Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,798,235 | A→T | 9.8% | intergenic (+28/+4) | waaL → / ← waaU | O‑antigen ligase/putative ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 4 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,798,235 | 0 | A | T | 9.8% | 139.0 / 5.3 | 50 | intergenic (+28/+4) | waaL/waaU | O‑antigen ligase/putative ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 4 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/26); new base T (2/3); total (21/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 |
GGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGG > NC_000913/3798097‑3798372 | tgtcatagACTCAGAGAGTTGATTATATAGGAACGTTGCATTTCAATTATCATAATATGCACTATAGTCCTCTTAATCGGCATTAATAATCGTAACAATACAATTAACTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACt < 2:770779/136‑1 (MQ=255) tGGACTCCGTTATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActt < 2:506404/143‑1 (MQ=255) ggccgcAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCActtc < 2:753717/138‑1 (MQ=255) cgccTCAGTTATGTCATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTCTCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCActtc < 1:24924/140‑1 (MQ=255) gACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTATAACTCAgttct > 1:287888/1‑143 (MQ=255) gACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActtct < 2:72543/143‑1 (MQ=255) aCTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCAATATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACACTACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCActtctt < 1:491625/143‑1 (MQ=255) tCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTAt < 1:463231/143‑1 (MQ=255) cAGCGATGTGATCCTATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATc < 2:392987/143‑1 (MQ=255) aGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCt > 1:405208/1‑143 (MQ=255) tgatgtgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACGCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCtat < 2:275245/143‑1 (MQ=255) gatgtgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTCAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCtata < 2:411423/143‑1 (MQ=255) tCATATTGGCACGCAGCATTCGAATTATCATTATGTCCGCTATAGTCTGCTGACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTa < 2:173483/143‑1 (MQ=255) atGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAAtct < 1:551323/143‑1 (MQ=255) ggCACGCAGCATTCCAATTATCAGTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCtt < 1:463389/143‑1 (MQ=255) cGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTCAGAATAAACAGGTTTAAGAAGTGAGTAAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACt > 1:491450/1‑143 (MQ=255) cagcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGa < 2:532792/143‑1 (MQ=255) agcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGaa > 2:356399/1‑143 (MQ=255) tCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGt > 2:11273/1‑143 (MQ=255) aTTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTaaa > 2:173510/1‑143 (MQ=255) cATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTc < 2:499737/143‑1 (MQ=255) aTTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCa > 2:72229/1‑143 (MQ=255) ttATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAg > 1:707685/1‑143 (MQ=255) tatCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACCAATAATCCATCCAACTTAATCTCTTTACTGAACTACTTAAAGTTTCaacat > 2:346718/1‑139 (MQ=255) tatCCGCTATACTACTGTAACTGGTCATCCATATACTTTACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGCGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCACTAt > 2:354038/1‑143 (MQ=255) tCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCg > 1:493038/1‑143 (MQ=255) gCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGata > 2:157395/1‑143 (MQ=255) aGTCCTCTTACTCGTCATTTATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCttt < 2:585025/143‑1 (MQ=255) tCCTCTTAATCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTa < 2:112669/143‑1 (MQ=255) ccTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTATTATCTATACAACTTAATCTGTTTATTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTAc > 1:14952/1‑143 (MQ=255) ttACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGta > 1:678985/1‑143 (MQ=255) gTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGtt > 2:655765/1‑143 (MQ=255) taatgaataatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTCTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCGTATCTATACAACTTAAGCTCTTTACTGAATTAGTAAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTg < 2:649435/138‑1 (MQ=255) tCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTg > 2:33816/1‑143 (MQ=255) tCAGTAATAATCATAAAAAAACAATTACTTAAGAATAAACAAGTGTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTg < 1:109906/143‑1 (MQ=255) taataaTCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGa < 1:566461/143‑1 (MQ=255) taatCGGAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATAc < 1:690037/143‑1 (MQ=255) tCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAt > 2:705722/1‑143 (MQ=255) cGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCTATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAtt < 1:219314/143‑1 (MQ=255) cGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAtt > 1:376115/1‑143 (MQ=255) acaatTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGAt < 2:32520/143‑1 (MQ=255) aaTAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCg < 1:613480/143‑1 (MQ=255) aTAAACGAGTTTAAGAATTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCgg < 2:547356/143‑1 (MQ=255) aTAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTCGGTGATTCTCTTTGTATAGATTTATGATGATTCgg < 1:369087/143‑1 (MQ=255) tttAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAAt > 1:70629/1‑143 (MQ=255) gaagTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAAt < 2:715983/143‑1 (MQ=255) aagTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACACCTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATg > 2:412293/1‑143 (MQ=255) aagTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATg > 2:39119/1‑143 (MQ=255) agTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGc < 1:608340/143‑1 (MQ=255) aGTGAAACCTCACTTCTTATGTATACAACTTTATCTCTTCACTTAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATCATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAgt < 2:751743/143‑2 (MQ=255) | GGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGG > NC_000913/3798097‑3798372 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |