Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,190,446 | A→G | 10.6% | M1T (ATG→ACG) † | phoP ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator PhoP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,190,446 | 0 | A | G | 10.6% | 82.6 / 3.7 | 38 | M1T (ATG→ACG) † | phoP | DNA‑binding transcriptional dual regulator PhoP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/16); new base G (2/2); total (20/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.07e-01 |
TATCCGGTATATGTTCATTGAGATAATAATCGGCTTCTTTGGCATCTTCTGCGTCATCGACCTGATGACCAGCATCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGAC > NC_000913/1190309‑1190586 | tatCCGGTATATGTTCATTGAGATAATAATCGGCTTCTTTGGCATCTTCTGCGTCATCGACCTGATGACCAGCATCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCAttttt < 2:741911/143‑1 (MQ=255) tatCCGGGATATGTTCATTGAGATAATAATCGGCTTCTTTGGCATCTTCTGCGTCATCGACCTGATGACCAGCATCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCAttttt < 2:743908/143‑1 (MQ=255) tGAGATAATAATCGGCTTCTTTGGCATCTTCTGCGTCATCGACCTGATGACCAGCATCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAat < 1:775809/143‑1 (MQ=255) agaTAATAATCGGCTTCTTTGGCATCTTCTGCGTCATCGACCTGATGACCAGCATCCTGAATCTGAACTTTAATGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAatta < 1:772085/143‑1 (MQ=255) 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2:311954/140‑1 (MQ=255) gAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCggggaggg < 1:499005/143‑1 (MQ=255) gACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATATTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTATATAAACCAGCAGGCAGTGGTGGTAAAGTCaaaa > 2:570641/1‑143 (MQ=255) aacaacGCCTAGTATTCAACACCCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTATCTTAATTATTAAAATAGCATAACGCGAATATGTGGTTATGGGAGAAAACATTAAATAAACCAGCGCGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATaa < 2:585644/143‑1 (MQ=255) caacGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGAGGTAAAGGGAAAAAAGaaca > 1:456025/1‑141 (MQ=255) caacGCATCGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATagaa > 1:720523/1‑143 (MQ=255) 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1:475446/1‑143 (MQ=255) aacCAGTACGCGCGTTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaataa < 1:200943/143‑1 (MQ=255) aacCAGTACGCGCGTTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaataa < 1:593590/143‑1 (MQ=255) cAGTACGCTCATTTTTATTTCTCCCGGTATTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAAACAGCGGGTAGGTGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCa < 2:357503/143‑1 (MQ=255) cAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTATTAAGCa > 1:395464/1‑143 (MQ=255) cAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCa < 1:194960/143‑1 (MQ=255) gcATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGCGGTAAAGTGAAACACTAAACAGCGGATCATCTTAATAAGCTGGCCGCAc > 1:145574/1‑143 (MQ=255) | TATCCGGTATATGTTCATTGAGATAATAATCGGCTTCTTTGGCATCTTCTGCGTCATCGACCTGATGACCAGCATCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGAC > NC_000913/1190309‑1190586 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |