| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 771,453 | T→G | 53.7% | intergenic (+842/‑5) | mngB → / → cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 771,453 | 0 | T | G | 53.7% | 9.3 / 40.9 | 46 | intergenic (+842/‑5) | mngB/cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/10); new base G (13/11); total (25/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
TTTGCAACCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCAAACAG > NC_000913/771314‑771595 | tttGTATCCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTTTGCATTCACATGGTATGATGAATGTATTCAGACAAATTTCTACTGGCGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCat < 2:593902/143‑1 (MQ=255) gCACCCTTTCTGTACGCCGTTTCCGTGTCCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCatgat < 1:740214/143‑1 (MQ=255) aaCCTGTCTTTACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGt < 1:125434/143‑1 (MQ=255) aCCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGtt < 1:320705/143‑1 (MQ=255) ctttctttACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGCCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGttgg > 2:490513/1‑141 (MQ=255) ttctttACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACCAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAATCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGCTAGat > 2:427532/1‑143 (MQ=255) ttACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAg < 1:424070/143‑1 (MQ=255) gCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGa > 1:81611/1‑143 (MQ=255) ccGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGaa < 1:25188/143‑1 (MQ=255) gTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGACTTCGTGCGATGAGCAAGGAGTCGTGATGTTGGATATAGTCGAACt > 2:529827/1‑143 (MQ=255) caTGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTg > 1:132942/1‑143 (MQ=255) ttGGTATGGTGAAAGGGTTCAATTAGATTTTTATCGGGGCTTGTGTGTGACCCTTTCTTGCGGGGTTTAAGCTCGTTGTATTGATTATTTAACCAAGGAGGCATGATGTTAGAGATAGGCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGc < 2:558754/142‑1 (MQ=255) aTGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGc < 1:92069/143‑1 (MQ=255) gTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGAGCATGCGTGTGACCCTTGCTAACGGGGTTCACCCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCATGGAGTCAAGGCGTTAGAGAGAGTCGAACTCTAGCGACTACACATTGCCtt > 2:582870/1‑143 (MQ=255) gTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATAACTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACCCTCCGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATCTAGCAGAACTGTCGCGGCTACAGtttcgctt > 2:216643/1‑138 (MQ=255) tggtgaAAGTGTTCAACCAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGTTCCTTTCTAACGGGGTCCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGTGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGAc < 2:8113/140‑1 (MQ=255) tgatgaAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCTCGCTTACAGTTTGCCTTGAc > 2:124069/1‑143 (MQ=255) gaAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGACATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACcgcg > 1:371447/1‑143 (MQ=255) aaacaaaTTTCTATTGGGGCATGCGTGTGGCCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACt > 1:751034/1‑143 (MQ=255) tCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTtg > 1:531045/1‑143 (MQ=255) tATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTtgtg > 1:415854/1‑143 (MQ=255) gggCATGCGTGCGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACt > 1:674882/1‑143 (MQ=255) gCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGa < 2:81611/143‑1 (MQ=255) gCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCt < 1:319846/143‑1 (MQ=255) tgtgACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCgg < 1:783381/143‑1 (MQ=255) tgACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTa > 1:139583/1‑143 (MQ=255) gttcccTCTGTAGCGGGGTTCACTCTGGGTGTTTTCTTGCGATGAGCAAGGATGCATGATGTTAGTTATAGTCGCACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTa < 2:198475/140‑1 (MQ=255) gcccATTCTACCGGGGTTTACTCTGGGAGTCTTCATGCGCTGAGCAAGGCGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACTGTTTGCCTTGACCGCAATGTACTACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATg < 2:55461/142‑1 (MQ=255) ccTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGc < 1:305631/143‑1 (MQ=255) tttCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTcgc > 1:746161/1‑77 (MQ=255) tttCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTcgc < 2:746161/77‑1 (MQ=255) tttCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCAGGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGt > 1:672918/1‑143 (MQ=255) tAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGGATGGCGtcgct > 2:424646/1‑139 (MQ=255) tAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACCGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTccc > 2:724919/1‑142 (MQ=255) tAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGAAGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTCTGTGCCCCTGACGCTCGCTATGGCGTTccc > 2:413677/1‑142 (MQ=255) ctctCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGAACGCGATGTGCCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTAt > 1:658745/1‑143 (MQ=255) tctcGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGATTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGCTATGGCCTTCCTCCTGGCCatgatg > 2:219285/1‑143 (MQ=255) ctcGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCATGCTGGCCATTATgg > 1:736051/1‑143 (MQ=255) cGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGaa > 1:269595/1‑143 (MQ=255) gTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACgg < 1:43681/143‑1 (MQ=255) tCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTa > 1:100029/1‑143 (MQ=255) aGCAGGGGGGCATGATGTTAGATATAGTCGAGCTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTcc < 1:618850/143‑1 (MQ=255) gCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCCTACAGTGTGCCATGGCCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGTTATGACATTCCGGCTGGCCAGTATGGAAGCCGGCGACGCCctcgcgg > 2:250412/1‑139 (MQ=255) aggaggCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGTCCATTATGGACACGGGCTACGTCCTCTCCGGcc > 2:29473/1‑142 (MQ=255) aGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGTTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCa < 1:509289/143‑1 (MQ=255) aGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACTGTCTACGTCCTCTCCGGCa < 1:54068/143‑1 (MQ=255) gAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCaaa < 1:124069/143‑1 (MQ=255) tCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCCAACAg > 2:332429/1‑143 (MQ=255) | TTTGCAACCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCAAACAG > NC_000913/771314‑771595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |