Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 461,010 | C→A | 100% | T708N (ACT→AAT) | lon → | Lon protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 461,010 | 0 | C | A | 100.0% | 120.4 / ‑6.7 | 46 | T708N (ACT→AAT) | lon | Lon protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (25/18); total (28/18) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CATCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGCCGA > NC_000913/460876‑461148 | cATCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGCTGTGTCATTCTAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTg < 2:162543/143‑1 (MQ=255) aTCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGAGCGGTGAGACCAGTCTGCGTgg > 2:608093/1‑143 (MQ=255) tccacgtACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGCCAGGTa > 2:470192/1‑143 (MQ=255) ccgcgtTCCGGGAGGTGCGCTGCCGAAAGCTGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTAc < 2:190870/140‑1 (MQ=255) ccacgtACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTTGTGCCGAAGGAGCAATGACGGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGtcc > 1:176715/1‑141 (MQ=255) cacgtACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACt > 1:786588/1‑143 (MQ=255) ccGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGGGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGAt < 1:555289/143‑1 (MQ=255) cGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATc > 1:124971/1‑143 (MQ=255) agggTGCGTCGCCGAACGGTGGTCCGAGTGCGGGTATTGCTGTGTGCAGCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAGCCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggt < 2:272955/141‑1 (MQ=255) aaGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggt < 1:716167/143‑1 (MQ=255) ggTGCGAGGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCGGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTGCGTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtgg < 2:470722/143‑1 (MQ=255) gTGCGCCGCCGAAAGATGGTCCGGGTGCCGGTAATGCTCTGTACACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACGGGTTACGTTAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtggt < 2:476042/143‑1 (MQ=255) gTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtggt < 2:515450/143‑1 (MQ=255) aCGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGGTTCTTGCCAGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGCGGCGGCACTGCGCGGCGCGTTGACACTGCGAGGTCAGCTACTGCCAAGcggcggatggta > 2:477719/1‑137 (MQ=255) gCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGATCGTGCAGATTTGGCAACGCACCCTTTGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTGgagag > 1:215260/1‑143 (MQ=255) cGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGCTAAACCGGTACGTGCCGATGTGGCCATGACCGGTGAGACCAATCCGCGTGGTCAGGTACTGCCGCTCGGCGGCTTgaaagaa > 2:278026/1‑143 (MQ=255) gATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAGACt > 1:527921/1‑143 (MQ=255) aTGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTc > 1:481245/1‑143 (MQ=255) aGTGTCGGTATGGCTATGGGCCCCGCGGTCGTTTCTCGCCTGCCTGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCACTGCCCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCAATCGGTGGTTTTAAAGAAAAACTCCTGGCAgc < 2:410970/143‑1 (MQ=255) tGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAgcac > 1:528056/1‑141 (MQ=255) ccGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTCACCTGTAACCCGGTTCGGGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCAt > 2:15253/1‑143 (MQ=255) aTTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTAGTGCCGACCGGTGGTTCGACAGCAAAACTCCTGGGAGCGCATCgcgg > 2:199590/1‑143 (MQ=255) cTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAGTGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCggg > 1:451647/1‑143 (MQ=255) tgtgCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTGCGTGCCGATGTGGCAGTGAGCGGTGAGATCACTCGGCGTGGTCGGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGGtt > 1:342040/1‑143 (MQ=255) gCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGAAATaaa > 1:738713/1‑143 (MQ=255) cgccGCGCTGGTGTCTCGCGTGACCCGGAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTaaaa < 2:374431/141‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAg > 1:642942/1‑143 (MQ=255) gcgcTGGTTTCTTGCCTGCCCGGTAACCCGGTTCGTGCGGAGGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGGACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGt < 2:325549/143‑1 (MQ=255) tCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAACACAGTGCTAATTcc > 1:368999/1‑143 (MQ=255) ttGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCgg > 2:370974/1‑142 (MQ=255) ccTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGCTGAAAACAGTGCTAATTACGTTCg > 1:592794/1‑143 (MQ=255) ccGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTCGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTGGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGAATAAAACAGTACAAATTCCCTTCGAAAATCAACGCGa > 2:511801/1‑143 (MQ=255) cGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATACACGCGAt > 1:392080/1‑143 (MQ=255) gTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTCCGAAAATAAACGCGATcg > 2:193074/1‑142 (MQ=255) tCGGGCCGGTGGGGCACTGATCGGTGAGAGCAATCTGCGTGGTCAGGTGCTGCCGATCGGTGGTTTGAATGAAAGTCTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTgg < 2:746645/143‑1 (MQ=255) gcGTGCCGAGGTAGCAATCGCGCGTGAGATCAATCTGCGTGCTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTgg < 2:334089/142‑1 (MQ=255) cGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGa < 1:694593/143‑1 (MQ=255) tGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGAGCTGGAag > 1:101204/1‑143 (MQ=255) tgtgGCGGTGCCCGGTGAGATCAATCTGCGGGGTCAGGGACTGCCGCTCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTc < 2:570042/143‑1 (MQ=255) ttgaacagACCGGGTAGATCGATCTGCGTGGTAAAGGACTGCCGGTAGGGAGTGTGAAAGAACGAGTCGTTTCTGCCGATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCt < 2:93616/136‑1 (MQ=255) tgGCAATGACCGGTGTGATGAATCTTGGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGAGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGGGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCt < 2:255532/143‑1 (MQ=255) gCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGACAGAATAACTCCTCGCAGCTCATCGCGACGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTAGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTACTGa > 1:130212/1‑143 (MQ=255) ttattggTGAGATTAATCTGCGTGGTCAGGTACGGCCGAACGGTGGCTTGAAAGAAAGACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAAc < 1:338/138‑1 (MQ=255) ggTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGTACGAGAATCCTCACAAAGTAAt > 2:662240/1‑143 (MQ=255) aTCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAGATAAAAGCGATCTCGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGccca > 1:327060/1‑141 (MQ=255) aTCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGCCGa > 1:766653/1‑143 (MQ=255) | CATCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGCCGA > NC_000913/460876‑461148 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |