| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 461,010 | C→A | 100% | T708N (ACT→AAT) | lon → | Lon protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 461,010 | 0 | C | A | 98.0% | 131.7 / ‑5.5 | 45 | T708N (ACT→AAT) | lon | Lon protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (18/26); minor base T (1/0); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGCCGA > NC_000913/460876‑461148 | actccacgtccacgTGCCGGAAGGGGCGACGCCGAAAGATGGTCGGGGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTGTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTg < 2:290771/141‑1 (MQ=255) ggAAGGGGCGTGGCCGAGAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCCCCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTGGTGGCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATTTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCg < 2:621953/143‑1 (MQ=255) gAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCgg > 2:189112/1‑143 (MQ=255) aGGGGCGACGCCGAAAGATGTTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtg < 1:715757/143‑1 (MQ=255) gtggcgcgGAACGATGGTCCGCGTGCCGGTATTGCTTTGTGCTCCGGGCTGGCGTCTGGCCCGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGCTGTGGCAATGCCCGGTGAGATCAATCTGTGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGttt < 2:700799/139‑1 (MQ=255) gCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGCTCGGGGGTTTgaaag > 2:452111/1‑143 (MQ=255) ccGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACAGATGAGATCATTCTTCGTGGTCAGGTACTGGCGATAGGTGGTTTgaaaga > 1:670200/1‑143 (MQ=255) aaaGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGCGGTTTgaaagaaga > 1:726650/1‑141 (MQ=255) aaGATGGGCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCTCCGCGCTGGTTTCGTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCTGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGaaaaa < 2:278552/143‑1 (MQ=255) tCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGCGGTCAGGTACTGCCGAGCGGTGGTTCGAAAGACAACCTCCTgg > 2:37247/1‑143 (MQ=255) cGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCCTACTATCGCACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCAGGcc > 2:568164/1‑142 (MQ=255) agggCCGTTATTGCTATGTGCACCGCGCTGCTTTCTTTCCTGACCTGTAACTCTGCTCGTATAATTGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAATCTCCTGGCAgc < 2:199046/140‑1 (MQ=255) aGTGCCGGTAGTGCTATGTGCACCGAGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTTGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAgc < 2:59318/143‑1 (MQ=255) ccGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCAt < 1:619535/143‑1 (MQ=255) ccGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCAt > 2:226920/1‑143 (MQ=255) ttGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTAACCGGTAACCCGGTGCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGCTTGAAGGAAAAAGTACTTGCAGCGCATCgcggc > 2:184351/1‑143 (MQ=255) tGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCgcggcg > 1:798738/1‑143 (MQ=255) aggtgCACCGCGCTGGTTTCTTGCCGGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGGCCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGAt < 2:338887/141‑1 (MQ=255) aTGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGAt < 2:338883/143‑1 (MQ=255) cACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTaaaa < 1:365208/143‑1 (MQ=255) ccGCGCTGGTTGCTCGCCTGACTGGTGAGCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAAAGGCCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTAGTTTGCACCGACTTTACCTTCCTGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACa < 2:445100/143‑1 (MQ=255) tGGTGTCGTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTa > 1:188757/1‑143 (MQ=255) ttCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTGCGTGCCGGTGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTc < 2:386570/143‑1 (MQ=255) tGCCTGGCCGGTAACCGGGTTCGGGCCGATGTGGCAATGACCGGGGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGtt < 2:104819/143‑1 (MQ=255) gggcgggccGGGAGCCCGGTTCGGGCCGATGGGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGtt < 2:185236/136‑1 (MQ=255) tGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTGATTCCGTTCgca > 1:494092/1‑141 (MQ=255) 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1:412797/143‑1 (MQ=255) tccgggTTCGTGACGATGTGGCAATGGTCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGAGCGGTGGGTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAAcgc < 1:389158/139‑1 (MQ=255) cGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATAAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAGTCAACGCGATCTGGAAgaga > 2:368235/1‑143 (MQ=255) ggtgGCAATGACCGGTTGGATCGATCTGCGTGGTCAGGTGCTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTc < 2:103185/142‑1 (MQ=255) tgGCAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCt > 1:715453/1‑143 (MQ=255) cAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGa < 2:35146/142‑1 (MQ=255) cAATGACCGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGa > 1:35146/1‑142 (MQ=255) aggACCGGTGAGATCAATCGGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAACCTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACaa < 1:708028/141‑1 (MQ=255) cGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCCGGCAGAGCTTCCTGACAACGTaa > 2:275570/1‑143 (MQ=255) cGGTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCCCGGCGGGATTAAAACACTGCTAATTCCGTTCGACAATACACGCGATCTGGAAGACATTCCTGACCACGTaa > 2:307862/1‑143 (MQ=255) cGGTGAGATCAATCTGCGTGGCCAGGAACTGCATAGCGCTTTTTTGATAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTaa < 1:759795/143‑1 (MQ=255) gTGAGATCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAAtt < 1:226920/143‑1 (MQ=255) gagaTCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGc < 1:684693/143‑1 (MQ=255) aTCAATCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATGGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAAGAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGCCGa > 2:495570/1‑143 (MQ=255) | CATCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGCCGA > NC_000913/460876‑461148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |