Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,620,224 | C→G | 9.6% | intergenic (+17/+14) | marB → / ← eamA | multiple antibiotic resistance protein/cysteine/O‑acetylserine exporter EamA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,620,224 | 0 | C | G | 9.6% | 102.8 / 5.2 | 42 | intergenic (+17/+14) | marB/eamA | multiple antibiotic resistance protein/cysteine/O‑acetylserine exporter EamA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/15); new base G (2/2); total (25/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.15e-01 |
CCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCAC > NC_000913/1620086‑1620365 | ccAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTGTGGCCCCGACAtct > 2:370223/1‑143 (MQ=255) cGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGcc < 2:120746/143‑2 (MQ=255) cGTGGTGGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAAGCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGcc < 2:423318/143‑2 (MQ=255) gTGGTTGTTCCCCCATCGCAGAAGCACCCACCGTTTGATTTAACTCACATGGGTACTGGCCGCGATACGTCGGATACGCTCCGCGTGCCCTACTACAATCAACACGCCACGGAGTTTGTCCTGCCCCCAACAACTCAGGGccc > 2:221800/1‑141 (MQ=255) 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1:501727/143‑1 (MQ=255) acccaccGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCttt > 1:322743/1‑143 (MQ=255) acccaccGTTTGATTTAAATCACATGGCTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGGCCTATCATAATCAACACGCTCTGTCGCTTGTTCTGGCCCCGACATCCCGGGGCCTCTTAACTTCACACCTTTCCCGCatt > 2:698009/1‑143 (MQ=255) cccatcGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTa < 2:649682/143‑1 (MQ=255) ccaccGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCtttcc > 2:265680/1‑141 (MQ=255) ccaccGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCtttcc > 2:575646/1‑141 (MQ=255) caccGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCACCACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACg > 1:72051/1‑143 (MQ=255) ccGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGcc > 2:257068/1‑143 (MQ=255) tttAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAg > 1:584636/1‑143 (MQ=255) acaTGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACAGGCTATGTGGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCCCCGCAAGCCAGATAc > 1:129493/1‑143 (MQ=255) tGGCTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTAAATCGTGAATTTAATACCCTACACATCGGTGCCCATCCGTTTGCTACCTTGACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt < 1:785557/143‑1 (MQ=255) tACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGata > 2:355343/1‑143 (MQ=255) aTGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCGATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGCCATCTCGGGGCTCACTAACTTCCCACCTTTACCGCTCTACGCCCCCGCGCGCCCACCACATTGGTCTACACACCGGACAAAAtacg > 2:539637/1‑140 (MQ=255) tCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgc > 2:37133/1‑143 (MQ=255) ggCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgcac < 1:355343/143‑1 (MQ=255) ccTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTCTTAACTTCCCACCTTTCCCGCTTTACGCCCCCGCAAGACAACTACATTGATATACACACCAGTCATAATGAACACAACACCTaaaaa > 1:282338/1‑143 (MQ=255) cTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGACCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAAt > 2:217375/1‑143 (MQ=255) tattatAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAAtt > 1:1015/1‑143 (MQ=255) attgtAGTCAACACGCTCTTTAGTTTGTTCTTGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAAGACAGTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTg < 2:552638/143‑1 (MQ=255) attatAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCCCCGTTACCGCTTTAGGCCACCGCAAGCCAAATAAATACAAATACAGCCCGGTCATAATCACCACCCCACCCAACAAGTg > 2:155804/1‑143 (MQ=255) ttatAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGAACCGCACCTAAAAATTGc < 1:660025/143‑1 (MQ=255) taATCAACGCGCTATGTAGTTTGTCCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTCTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGa < 2:315548/143‑1 (MQ=255) taATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTACCTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAATCCAAATACATTGTTATACAACCTGGTCTTAATGAGCACCGCACCTTAAAATTGCAGa > 1:13917/1‑143 (MQ=255) taATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTGTGCCGCTTTGCGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGa < 1:598493/143‑1 (MQ=255) tCAACACGCTATGTAGTTTGTTCGGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCCTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGAccc < 1:509360/143‑1 (MQ=255) gcccGCTATGGAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGtt < 2:237432/140‑1 (MQ=255) tGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCATATTAACTTCCTACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTc > 2:410647/1‑143 (MQ=255) agctcgTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATGGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATc < 1:285006/138‑1 (MQ=255) tGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCAGTTACGCGTTCCGCcaac > 2:178929/1‑143 (MQ=255) gCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCGTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACTTTGATATACAGCCCGGTGATAATGGGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGATCATACAACAagagag > 1:427065/1‑141 (MQ=255) gCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACGTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATACTg > 1:341978/1‑143 (MQ=255) ccGACATCGCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTGACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCg < 1:265680/143‑1 (MQ=255) aCATCACGGGGGTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCACGCCACATACCTTGGTATACAGCCCGGCAATAATGAGCACTGGACCTAGAAATTGCAGCCCCGTTAAGCGTCCACCCCACACTAGTGcggaac > 2:388621/1‑138 (MQ=255) | CCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCAC > NC_000913/1620086‑1620365 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |