| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 98.2% | 159.1 / NA | 55 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (32/22); minor base T (1/0); total (33/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTC > NC_000913/2661683‑2661953 | gTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAttt > 2:277456/1‑143 (MQ=255) cgtGAGTATGCTGACGACCAGCCACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGCTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGAGGGCCAGGGATTTATCGACGCCCTgg > 2:466593/1‑143 (MQ=255) tGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCa > 1:380357/1‑143 (MQ=255) cTGACGGCCAGACACATGCTGCACTTTCTGGTTATCAGCCGGTTGGCTTGAAGTGATGTTGTTGCGGAGACGGGTGTACCGGTCGCTCAACGCCCGCCACAGCGCGTGGGTCTGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCtt < 2:680162/143‑1 (MQ=255) cTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGATCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCACGGCAgccgccgt > 2:568641/1‑141 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCttt > 1:430038/1‑143 (MQ=255) acgacCAGACACATCAAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGTCGATATCGCCACCCTAGCAGCCGCCCTTAc > 2:969442/1‑143 (MQ=255) gacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCCCAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCGGCCGCCTTTAccc > 1:106289/1‑143 (MQ=255) catacacATCCATCACGTCCTCGTTTGTACCAAGGTCGCCTAACGTTATGTTGTGGAGAAAGCCGGTGCGGCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGTGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGa < 2:1064567/140‑1 (MQ=255) cAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGTGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGa > 1:319103/1‑143 (MQ=255) cAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGTTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGa > 2:981986/1‑143 (MQ=255) acacATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAACGTAATGTTGTTGAGAAAACCCGTGAGACGGTCGCGCAAATCACGCCACAGCGCGCGGGTCAGGGATTTACGCCCGCCCCGGCAGCCCCCCATACCCTGACaa > 2:442096/1‑143 (MQ=255) acacATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACaa > 1:71851/1‑143 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCTTAAAGAAAGTTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCTGACATCggtt > 2:764774/1‑141 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 1:363119/143‑1 (MQ=255) aCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATc > 1:449921/1‑143 (MQ=255) cTGGTTTTTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACACTGACAACTGGTGGCATGTACAg > 2:817479/1‑143 (MQ=255) cTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTACTACAGCCGTAGCAGCCGCCGTTCCCCTGACAACGGGTGGCATCTACAg > 1:1057485/1‑143 (MQ=255) ggTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGAt > 2:621781/1‑143 (MQ=255) ggTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGAt > 2:1005733/1‑143 (MQ=255) acgtggCCTAAACGACTGTTGTCGAGAAAACCCGCGACACGGTCGCTTAAATCACGCCACAGCGCCTGGGTCTGTGTTTTATCGCCGCCCTCGCAGCCGCCTTTACCCGGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgc < 2:400626/138‑1 (MQ=255) aGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCACGTGGGTGAGGGATTTATCACCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAGCCTAACAAGAGGAAGCAACTCCAGACTCGGCAAccac > 2:694791/1‑140 (MQ=255) ttCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGGATTTATCGCGTCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgcgc > 1:1063363/1‑143 (MQ=255) tgcGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgcgc < 2:700250/141‑1 (MQ=255) ccTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGTTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACCACGGGTGGCATCTACAGAGTCGTACACGGCGCGAAt > 1:909783/1‑143 (MQ=255) tAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGGTTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCGGACGACGGGTGGCATCTGCAGATTCAGCACCGGCGCTACTTa > 2:874340/1‑143 (MQ=255) tAAAGTAATGTTGTGGAGAAACCCGGCGAGACGGTCGCTCAAATACCGGCTCAGCGCTTGTGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTa < 2:473752/143‑1 (MQ=255) tgttgtTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCa > 1:811456/1‑143 (MQ=255) gttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCACCGGCGCTAATTACTTCGCCAACgg > 1:1042715/1‑143 (MQ=255) gttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACgg > 2:6795/1‑143 (MQ=255) gttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGAAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAGCTACAGATTCGTGAACGGCGCTCGGTACTTCGCCAACgg > 1:802820/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCACCTACAGATTCGTCAACACCGCCAATTACCTCGCCAACCGc > 2:761183/1‑143 (MQ=255) tgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCCTCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCg > 2:13711/1‑143 (MQ=255) tccgaAAACTGGTGCGACGGTCGCTCAAATCACGCCTCAGCGTGTTGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTCACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCg < 1:523482/140‑1 (MQ=255) gagaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGa < 2:449921/143‑1 (MQ=255) gaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAtg > 2:638729/1‑143 (MQ=255) tggTGCGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGAGGGGGTTAGTGATGTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg < 2:221400/142‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGTGTCAGGGTTTTATCGCTGTCTTTGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg < 1:393697/143‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGACTCGTCAACGGCGCTAATCACTTCGCCAACGGCGctgctgctg > 2:275276/1‑143 (MQ=255) gaCGGTCGCGCAAACGAGGCCGCGGCGCGTGGGGCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACGCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCt < 2:785424/143‑1 (MQ=255) aCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCtt > 1:323154/1‑143 (MQ=255) aCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCCTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGACTCGTCAACGGCGCTAATTACTCCGCCAACGGCGATGCTGCCGGccgctt > 2:592672/1‑138 (MQ=255) cGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCTGACAACGGGCGGCATCTACCGATTCGTCCACGGCGCTACTTCCTTCGCCAACGGCGATGCCGCTGGCAGCtct > 2:628671/1‑141 (MQ=255) cGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCttt < 2:380357/143‑1 (MQ=255) gTCGCTCAAACCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 1:11634/143‑1 (MQ=255) cGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCt < 1:356253/143‑1 (MQ=255) cTCAACTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTaa < 2:251552/143‑1 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAAc < 1:785671/143‑1 (MQ=255) aaTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGa < 1:1005733/143‑1 (MQ=255) aTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGAt < 1:635163/143‑1 (MQ=255) caGCGCGTGGGTCAGGGATTTAGCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGc < 1:3353/143‑1 (MQ=255) aGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGcc < 1:874867/143‑1 (MQ=255) gcgTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGCTGCTGCCGCCACCTTTGCCTAACAGATCACCACCGCCTgg > 2:1036198/1‑143 (MQ=255) gTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTc < 2:833111/143‑1 (MQ=255) gTGGGCCGGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCGAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTc < 2:342330/143‑1 (MQ=255) | GTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTC > NC_000913/2661683‑2661953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |