:923097/1‑138 (MQ=255) aaGTAATGTTGGTGAGAAGGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAGTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACt < 2:648476/143‑1 (MQ=255) gTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTc > 1:1051222/1‑143 (MQ=255) gTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCACCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGGGGCATATACAGATGCGAGCACGCAGCTAATTACtac > 2:96252/1‑141 (MQ=255) aTGTTGTTGCGAAAGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGTGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGcc < 2:362506/143‑1 (MQ=255) gctgaAATCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCGACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCg < 2:153484/140‑1 (MQ=255) gcgagaaCCGGTGAGACGGTCGCGCAGATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGa < 2:706180/138‑1 (MQ=255) agagagccGGTGGGACGGTCGCTCAAATCACGCCACCGCGCGTGGGTCAGGGCTTTAGCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTTCCCTGACAACGGGTGGCATCTTCAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAt < 1:453466/137‑1 (MQ=255) agaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTGCAGATTCGCCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCCAt > 2:609782/1‑143 (MQ=255) agaAAACCGGTGAGACGGTCACTCACATCACGCCACAGCACGTGGGACAGGGATTTATCGCCACCCTGGCAGCACCCTTTACCCTAACAACGGGTCGCATCTACACATTCGTCAACCGCCAGAATTACTGCGCCACAGGCGAt > 2:1111378/1‑143 (MQ=255) agaAAACCGCCGAGACGGTCGCGCACACCACGCCACAGGGCGGTGTTCTGGGATTTAGCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATGCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAt < 1:420867/143‑1 (MQ=255) aaaCCGGTGTGCCGGTCTTTCATATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAtgct < 2:538721/143‑1 (MQ=255) ccGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATgctgct < 2:48986/143‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGTAGCCTCTGATAACCTGACAACGGGTGGCATCTACAGACTCGCAAACGGCGCGAATAACTACGCAAACGGCGAatctgcag > 2:860089/1‑141 (MQ=255) ggggagaCGGTCGCTCCGATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTgg < 2:813123/140‑1 (MQ=255) ggTGCGACGGTCGCTCGAACCGCGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGTCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAGCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTgg < 2:92127/143‑1 (MQ=255) gTCGCTCACATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGGCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCATCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 2:1107260/143‑1 (MQ=255) gTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 2:1051222/143‑1 (MQ=255) cTCAAATCACGCCACAGCGCGTTGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTaa < 1:1063877/143‑1 (MQ=255) aaaTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAg > 1:1106155/1‑143 (MQ=255) cACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCGGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTCCGCCAACGGCGATGCTGCAGGGCTCTTCGCCCGCCAGATaa > 2:313589/1‑143 (MQ=255) ccccaGCGCGTGGGTCAGGGATGTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccac < 1:671883/140‑1 (MQ=255) caGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCGGCCAGCCCCCTCCACCCTTACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGc < 1:256159/143‑1 (MQ=255) ggggTCAGGGGTTTATCGCCGGCTGGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTcc < 1:880191/142‑1 (MQ=255) ggTCCGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTGATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAc < 2:1106295/143‑1 (MQ=255) aGGGATTTATCGCCGCCCTGTCAGTCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTAc < 2:926724/143‑1 (MQ=255) | GGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTAC > NC_000913/2661681‑2661960 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |