Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | 100% | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 100.0% | 139.8 / NA | 47 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (24/23); total (24/23) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGT > NC_000913/2661683‑2661958 | gTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAttt > 1:74637/1‑143 (MQ=255) cgtgcggcgTCGTGATGATGCTGACGACCATACTCATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATc < 2:619757/137‑1 (MQ=255) gTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcg < 1:591919/143‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCGTGAGTATGCTGAAGAACAGACACATCCAGCACTTCCTGGGTATTAACCAGTTAGCCAAGAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCAAGCCACAGCGCATGTATCAGGGAttgagagc > 2:273363/1‑137 (MQ=255) gcgcGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGACAAAAAAAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgc‑cg > 1:105826/1‑143 (MQ=255) cgtcgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGCCTTATCGC‑CGccc > 1:5359/1‑143 (MQ=255) tGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTACTGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGGGTTTATCGC‑CGCCCTGGCAgccgcc > 2:432304/1‑143 (MQ=255) gCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCt > 2:247085/1‑143 (MQ=255) gCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCt > 1:368718/1‑143 (MQ=255) ctttggacCAGACAACTTCAGCACTTCCTAATTAGTACCGAGTTCGCCTATAGTAAGTTTGTTGAGAAAGCCGGGGAGTCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCtt < 2:7061/138‑1 (MQ=255) ggccAGACACGTCCAGCAGTTGCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTAccc < 2:167518/141‑1 (MQ=255) gacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGATGAGAAGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTATAcac > 2:453593/1‑141 (MQ=255) cAGACACATCCTGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAGCCTGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGa < 2:636572/143‑1 (MQ=255) aTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCACTGACAACggg > 1:306528/1‑143 (MQ=255) aTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg > 1:80712/1‑143 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTGATTGACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTGGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 2:447892/143‑1 (MQ=255) gccAGCACTCCCTGGTTATTAACCAGTGCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 1:170350/142‑1 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTg < 1:318585/143‑1 (MQ=255) aGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGc < 2:624233/143‑1 (MQ=255) aGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATGTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGc > 1:15815/1‑143 (MQ=255) ccTGGTTATTACCCAGTTCGCCTAAATGAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACa < 2:85481/143‑1 (MQ=255) aaCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCaa < 2:368718/143‑1 (MQ=255) ccAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGCTCGCTCAAATCACGCCACAGACAGTAGAGAAAGGTTTTATCGCACGCCAT‑TCCGGCGCCTTTACCCTGACCACGGGAGGCGTCTACAGCCTCGTCACCg > 2:766764/1‑143 (MQ=255) tCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGACAACCGGTGGGACGGTCGCTCAAATCACGCCCCAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCt < 2:90220/143‑1 (MQ=255) gtAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATGGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAAtt < 1:384944/142‑1 (MQ=255) aGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACGCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATCACtt > 2:581567/1‑143 (MQ=255) tgttgtTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTCCGCCa > 2:232119/1‑143 (MQ=255) tggtggagaAAACCGGTGAGGCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAAc < 1:638140/138‑1 (MQ=255) gttgATAAAGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAGGCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGCGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACgg < 2:502210/143‑1 (MQ=255) ccGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTGTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATgctgct < 1:138008/143‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg > 1:763462/1‑143 (MQ=255) tggtgaCGCTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAGTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCGACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGc < 2:272574/139‑1 (MQ=255) gTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCC‑TTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTCATTACTTCGCCCACGGCGATGCGGCGGGCa > 2:86022/1‑143 (MQ=255) ggTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTg > 2:55736/1‑143 (MQ=255) gTCGCTCAGAGCGCGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 2:570904/143‑1 (MQ=255) tCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGcc < 1:677399/143‑1 (MQ=255) cTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTGACCACGACAGCGAGTGGCACCTGCAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACCTGGCCAGCGGCGAGGCTGCCGGCATCGTTGCCTag > 2:427113/1‑142 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCACCTGCAGACTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTGAGCCTAAc > 2:50672/1‑143 (MQ=255) cACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATaa < 2:67244/143‑1 (MQ=255) gCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAacca < 1:689101/143‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCACCGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTATGACATAactac > 1:102582/1‑143 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCAGCCTTTACCCTGACAACGGGTACCAAATATCAATTTGACCCCGATATTTACAACATTCCCAACGGCGATGCTGCAGGCATCATTACCTACCAGATAaccag > 2:166163/1‑142 (MQ=255) cacaGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccacc > 1:580823/1‑143 (MQ=255) caGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTAGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATATTTGCCTAACAGATAACCACGGc > 1:109059/1‑143 (MQ=255) cgTGGGTCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGt < 2:74637/143‑1 (MQ=255) ggcAGGGATTCATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACg < 1:37086/141‑1 (MQ=255) tCAGGGATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCAGACAACGGGTGGCATCTAAAGATTCGTCGACGGCGCTAATTACTTCGCCCACGGCGATGCTGCTGACCTCTTTGCCTAACAGATGACCACCTCCTGGCCCACga > 1:226507/1‑142 (MQ=255) | GTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGC‑CGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGT > NC_000913/2661683‑2661958 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |