| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 754,446 | A→G | 100% | L8P (CTC→CCC) | gltA ← | citrate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 754,446 | 0 | A | G | 100.0% | 113.1 / ‑6.7 | 40 | L8P (CTC→CCC) | gltA | citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (18/20); minor base T (0/1); total (19/21) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGA > NC_000913/754306‑754578 | aTTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAgggtgggt < 1:470075/143‑1 (MQ=255) cgcggaggaggCGGGCGAAGGGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAGCACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGtt < 1:27693/138‑1 (MQ=255) tgaagCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGAGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGGTTTGCTTTTGTATCAGCCAtt > 1:14632/1‑143 (MQ=255) gCCTGGGTCAAAGGTGAACCCACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAg < 1:597279/143‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |