Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,704,308 | C→T | 7.6% | intergenic (‑245/+27) | rnc ← / ← lepB | RNase III/signal peptidase I |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,704,308 | 0 | C | T | 7.6% | 138.0 / 3.4 | 53 | intergenic (‑245/+27) | rnc/lepB | RNase III/signal peptidase I |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/22); new base T (2/2); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.25e-01 |
GGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCTTCCGGC > NC_000913/2704167‑2704446 | gggtACCAACGCTGTTTCGTGTCCCGTGATAGCGTGTAGGTGCCAACCTTCTACTTCTGGTGTATATTCTATACACTACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATTTATAATTCACGTTGTCGCCATAACg < 2:590045/143‑1 (MQ=255) gACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCg < 2:313446/143‑1 (MQ=255) aaCGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGGGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACag < 1:516397/143‑2 (MQ=255) aCGCTGTTGCGTGTGCCGTGGCGACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAAc < 2:367101/143‑1 (MQ=255) gCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTCTCTCATAAATGATGCACGTCGTCGCCACAACCGCGacgacgc > 2:551433/1‑142 (MQ=255) gCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGt < 1:634211/143‑1 (MQ=255) tttCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTAGCTCATAAATAATTCATGTTGTCGCCATAACGGCGACACCGTCAAc > 2:776647/1‑143 (MQ=255) tgCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATg > 2:405847/1‑143 (MQ=255) gTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTa < 1:564930/143‑1 (MQ=255) gCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGCTGTCGCCATAACGGCGACCACGTGAACGAAGCTGGCTATTa > 1:722560/1‑143 (MQ=255) cAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAACATggacactaa > 2:702141/1‑136 (MQ=255) aaCCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGACCGAAGATGGCTATTAAt > 2:350716/1‑143 (MQ=255) aCCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTGTATGACAAAGGATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATg > 1:363339/1‑143 (MQ=255) cTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGGTTTATCTCATAAATAATTGACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGCAGATGGCTATTAATgta > 1:145980/1‑141 (MQ=255) cTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGt < 2:481536/120‑1 (MQ=255) cTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGt > 1:481536/1‑120 (MQ=255) gtggCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgccg < 1:279765/140‑1 (MQ=255) gTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCCTAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgccgc > 1:371558/1‑143 (MQ=255) gCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCa < 1:95558/143‑1 (MQ=255) cTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTGTTAATGGACGCCGCCACTGCGa > 1:32502/1‑143 (MQ=255) ttAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGTTGGCTATTAATGTCTGCCGCCAATGCGAc > 1:722882/1‑143 (MQ=255) gggggAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCa < 1:503717/143‑1 (MQ=255) atccTATACACAACGCCGGGGCCTGTCGCTCGCCACGGGACATTTATCTCATAAATAATCCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTc < 1:186025/140‑1 (MQ=255) cTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGc < 1:244500/143‑1 (MQ=255) tataCACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCAAGGGAGATTTATCTCATAAATACATCACATAGTCGCCATCACCGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGAATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCCGACCAGTCGGca > 2:350345/1‑142 (MQ=255) accgcgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCct < 2:568626/139‑1 (MQ=255) cgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATGCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCcttctt < 2:745635/143‑1 (MQ=255) gggATGTCGTTAGCCACGGGAGATTGACGTCAGAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGACGATGGCTATTAATGGATGCTGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCATGCGGCCATTCACCTTCTTGCt > 2:478645/1‑143 (MQ=255) gTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTACGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAg > 1:52867/1‑143 (MQ=255) cACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTCATGCATCACGCCTATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATc < 2:727877/143‑1 (MQ=255) cGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTGTTAATGGCTGCCGCCAATGCGTCTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCa > 2:104058/1‑143 (MQ=255) agaTGTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATa < 1:659906/143‑1 (MQ=255) gaTTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAg < 2:486887/143‑1 (MQ=255) aTTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCACCCAGCTAGc > 2:424229/1‑143 (MQ=255) aTCTCATAAATCATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGtt < 1:394717/143‑1 (MQ=255) aTCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAGCGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGtt < 2:333500/143‑1 (MQ=255) ctcATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCGATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGc > 2:507449/1‑143 (MQ=255) ctcATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTACAGAAGCTCATCCAGATCGCCGTGGc > 2:500815/1‑143 (MQ=255) ctcATAAATAACTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTTAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGc < 1:753749/143‑1 (MQ=255) cATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAACCGTTGccc > 1:420705/1‑143 (MQ=255) gacaggcttCACGCTGTCGCACTCACTGCGCCCACCCGTACGAAGTTGGCTCTTAATCGATGCCGCCAATGCGACTTGGGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTCCCTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCCTTGCccga < 2:721532/136‑1 (MQ=255) aaataaTTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCccgac > 1:470845/1‑143 (MQ=255) aaataaTTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGGTCCccgac > 1:733876/1‑143 (MQ=255) aataatTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGCAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCccgacc > 2:476915/1‑143 (MQ=255) ttCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGACGCTCATCCAGCTAGCCGTCGCCCgaccgaccg > 2:734558/1‑142 (MQ=255) ttCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCa > 2:75497/1‑143 (MQ=255) tCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAg < 1:350716/143‑1 (MQ=255) gTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCAACCAGATTc > 1:464993/1‑143 (MQ=255) gTTGTCGACATCACGGCCACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTc < 1:336459/143‑1 (MQ=255) tggCCATAACGGCGACAACCTGAACGAACATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCtt < 2:100778/141‑1 (MQ=255) ccATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGACCTCTTGCTTATCGGAGCTCATCCCGATCGCCGTAGCACGACCGACCACATCCGCTTCCg > 2:737734/1‑143 (MQ=255) aTAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGCCCGACCAGATTCGCTTCCGGc > 1:650033/1‑143 (MQ=255) aTAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGACTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATACCCCTTGCCCGACCGACCGAATTCGCTTTCGGc > 1:396913/1‑143 (MQ=255) | GGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCTTCCGGC > NC_000913/2704167‑2704446 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |