| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 98.2% | 154.3 / ‑4.9 | 55 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (23/30); minor base G (0/1); total (23/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184404‑4184681 | cTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt > 2:953001/1‑143 (MQ=255)cTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt > 2:585554/1‑143 (MQ=255) gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTggg < 1:309588/143‑1 (MQ=255) ggTTAAACGCTGTATCCCGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGCGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGCAACGCCGCTAGACACAGTACTGAACCAGCTGGGCg > 2:983372/1‑143 (MQ=255) tgcgtcGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGCCACGGCAACCTGGGTGTAATTTCTAAGCTCAACCCGATCGAAGATATGTCTT‑ACGTTGATATTGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTa < 2:745004/138‑1 (MQ=255) aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGCTAGGCCGGTAGACATCGTGCTGAACCAGCTGGGCGTACCGt > 1:743955/1‑143 (MQ=255) aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGATGGGCGTCCCGt > 1:738097/1‑143 (MQ=255) cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtc > 1:926105/1‑143 (MQ=255) cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGACCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAcc < 1:850310/140‑1 (MQ=255) cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGACCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAcc > 2:850310/1‑140 (MQ=255) aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 1:690185/143‑1 (MQ=255) cAGCCTGGTGACAAGAGGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTG‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 1:1021706/143‑1 (MQ=255) aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAAACGTGTACTTTAATCATCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCt < 2:935082/143‑1 (MQ=255) cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaa < 1:810487/143‑1 (MQ=255) agctcgtcACGGCAACACGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:245412/140‑1 (MQ=255) 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< 2:240118/141‑1 (MQ=255) cGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAACATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 1:870442/143‑1 (MQ=255) gtgaaCAAGGGGGTAATTTCTAAGATCACGCCGCTCGTAGCTATGCCGT‑ACGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg < 2:235919/140‑1 (MQ=255) ggTAACAAGGTTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg < 1:407951/143‑1 (MQ=255) ggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGc < 1:1137311/143‑1 (MQ=255) gtAATTTCCAAGATCCACCCGATCGAAGATCTGTCGT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaa < 2:498726/143‑1 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTGCGCCCCTATACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:829687/143‑1 (MQ=255) aaTTTCTAAGATCAACCCGATCGCAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATGGTACTGAACCAGCAGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCGAGAAACCGACCTGGGACTGGCTGCAAAAg > 2:1043435/1‑143 (MQ=255) tttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATACTCGAAACCCACCTGGGTAGGGCTGAGTAAgga > 2:1096954/1‑142 (MQ=255) gttCTGAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt < 2:1067961/142‑1 (MQ=255) cTAAGATCTATTCGATCGAAGAAACGCATT‑ACGAGGAAAACGGGACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATc < 1:16757/143‑1 (MQ=255) 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gttGCCGT‑ACGGTGAAACCGGTACGCCGGTAGACCGCGTACGGAACCAGGTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGc < 2:1013649/141‑1 (MQ=255) ccTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGCTATGGCTGCGAACGGTATCG‑GCGACACGATCCAAGCCATGCTGaa > 1:935347/1‑143 (MQ=255) cgt‑ACGATGAGAACGGTAGGCCGGTAGGCATCGCAGTGGAACTGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCTCCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCGATGCTGaaa < 2:411463/141‑1 (MQ=255) cTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 1:47937/143‑1 (MQ=255) gATGAGAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTGAGATCCTCGAGACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca < 2:989721/143‑1 (MQ=255) 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> 2:466023/1‑138 (MQ=255) aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCTGGGGGTGGGGCCAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCa > 2:1103806/1‑143 (MQ=255) tGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCGGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATc < 1:585554/143‑1 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGCATTCATCCa > 2:96823/1‑143 (MQ=255) | CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184404‑4184681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |