| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 231,008 | T→G | 8.4% | intergenic (‑127/‑114) | yafC ← / → yafD | putative LysR family transcriptional regulator YafC/endonuclease/exonuclease/phosphatase domain‑containing protein YafD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 231,008 | 0 | T | G | 8.4% | 124.4 / 2.8 | 49 | intergenic (‑127/‑114) | yafC/yafD | putative LysR family transcriptional regulator YafC/endonuclease/exonuclease/phosphatase domain‑containing protein YafD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/23); new base G (2/2); total (23/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
CGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATAGAAGAGATATTTTGAATTTATTTGTCATTAAACCATCAGGATGCGTGATATGTCATGCGATTTAATGTTCT‑CCATAATGAGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATAACAATATACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATCCCTATAACAGTAGAACCCTCCCGAGTGCGGAAGGGTTGACGTAATAGAGGTTTCAAAGTCAAAAGTGCGAAAAAACACCTATGCCATGCGCTA > NC_000913/230867‑231150 | cGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATAGAAGAGATATTTTGAATTTATTTGTCATTAAACCATCAGGATGCGTGATATGTCATGCGTTTTAATGTTCT‑CCATAATGAGCAAACTTCTGACCGTTGTATGCACtt > 1:30004/1‑143 (MQ=255) tttCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATAGAAGAGATATTTTGAATTTATTTGTCATTAAACCATCAGGATGCGTGATATGTCATGCGATTTAATGTTCT‑CCATAATGAGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATa > 1:386756/1‑143 (MQ=255) tttCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATAGAAGAGATATTTTGAATTTATTTGTCATTAAACCATCAGGATGCGCAGGATGTCATGTGCTCT‑ATGAGGTGCCATAATGAGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATa > 2:784880/1‑143 (MQ=255) ttCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATAGAAGAGATATTTTGAATTTATTTGTCATTAAACCATCAGGATGCGTGATATGTCATGCGATTTAATGTTCT‑CCATAATGAGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCAAGTGCTTACaccg < 2:331925/143‑4 (MQ=255) 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1:195367/143‑1 (MQ=255) tatGTTGAATTTATTTGTCATTCAACCCTTTGGAGCACTGTTATGTCATGCGATTTAATGTTCT‑CCATAATGAGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATAACAATATACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTa < 1:335910/143‑1 (MQ=255) gAATTTATTTGTCACTAAACCATCCGGATGCGTGATATGTCCTGCGATTTAATGTTCT‑CCATGCTGAGCAAAGTTATGACCGGTGTAAGCACTTGCTTAAATAAGACGCGTTATATTCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATcc < 2:612268/143‑1 (MQ=255) aaTTTATTTGTCATTAAACCATCAGGATGCGTGATATGTCATGCGATTTAATGTTCT‑CCATAATGAGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATAACAATATACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATccc < 1:807533/143‑1 (MQ=255) tGTCATTAATCCATCAGGATGCGTGATATGTCATGCGATTTAATGTTCT‑CCATACTGAGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATAACAATATACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATCCCTATAACAg < 2:783472/143‑1 (MQ=255) tCATTAAACCATCAGGATGCGTGATATGTCATGCGATTTAATGTTCT‑CCATAATGAGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATAACAATATACAATGGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATCCCTATAACAGTa < 2:226086/143‑1 (MQ=255) 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1:600659/143‑1 (MQ=255) aGCAAAATTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATAACAATATACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATCCCTATAACAGTAGAACCCTCCCGAGTGCGGAAGGGTTGACGTAATAGAGGTTTCAAAGTCAAAAGTg > 2:707615/1‑143 (MQ=255) cAAAATTCTGACCGGTGTAAGTACTTGCTTACATAACAATATACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATCCCTATAACAGTAGAACACTCCCGAGTGCGGAAGGGTTGACGTAATAGAGGTTTCAAAGTCAAAAGTGCg > 1:358803/1‑143 (MQ=255) aaaaTTCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATCACAATCTACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATCCCTATAACAGTAGAACCCTCCCGAGTGCGGAAGGGTTGACGTAATAGAGGTTTCAAAGTCAAAGGTGCGa > 1:44301/1‑143 (MQ=255) aaTTCTGACGGGTGTAAGCACTGGCTTACATAACAATATACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATCCCTATAACAGTAGAACCCTCCCGAGTGCGGAAGGGTTGACGTAATAGAGGTTTCAAAGTCAAAAGTGCGaaa < 2:759527/143‑1 (MQ=255) ttCTGACCGGTGTAAGCACTTGCTTACATAACAATATACAATTGCTCGTTGAAAGAGTGAGCTAAAATCCCTATAACAGTAGAACCCTCCCGAGTGCGGAAGGGATGACGCAATAGAGGTTTCAAAGTCCGAGGTGCGacaca > 1:105715/1‑139 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |