| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,589,122 | G→A | 10.4% | G510S (GGC→AGC) | acrD → | multidrug efflux pump RND permease AcrD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,589,122 | 0 | G | A | 10.4% | 98.2 / 4.0 | 46 | G510S (GGC→AGC) | acrD | multidrug efflux pump RND permease AcrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/23); new base A (3/2); total (21/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
CCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCT > NC_000913/2588982‑2589261 | ccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGGCAGTACTGGTAGCGCTGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGc < 1:136741/143‑1 (MQ=255)ccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGGCAGTACTGGGAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCACCATGGGCACCAAGGc > 2:614113/1‑143 (MQ=38) ctctcgcGCCAGTTCTCTGTTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGc < 2:782313/137‑1 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGCAACAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGc > 1:308750/1‑143 (MQ=255) 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1:34585/1‑143 (MQ=255) gCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGttt > 1:465472/1‑143 (MQ=255) ttCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTACCCa > 1:693429/1‑143 (MQ=255) ctctATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGa < 1:669389/143‑1 (MQ=255) aCCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCAAATGATTTTTCATTATCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTaa > 1:781165/1‑143 (MQ=255) ccATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACAGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTACCTGGTTTAAGCAGATGATTAAc > 2:195510/1‑143 (MQ=255) 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1:543033/1‑143 (MQ=255) ctctGGGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTg < 2:781165/143‑1 (MQ=255) gtctgCCACATGACATATGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATCGGCAAAAAGGCTTGTTGGCCTGGTTTAAGCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCt < 2:414809/140‑1 (MQ=255) gagagtcaccCTACGTAGGCCACGGAAAAAAGGGGAGCATCATGGGCAAAAAGCCATTAACGCCTGGTTTACGCAGACGCGTAACGACAACACAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCt < 2:314844/137‑1 (MQ=255) cacaCTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATtg < 1:238613/143‑1 (MQ=255) tctactTAAGTTATTGAAAATATGTGTGCATCATGGGCAAAATGGCTTTTTTGCTTGGTTTAACTAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGTTATGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGa < 2:416020/142‑1 (MQ=255) 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2:169741/143‑1 (MQ=255) cAAAAAGGCTTTGTTGCCTGGTTTAACCAGATGTCTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgtt < 1:290527/143‑1 (MQ=255) acaGGCTCTATTGCCTGGCTTACCCAGATCTTTACCCGCACCGCCGATCCCTACCCAGAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCCCCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTCTGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTgttcctgttcct < 2:14102/141‑1 (MQ=255) | CCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCT > NC_000913/2588982‑2589261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |