Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,439,845 | T→A | 11.5% | intergenic (+52/+27) | ytfK → / ← ytfL | DUF1107 domain‑containing protein YtfK/putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,439,845 | 0 | T | A | 11.5% | 94.1 / 6.1 | 42 | intergenic (+52/+27) | ytfK/ytfL | DUF1107 domain‑containing protein YtfK/putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/19); new base A (3/2); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.36e-01 |
TTATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATA > NC_000913/4439705‑4439983 | ttaactcAAAATGGAATGTTAAGCCGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTc < 2:611858/137‑1 (MQ=255) cccAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGa > 1:220971/1‑143 (MQ=255) aaaaGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAATCAGGAGcc < 1:374092/143‑1 (MQ=255) aaaaGAGAGGGATAAGCGGCATGTGTCAGTGATGGCCGAAGGTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGAGGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAATCAGGAGcc < 1:82677/143‑1 (MQ=255) cTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGAGGTTTCCgggg > 2:397640/1‑143 (MQ=255) cTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCCGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTgggg > 2:299589/1‑143 (MQ=255) aTTTGTCAGTGATGTCCGAAGGTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTa < 2:171574/143‑1 (MQ=255) gTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGAACGCTCCTGAATAAGGAGCCGTCGGTGCATCTGGGGGCTAcgcg > 2:465321/1‑143 (MQ=255) tCAGTGATGTCCGAAGTTAACAGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAAACAAAGTGCTATGGAGTACAAAGTGCTAAGCAGTAATAAGACGGCAACTGATTGAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGa > 2:640020/1‑143 (MQ=255) aTGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCttt < 2:775269/143‑1 (MQ=255) gAATTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCCTACACACAGCCCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTcttctt < 1:780304/143‑1 (MQ=255) aacGTCAGGTTATGCGTCTGGAAAAAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTtctttatcttt < 2:336688/141‑1 (MQ=255) gTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGc > 1:393016/1‑143 (MQ=255) gTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGAAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGATTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCCTTATCTTTAGc > 2:285098/1‑143 (MQ=255) tCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTCCTTCTTTATCTTTAGCg > 1:388572/1‑143 (MQ=255) ggTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCa < 1:428442/143‑1 (MQ=255) gTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAg < 1:675919/143‑1 (MQ=255) cGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGCTGTTTCTGGGGGTTACGCGACGATTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGtt > 2:49392/1‑143 (MQ=255) gTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGttt > 1:240733/1‑143 (MQ=255) gTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGAGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATATTTAGCGTCAGGCAgagt > 2:478340/1‑140 (MQ=255) tGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTgg < 2:626788/143‑1 (MQ=255) agaTGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATAAAGGAGCCGTGGAAGGTTCTGGGGGTTACGCGACGCGTGCTTGTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTGAGCGAAAggcc > 2:484638/1‑141 (MQ=255) gaTGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCg < 1:578281/143‑1 (MQ=255) ggCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTg < 2:220971/143‑1 (MQ=255) ttAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGcc > 1:372574/1‑143 (MQ=255) gaaCCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGTGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGTTTTCTTCTTTATCTTTAGTGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCt < 2:412790/142‑1 (MQ=255) gccAGAGCGCGATGCCGTAAAAAGTGCTATGGAGTAATAGGCCGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCCTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTg < 2:431355/142‑1 (MQ=255) cAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGTCTTGCt < 1:65828/143‑1 (MQ=255) aaagtgctatgcagtaaaaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGGCGCTTTCTTCTCTATCTTTAGCGTCAGGCAGTCTTGGCGAAGGGGCGGTGGCCTCGCTg > 2:189233/1‑143 (MQ=255) tatgcagtaaaaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATcc > 2:668931/1‑143 (MQ=255) agtaaaaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTc < 2:182898/143‑1 (MQ=255) taaaaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCAc > 1:24627/1‑143 (MQ=255) taaaaagtgctacgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCAc < 1:747069/143‑1 (MQ=255) atgtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGGGCCGTTTAGGTTGCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACcagc < 2:164028/141‑1 (MQ=255) tatgcagtaaTAAGTCGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTgg < 1:232039/143‑1 (MQ=255) tatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTCTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTgg > 1:232942/1‑143 (MQ=255) tgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGTGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTc < 1:240285/143‑1 (MQ=255) gACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGCTCCGGGTCACCAGCAGCCGGTCGGTGCGGTAGt > 2:397385/1‑143 (MQ=255) aCGGCTCCTGAATCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTCTCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGCTCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGtt > 1:325260/1‑143 (MQ=255) aCGGCTCCTGAATCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGtt > 1:332056/1‑143 (MQ=255) ccTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTCGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGATGTCCTGCCGGGTACCAAGCAGCTGGGCGATGCGGTAGTGATCGat > 2:467415/1‑143 (MQ=255) cTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGata < 2:624820/143‑1 (MQ=255) | TTATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATA > NC_000913/4439705‑4439983 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |