Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 481,225 | T→G | 7.7% | intergenic (‑517/+29) | tomB ← / ← acrB | protein that modulates Hha toxicity/multidrug efflux pump RND permease AcrB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 481,225 | 0 | T | G | 7.7% | 110.9 / 2.1 | 42 | intergenic (‑517/+29) | tomB/acrB | protein that modulates Hha toxicity/multidrug efflux pump RND permease AcrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/22); new base G (2/2); total (18/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.75e-01 |
CGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGCCAGTACC > NC_000913/481086‑481359 | cgcTACTTAATATAAAGTAACTAACAATCAGTAGTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAc < 1:275323/143‑1 (MQ=255) atcTACATAATATACATTAACAAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAc < 1:366690/141‑1 (MQ=255) gcTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTCTGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTCAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTGCGTAGCTTATGCATCAACAAGGCCGCTCAcg > 2:236870/1‑143 (MQ=255) cttcTTAATATAAATTAACGAACAATGAGTATTTTTTATGAATTTTCTCCGTGGTTAATACTTGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAcgc < 2:253799/140‑1 (MQ=255) 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1:268267/1‑143 (MQ=255) cTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAAt > 1:530470/1‑143 (MQ=255) cTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAAt > 1:705092/1‑143 (MQ=255) ttCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGaa < 1:522681/143‑1 (MQ=255) tAGGGTATGCATAAACAGGGCCGCGTACGGGGCCTTAGTGAGTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTGGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACgaa < 2:460796/143‑1 (MQ=255) ggTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACgaaga < 2:424899/143‑1 (MQ=255) attaagaaaaaaGGGCGTTTACGAGGTATTATGGATTACCCGTTGTATCAAGTATGTTCGATAGTATGGGTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCATCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGAt < 2:720965/137‑1 (MQ=255) cATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGc > 1:392691/1‑143 (MQ=255) tcactaaGGCCGCGTAAGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGACCGAAGACGATTGCCa > 1:482569/6‑143 (MQ=255) aaaaaaGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGCCAg > 1:625916/1‑143 (MQ=255) aaGGCCGCGTAAGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGAGTGCCAGTAcc > 1:521964/1‑143 (MQ=255) | CGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGCCAGTACC > NC_000913/481086‑481359 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |