Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,589,125 | T→C | 9.9% | F511L (TTT→CTT) | acrD → | multidrug efflux pump RND permease AcrD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,589,125 | 0 | T | C | 9.9% | 98.9 / 3.3 | 44 | F511L (TTT→CTT) | acrD | multidrug efflux pump RND permease AcrD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/21); new base C (2/2); total (20/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.55e-01 |
ATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTT > NC_000913/2588990‑2589267 | ctctcgcGCCAGTTCTCTGTTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGc < 2:782313/137‑1 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGCAACAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGc > 1:308750/1‑143 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGc > 2:238613/1‑143 (MQ=255) tCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTGcc < 2:408583/143‑1 (MQ=255) tATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCCCTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCGAAAAGGCTTTTTTGCCTg > 2:492267/1‑143 (MQ=255) aTCGCGAGTGCTCTATTGCCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGAGCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTgg < 2:287797/143‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTTCTGTGTTGTCTTCGGCGCGCCGGTGGTGATGGAAACACGGGGAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTgg < 1:569948/143‑1 (MQ=255) gCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGttt > 1:465472/1‑143 (MQ=255) gCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGttt > 1:34585/1‑143 (MQ=255) ttCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTACCCa > 1:693429/1‑143 (MQ=255) ctctATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGa < 1:669389/143‑1 (MQ=255) aCCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCAAATGATTTTTCATTATCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTaa > 1:781165/1‑143 (MQ=255) ccATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACAGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTACCTGGTTTAAGCAGATGATTAAc > 2:195510/1‑143 (MQ=255) cATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGCACTGGTGGAGAGGAACGTCACTCCGGCTCGGTGTGCCACACTACTTAGGCCACTGAAAAAAGGTGAGAAAAAAAAAAAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAAcc < 2:114409/143‑1 (MQ=255) ttgttgCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGc > 1:79016/1‑143 (MQ=255) ggTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCt < 2:538224/143‑1 (MQ=255) tGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCtgc > 1:525060/1‑141 (MQ=255) cTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCAACACCGCATAAGCCAGTGGAAAAAGGTGCGCTACTTGCGTTAAAAGGATTACTTGTCAGATTTAACCAGATGTTTTACTGACATGCTGAACGCttgga > 2:311555/1‑139 (MQ=255) aGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTGc > 2:484383/1‑96 (MQ=255) aGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTGc < 1:484383/96‑1 (MQ=255) ggTAGCGATGATCCTCACGCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTgg < 1:731011/143‑1 (MQ=255) atcgagtatCCTCACTCCGGTTCGGTGTTCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGa < 2:650143/136‑1 (MQ=255) aGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGCAAAAAGGTGAGCATCATGGGATAAACAGCATCACTCCATGGAGCGCCCAGATGTTTAACCGCAACACCGAACGCTACCAACACGGGGTGGCGa > 2:766122/1‑143 (MQ=255) aGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGa < 2:465472/143‑1 (MQ=255) gatgagCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGaaaa < 1:92447/143‑1 (MQ=255) atCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAACGGGGTGGCGTAAATtct > 1:637972/1‑143 (MQ=255) cTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGCAAATTCTCCa > 2:757639/1‑143 (MQ=255) tCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCAc > 1:134232/1‑143 (MQ=255) tCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCAc > 1:714418/1‑143 (MQ=255) tCACTCCGGCTCTGGGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCAc < 1:374572/143‑1 (MQ=255) tCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTa > 1:543033/1‑143 (MQ=255) ctctGGGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTg < 2:781165/143‑1 (MQ=255) gtctgCCACATGACATATGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATCGGCAAAAAGGCTTGTTGGCCTGGTTTAAGCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCt < 2:414809/140‑1 (MQ=255) gagagtcaccCTACGTAGGCCACGGAAAAAAGGGGAGCATCATGGGCAAAAAGCCATTAACGCCTGGTTTACGCAGACGCGTAACGACAACACAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCt < 2:314844/137‑1 (MQ=255) cacaCTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATtg < 1:238613/143‑1 (MQ=255) tctactTAAGTTATTGAAAATATGTGTGCATCATGGGCAAAATGGCTTTTTTGCTTGGTTTAACTAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGTTATGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGa < 2:416020/142‑1 (MQ=255) ttATGCCACCGAAAAGCGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTGAACCAGATGTTTAAGCGCAACGCCGAGCGCTACGAAAATGGGGTGGCGAAAACTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt < 1:114568/143‑1 (MQ=255) ttAGGCGACTGAAAAAAGGTGGGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTGTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAAGCGCAGCGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt < 2:294516/143‑1 (MQ=255) cACTTAAAAAAGTTGAGCATCATGGGCAAAAAGCCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCctg < 1:779841/143‑1 (MQ=255) gTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCTAACGCTACGCGAAAGGGGTGGCGACAAATCTCAACCGTAGCCTGCGATGGGTTGTGAATGACGTCCTGGTGCTAggcacg > 2:632222/1‑140 (MQ=255) accaggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTCGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCACGGtgtt > 2:596525/5‑143 (MQ=255) cAAAAAGGCTTTGTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgtt < 2:169741/143‑1 (MQ=255) cAAAAAGGCTTTGTTGCCTGGTTTAACCAGATGTCTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgtt < 1:290527/143‑1 (MQ=255) acaGGCTCTATTGCCTGGCTTACCCAGATCTTTACCCGCACCGCCGATCCCTACCCAGAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCCCCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTCTGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTgttcctgttcct < 2:14102/141‑1 (MQ=255) ttttttGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAACAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCCTGGTGTTCCTGTTCCTGCGttt > 2:301328/1‑143 (MQ=255) ttttttGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGACCCTCGCTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGAATGGTGTGGCTGTTCCTGCGttt > 1:745365/1‑143 (MQ=255) | ATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTT > NC_000913/2588990‑2589267 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |